侵華日軍甲級戰犯松井石根曾經參與南京大屠殺。1948年他被遠東國際軍事法庭判處絞刑。
南京警方7月22日對涉嫌在玄奘寺供奉侵華日軍戰犯牌位的吳啊萍立案調查。南京市政府7月24日公佈初步調查結果稱，吳啊萍2017年12月到玄奘寺要求供奉牌位，並在登記表上填寫"松井石根、谷壽夫、野田毅、田中軍吉、向井敏明、華群（ Wilhelmina Vautrin，又譯魏特琳，曾與德國人拉貝一同在大屠殺期間保護南京市民）"6人名字。而僅有初中輟學學歷的僧人靈松顯然聽信了吳啊萍"被供奉者都是自己朋友"之說法，按照每個牌位每年100元標準、供奉5年共收費3000元，開具了收據，註明供奉時間"2018-2022"，隨後在黃色牌位紙（9×4厘米）上寫下標註"友"字的6人名字和"吳啊萍"落款。
2022年2月底，一名女信眾與兩名玄奘寺僧人和若干名遊客偶然發現了日軍戰犯之牌位，遊客當場拍下了照片，僧人也隨即撤下了5名日軍戰犯牌位。但是玄奘寺時任住持要求當事僧人不得外傳此事，也沒有向上級主管部門報告。一直到7月21日，拍照遊客才將照片發佈到社交平台，引發巨大爭議。
南京警方稱，經過"廣泛走訪、全面深入調查"，發現"吳啊萍供奉侵華日軍戰犯牌位屬個人行為，未發現其受人指使或與他人共謀的情況"，"據吳啊萍供述，她到南京後了解到侵華日軍戰犯的暴行，知道了松井石根等5名戰犯的罪行，遂產生心理陰影，長期被噩夢纏繞；在接觸佛教後，產生了通過供奉5名侵華日軍戰犯'解冤釋結'、'脫離苦難'的錯誤想法；同時了解到美國傳教士魏特琳女士在侵華日軍南京大屠殺期間保護女性的善舉，因受戰爭刺激，回國後在家中自殺，想通過供奉幫其解脫。"警方還指出，2017年3月以來，吳啊萍曾因失眠、焦慮等症狀，先後3次到醫院就診，並服用鎮靜催眠藥物。
南京警方認為，涉案人吳啊萍在"明知5名被供奉者為侵華日軍戰犯的情況下"，仍出資在宗教活動場所為其設置牌位是"出於自己對因果釋結的錯誤認知和自私自利的動機"。此舉"嚴重違背了佛教揚善懲惡的教義教規，嚴重破壞公共秩序，嚴重傷害民族感情，造成惡劣社會影響，涉嫌犯尋釁滋事罪"。
不過，中國《刑法》對尋釁滋事罪的定義十分模糊，長期以來一直被不少異議人士、維權人士指責為用於擴大司法打擊對象的"口袋罪"。根據《刑法》第293條，"尋釁滋事"被定義為"隨意毆打他人，情節惡劣的；追逐、攔截、辱罵、恐嚇他人，情節惡劣的；強拿硬要或者任意損毀、佔用公私財物，情節嚴重的；在公共場所起鬨鬧事，造成公共場所秩序嚴重混亂的"破壞社會秩序行為。
長年從事刑事訴訟辯護、曾經代理過多起異議人士維權案的中國律師莫少平在接受德國之聲電話採訪時指出，從目前新聞報道的內容來看，假如當事人吳啊萍佛教信仰屬實、其供奉牌位行為確實系按照佛教教義去"普渡眾生"，那麼"尋釁滋事"之罪名可能不適用。莫少平認為，不論被供奉者"生前到底是好人還是壞人、幹了哪些好事或者壞事"，都應該能得到"普渡"，從而"脫離苦海、往後向善"。
不過，2018年出台的中國《英雄烈士保護法》似乎對尋釁滋事罪進行了擴展。該法第27條規定"褻瀆、否定英雄烈士事跡和精神，宣揚、美化侵略戰爭和侵略行為，尋釁滋事，擾亂公共秩序，構成違反治安管理行為的，由公安機關依法給予治安管理處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。"
刑訴律師莫少平認為，吳啊萍的行為就目前來看也很難談得上"美化侵略戰爭"行為。"假如她是一個佛教徒，供奉牌位就是在普渡眾生。我個人認為，這個和'美化侵略戰爭'的說法不相符。這裏的關鍵是如何去理解這一法條：如果把一個佛教行為理解為美化侵略戰爭，我認為過於牽強。"
除了語焉不詳的"尋釁滋事罪"以及定義過於籠統的"美化侵略戰爭"行為，中國並沒有像德國那樣在刑法中將美化納粹、否認大屠殺等行為明確定義為犯罪。也因此，在南京警方通報吳啊萍案初步調查結果後，不少中國網民在微博、知乎等社交平台上都對此案只能套用"尋釁滋事口袋罪"感到不滿，認為立法部門應該儘快修法，避免再出現此類案件無法可依的局面；並且規定個人和機構發現"法西斯宣傳"必須迅速上報，避免再出現玄奘寺住持無法被追究刑事責任之情形。
