到馬來西亞旅遊過的人都知道，當你飛到西馬的吉隆坡或檳城機場，你要經過一次海關，在護照上蓋上入境章;如果你要從西馬飛到東馬，雖然你乘坐的是馬國國內航班，抵達東馬後，你還要過一次關，在護照上再蓋一次入境章，好像你又進入了另一個國家。
這就是東馬的移民自主權。
馬來西亞分為東西兩大部分，位於馬來亞半島的部分稱為西馬，位於婆羅洲的部分稱為東馬，之間有南海相隔。東馬和西馬有很大差別。西馬人口多面積小，東馬人口少面積大。西馬的經濟發展程度高，東馬的經濟發展程度低，但自然資源比較豐富。在馬來西亞，馬來人佔多數，信伊斯蘭教，集中在西馬;在東馬，非馬來人(主要是原住民土著)佔多數，大都不信伊斯蘭教。
東馬和西馬原先都是英國的殖民地。西馬較早宣佈獨立，東馬獨立的晚一些。1963年，東馬與西馬實現統合，共同組成馬來西亞聯邦(注)。東馬本來對和西馬統一有疑慮，經過協調並有英國政府官員參與，簽訂了一項協議以保障東馬的利益。這項協議被叫做馬來西亞協議。它的基本原則後來被納入馬來西亞聯邦憲法。
根據馬來西亞聯邦憲法，伊斯蘭教被定為馬來西亞的國民教育，但這一條款不適用於東馬，東馬不規定任何官方宗教。
根據憲法，馬來語被定為馬來西亞聯邦的官方語言，但是東馬除了馬來語外，還把英語也定為官方語言。
這裏特別要講一講東馬的移民自主權問題。當年的馬來西亞協議就規定，東馬的移民事務，應由聯邦政府與東馬政府聯合管理，但聯邦政府對東馬的一切移民事務應先得到東馬政府的首肯。東馬政府在入境與出境事務中有保留權。
為什麼東馬享有移民自主權?當初東馬與西馬共組聯邦，雙方的代表曾經寫下一份備忘錄，其中詳細說明了東馬保留移民自主權的理由。簡單說來就是，由於東馬地廣人稀(東馬的面積是全馬來西亞面積的60%，人口卻不到全馬來西亞人口的30%)，很可能吸引來自人口稠密的西馬的移民，東馬擔心來自西馬的無限制移民會影響他們的利益。東馬希望它們的土地、貿易和職業不被來自西馬的移民所佔取。不錯，東馬也需要發展需要進步，因此它需要來自西馬的勞工和技術人員，只是這些人員應該以合理的速度引進。
有鑑於此，聯邦政府同意為東馬保留移民自主權。
具體說來就是，馬來西亞以外的人要進入馬來西亞，須經過聯邦政府准許，但要進入東馬，還需通過東馬政府。這就是為什麼外國觀光客從西馬進入東馬還要再過一次關，再蓋一次入境章。
西馬的人要進入東馬，需要通過東馬政府(政府官員例外)。西馬的人要在東馬工作，需要經過東馬政府的批准。
聯邦政府和東馬政府在東馬推行的經濟計劃，如果在東馬當地有合格的勞工，聯邦政府就不可聘用外來勞工。如果東馬政府需要外國專家或技術顧問入境，聯邦政府不可以拒絕;除非遇到特殊情況，則由聯邦政府決定。
聯邦政府不可在沒有獲得東馬政府的同意下，擅自修改東馬的移民條例。
大致上講，2006年以前，西馬的人要到東馬去，必須申請國內護照，每次進入只有3個月的有效停留期限。2006年後，馬來西亞廢除了國內護照，西馬的人只要持馬國身份證就可以進入東馬，或旅遊或洽商，一次為期不超過3個月;如果要在東馬工作，則需要另外辦理工作證。西馬人要獲得在東馬的正式居留身份，包括獲得在東馬的選舉權和被選舉權，需要得到東馬的准許。
還需說明的是，上述規定是單向的，西馬人到東馬有這些限制，東馬人到西馬沒這些限制。那並不是因為西馬人沒有權利對東馬提出類似的要求，而是因為他們不認為有那個必要。
在當年制定的那項馬來西亞協議中，本來還賦予了東馬其他不少特權。隨着歲月流逝，各方自然融合，很多特權已經在無形中消失了。
考查東馬的移民自主權，對我們思考在一國之內如何統籌兼顧，如何處理中央與地方的關係，如何處理有較大民族差異、宗教文化差異和經濟發展程度差異的地區之間的關係，或許都是有啟發、有助益的。
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(注)馬來西亞聯邦原來還包括新加坡。1965年新加坡脫離馬來西亞聯邦獨立建國。