在消失一年後，中共西安市委原常委聶仲秋3月3日被陝西省紀委監委立案審查調查。這是聶仲秋落馬消息首次披露。官方通報中，聶仲秋罕見被直接點出「違逆習近平有關秦嶺違建別墅問題的批示」。
2020年3月2日，中共陝西省紀委監委宣佈，西安市委原常委、市政府原黨組成員聶仲秋被開除黨籍、開除公職，並將其移送司法。
聶仲秋最後一次公開露面是在2019年2月17日上午，參加政協西安市第十四屆委員會第三次會議閉幕。聶仲秋於去年7月被免去西安市委常委、市政府黨組成員職務，8月辭去西安市人大代表職務。
陝西省紀委監委通報，聶仲秋被指涉「落實習近平關於秦嶺北麓違建別墅問題重要指示批示不堅決、不徹底」以及「搞政治攀附，謀求個人職務升遷，對抗審查，訂立攻守同盟，轉移、隱匿證據」；「經濟上貪婪，與私營企業主勾肩搭背，大搞權錢交易；「三觀扭曲，生活腐化，道德敗壞」等。
公開資料顯示，年近52歲的聶仲秋是安徽壽縣人，聶仲秋仕途起步於西安，2002年任西安灞橋區副區長，後任區長、區委書記，2013年調任長安區委書記，2015年任西安副市長，2017年任西安市委常委、市政府黨組成員。期間，他在2013年至2015年擔任長安區委書記。而長安區正是秦嶺違建別墅問題最嚴重的地方，此前的兩任區委書記錢引安、呂健，均已落馬。
因習近平六次批示被地方官頂着不乾的秦嶺違建別墅案，引發2018年以來陝西官場遭大清洗。落馬的官員包括陝西省委原書記趙正永、西安市委原書記魏民洲、陝西原副省長馮新柱、陝西省委原秘書長錢引安、陝西原副省長陳國強，西安原市長上官吉慶，西安原政協主席程群力等人。
值得注意的是，此前受秦嶺別墅案牽出的官員，其落馬通報中均未直接點出違逆習近平指示。
