安慶城破前不到半個月，咸豐帝駕崩，享年只有三十歲。直接死因可能是結核，但從較幽微的內心層面來看，逃離京城後未能再回京的他死於羞愧和恥辱。對此消息，太平天國朝廷大喜過望，立即發表檄文，歷數咸豐的罪狀。同時，他們宣稱，五歲大的同治即位為帝，乃是王朝氣數已盡的象徵。
然而，剛遭遇安慶之敗的太平軍尚無力進軍北京。李秀成雖然西征不利，但在東部仍然所向披靡。他規劃攻佔浙江，愈來愈不理會洪仁玕的意見。洪仁玕希望他溯長江而上，繼續與曾國藩周旋。李秀成則認為海上貿易在取得武器和補給方面具有越來越重要的作用。他不搭理洪仁玕的另一個背景是，桐城戰敗歸來的洪仁玕正在日益失去自己在天平天國內部那獨一無二的地位，雖然在外國人眼中，干王仍然和過去一樣令人激賞。
清廷這邊，咸豐帝臨終前留下了八名顧命大臣來輔佐同治帝，為首的乃是肅順。顧命大臣們有擬制諭旨的權利，但只有兩名太后-慈安和慈禧蓋章後才能生效，換言之，兩宮太后有否決權。八大臣很快就發現，慈安比較好說話，而慈禧並不想事事照他們的意思辦。隨着她申明自己的獨立地位，揚言撤回對他們決策的批可，清一色男性的八大臣和新皇帝生母之間的關係開始變得越來越緊張。
咸豐的遺體終於運回北京。八大臣此時不知道，兩宮太后已經和他們的小叔子-留守北京的恭親王達成了秘密協議，此時的他，由於此前的經營，對北京具有絕對的掌控力。那天下午，肅順仍在護送皇上靈柩途中，恭親王召集群臣，宣讀經兩位皇太后蓋印、以小皇帝名義發出的聖旨，指控肅順等大臣叛國。不久他又拿出另一道聖旨，下令逮捕他們治罪。
加諸八大臣的諸多罪名，主要圍繞着那場喪權辱國的對外戰爭來鋪陳，其中一條指控八大臣以賣國建議誤導咸豐帝，導致清廷與英法兵戎相向。聖旨指責他們劫持巴夏禮等特使，因而失信於英法聯軍，招致額爾金揮兵入侵京城。除了要他們為洋人入侵一事負責，這道聖旨還指控他們違反皇上本身的意願，阻止皇上回京。最後，慈禧太后個人指控他們假造那道指派他們為顧命大臣的遺詔。她宣稱咸豐帝死前那一天，她一直待在皇上床邊，說他身子弱得無法開口講話，更別提口述遺詔要臣子寫下。
案子很快就審畢定讞。不到一星期，宗人府（審理宗室貴族案件的司法機關）就裁定顧命八大臣犯了上述所有罪行。其中五人遭革職，發配西部邊疆。三位高階成員-載垣、端華、肅順-被判死刑。
