抗日戰爭時期，江西省政府主席熊式輝為了發展地方教育創辦中正大學，為此蔣介石撥出200萬元作開辦經費。起初，熊式輝想請晏陽、蔣廷黻或吳有訓擔任校長，最後因為籍貫等原因，才選擇了胡先驌。
對於這件事，胡先驌在1952年思想改造運動中交待說：「那時陳立夫本來是想任命吳副院長（吳有訓）去做校長的，而我卻是蔣介石所特別賞識的人，我對於做官沒有興趣，此次卻做了第一任紀念國民黨領袖的大學校長，我是引以為榮的，所以我便毫無遲疑地接受了這個任務。」
中正大學是1940年10月31日正式成立的。據中正大學的學生回憶，開學那一天，胡先驌「身着馬褂長袍的中裝禮服，鼻樑架著一副寬邊玳瑁眼鏡，上唇還蓄着一小撮希特拉式髭鬚」。
一周以後，他在周會上對大家說：「在國外的知名大學，如牛津、劍橋，學生們是很難見到校長的，在校四年，一般可能只有兩次見到校長的機會；一次是始業典禮，一次是畢業典禮。今天，諸生能夠如此輕易地見到我，這是你們畢生的榮幸。」
周會結束以後大家議論紛紛。有人說：「哇！好大的口氣！」有人說：「從來沒見過這麼自負的人！」也有人說：「我們的校長率性得可愛！」
胡先驌說過：「英國有句格言，牛津大學拔了刀，全國跟着跑。我要做到中正大學拔了刀，全國跟着跑。」為了實現「名人名校」的辦學理念，他先後請來蔡方蔭、俞調梅、戴良謨、張聞駿、周拾祿、葉青、雷潔瓊、王易、歐陽祖經、姚名達、王宗和、劉幹才、潘大逵、盧潤孚等人擔任教授。有一位名叫郭善洵的學生後來赴美國留學，最終成為知名的電腦專家。1978年他應邀回國講學，留在國內的老同學問他改行有沒有困難，他不假思索地說：「當年正大有那麼棒的老師，使我大學四年學到的專業基礎理論很紮實，後來雖一再改行，毫無困難。」
中正大學建校之初，擁有三院九系，即文法學院的經濟系、政治系、社會教育系，工學院的土木系、化工系、機電工程系，農學院的農藝系、畜牧獸醫系、森林系，另外還有一個研究部。第二年，文法學院增設文史學系，農學院增設生物系。胡先驌是生物學家，他本人有深厚的文史修養，因此非常重視文史研究。可惜在52年院系調整的時候，被肢解得四分五裂。
胡先驌認為，中國在物質生產方面遠遠不如日本，之所以能夠長期堅持抗戰，完全是因為有一種同仇敵愾的精神。為了贏得勝利，他向學生們提出五點要求：
一、儘管我們周圍有許多不法奸商和貪官污吏還過着紙醉金迷的生活，但無論對國家還是對自己，那都是一條自取滅亡的道路。因此醉生夢死的生活方式必須改正。
二、為了抗戰勝利，我們在心理方面要養成堅忍不拔的自信心和奮發圖強的進取心，在生理方面在養成整齊清潔、守時守信的作風。
三、人總有一死，與其默默無聞地生，不如轟轟烈烈的死。因此，苟且偷生的習慣必須革除。
四、不要貪圖過分奢侈的生活，更不要以不正當的手段獲取非法報酬。汪精衛、周佛海等人都是為了追求名利、貪圖享受才淪為漢奸的。因此，自私自利的企圖必須打破。
五、好高騖遠、嚮往革命是青年的通病。因此，那種紛歧錯雜的思想必須糾正。
另外，他在《如何獲得豐富快樂之人生》的演講中對學生們說，「物質享受是一種低級趣味」，現在許多人求學的目的不是為了精神的需要，而是為了找到一份好工作。這種人的志向未免太低了，將來也很難獲得豐富快樂的人生。
胡先驌指出：「古今中外名人樂於過簡樸生活的，不勝枚舉。」中國古代聖賢所謂「一簞食，一瓢飲」，所謂「朝聞道，夕死可矣」，與古希臘人追求真善美的精神是一致的。所謂真，就是真理，它包括精神上的真理和自然界的真理。前者有中外先哲留給我們的遺產，足夠一生去研究；後者的範圍廣闊無垠，也足夠我們畢生去探求。至於美的欣賞和善的修養，也完全可以充實每一個人的生活，使人生充滿快樂。
1943年上半年，中正大學爆發學生圍攻報館和省黨部事件，迫使省黨部主任越牆而逃。蔣介石聞訊後非常生氣，責令嚴肅查處此事。為此，陳立夫和朱家驊先後來到中正大學，正在重慶的胡先驌也趕回學校。
在詳細了解情況以後，胡先驌以「教育無方，責任在我」為由提出辭職。為此學生感動地說：「校長不惜以崇隆名位作了犧牲，來保全一群該受到嚴厲的、甚至開除學籍處分的學生；就像一隻慈愛的老母雞不顧自己的安危去庇護一群小雞仔一樣。」
胡先驌辭職以後仍然非常關心教育。他認為「大學教育，既貴專精，尤貴宏通」。但是如今的「大學教育在過度專業化積習之下，遂造成無數未受宏通教育之專家」。這些人的專門學問也許還不錯，但是「高等常識，一般學術上之修養，則太嫌不足」，其中又「尤以學應用科學如農工醫商者為甚」。
他還指出：「今日醫學界之專業化，實為人類之災難。」他告誡大家：歐美大學之所以重視「自由教育」，就是基於這個道理。為此他提出：「將專業課程之修習時間大為減少，而將自由選課之時間加多，……以收『自由教育』之效。」
與此同時，他還抨擊「速成」教育的思想。他說求學不僅僅限於大學四年，而是一輩子的事。只有「願獻身數十年潛修學問，以謀國利民福者」，才能充當政府的首腦或顧問。胡先驌的這些思想，無論在當時還是現在，都具有重要的指導意義。
2021-11-1
