到了十年文化大革命期間,曾經的大右派向達,自然在劫難逃。向達是文革爆發後第二批被揪出批鬥的「牛鬼蛇神」。向達躺在床上對夫人說:「我恐怕是過不了這一關了。」夫人哭問:「你要是死了,我怎麼辦?」向達指着地上的書說:「我一生的積蓄都在書上,我死後你就賣書度日吧。」向達去世不久,他留給夫人的書,全部被中央文革小組的人偷走了,一本不剩。其中很多書極為珍貴,不乏善本。
第一個炮轟他的是北京大學副校長、被稱為中國著名馬克思主義史學家的翦伯贊。翦伯贊在長篇發言中,揭露了向達一貫的「反共反社會主義罪行」。他揭發說,向達攻擊黨的領導,把中國科學院一些行政幹部比喻成「張宗昌帶兵」,「既是外行又不信任人」;形容中國的「科學家是街頭流浪者,呼之則來,揮之即去」;「現在的史學界之所以奄奄一息,是和范文瀾的宗派主義分不開的」。