從強制傳達案件到逮捕令，在申請、簽發、執行所有階段都存在爭議…懷疑公正性的國民很難認可，應該交給警方或特檢。
公調處8日稱韓國總統尹錫悅方面的律師尹甲根為「主張是尹錫悅辯護人的人」。就是說，他還沒有提供選任書，不能認定為正式辯護人。事實上，尹甲根當天去公調處提交了選任書，但公調處的幹部們因為忙於面試新任檢察官而沒有和他見面，讓他把選任書交到信訪室再走。尹甲根說：「我等了30分鐘，就這麼回來了。」在被問到這一情況時，公調處說：「剛才說是來交選任書的，我們應該在他提交選任書（成為正式辯護人）後才能面談。」這近乎是在耍嘴皮子。抗拒被逮捕的嫌疑人方面說希望先見面，只能說拒絕的行為是小家子氣。
公調處在接到案件傳達時就引發了爭議。已經在調查尹錫悅的檢方和警方拒絕他們的要求後，他們啟動了強制轉移調查權的請求權。該條款是對公調處的過度授權，因此從成立開始就有違憲的爭議。為了平息爭議，公調處表示會在要求移交前經過調查審議委員會，卻在這次事件中省略了這個程序。
在申請逮捕令階段，選擇首爾西部地方法院一事引發了「選購法官」的爭議。公調處的案件原則上由首爾中央地方法院管轄。但他們未遵循原則，而是適用了例外，去了西部地方法院。簽發拘捕令的法官偏偏是法院內具有進步傾向法官組織——韓國法研究會出身。法律界出現「也許是事先編排好的」說法也是因為這個原因。該法官在簽發拘捕令時指出要排除現行法律，引發了爭議。執行拘捕令失敗了。為應對持久戰，為30名員工打包了120條紫菜包飯，讓他們一天吃四頓，卻在5個多小時後撤離。此後，公調處想把逮捕行動「轉包」給警方，但在警方反對後，就當做沒這回事兒。
公調處「無能」的爭議並非第一次出現。公調處可以調查高層公務員的腐敗，但只能對法官、檢察官、警察高層人員進行起訴。其餘人員要在調查後移交至檢察機關。2023年，公調處曾對沒有起訴權的監查院幹部的腐敗進行調查，然後要求檢察機關代為起訴。檢方打算起訴的時候，發現調查內容不實，向公調處要求進行補充調查後，公調處卻堅持要求檢察機關進行補充調查。
相反，對於對自己有起訴權的李圭原檢察官的金學義涉嫌非法取款的案件，卻表示「在條件上無法進行調查」，反而交給了檢方。與此同時，還表示調查由檢方進行，但起訴與否由他們決定，說這是「保留起訴的移交」。檢方以「荒唐離奇的邏輯」為由直接起訴了李圭原檢察官。
公調處自2021年成立以來，年均預算約為200億韓元（人民幣約1億元），但直接起訴的案件只有5起。唯一一次一審判決有罪的檢察長孫准晟唆使告發案，也在二審中被推翻為無罪。他們還缺乏人手。公調處的檢察官目前有14人，首爾中央地方檢察廳有245人左右。最重要的是他們沒有內亂罪的調查權。雖然他們與有調查權的警察站在同一邊，以組成共助本的方式開展調查，但這只是通融的辦法，其正當性可能會受到質疑。
調查的生命在於公正。以現在公調處的方式很難引起國民的共鳴。這次的調查關係到國家的命運，一個小小的失誤就會成為燒掉整個國家的導火索。如果公調處力不從心，就應該主動退出案件，最好立即中斷調查，交給警方或即將成立的特檢。否則，正如民主黨所說的一樣，公調處將面臨「存亡危機」。
