近期，南京博物院因名畫流轉事件引發關注，隨後其館藏文物也遭網友質疑。其一為清·乾隆芙蓉石蟠螭耳蓋爐，被指顏色由粉紅變為橙色。網友對比圖片稱：「2017年的時候它還長這樣啊（粉紅色），現在，它搖身一變，帶了點『淺淺的橙色』。普通老百姓即便無法鑑定文物，但顏色總歸分得清吧。」
南博公開資料曾介紹該爐「為粉紅色」「通體呈嬌嫩的粉紅色」，並稱其為「清代宮廷玉器中的璀璨明珠」。對此，南京博物院未作回應。
其二，「鎮館之寶之一」西漢金獸被指疑似「脫漆掉色」。
官網及舊照顯示其右腿上方有黑斑和綠色斑點。資料稱該器「含金量99%，重9100克」。有網友質疑：「金獸純金打造，埋在地下上千年，都沒有出現掉色情況，怎麼在博物館還能掉漆」，懷疑被調換。南博工作人員回應稱，包漿和自然磨損屬正常，且長期公開展示，「如果有問題的話，可能他們早就質疑了」，並表示金獸短期內不再展出，因展廳關閉。
另有網友指出，南博藏品數量從2019年的「43萬餘件（套）」到2022年變為「42萬餘件（套）」，質疑「3年減少1萬件藏品？」。
