傅斯年在延安同毛澤東的夜談中，發現其對於坊間各種小說都相當熟稔，而他正是通過這些材料去研究民眾心理，加以利用，因此傅認為毛不過是宋江之流。
原國立台灣大學校長傅斯年（圖源：維基百科公有領域）
1948年12月14日，傅斯年派飛機去北平接取大學教授，當時的秘書長鄭天挺覺得不大好辦，決定公開此次計劃，讓離開北平的人去登記。15日傍晚6點半，胡適乘坐的飛機抵達南京明故宮機場，傅斯年與王世傑、朱家驊、蔣經國等一起到機場迎候，並把學人們安頓在位於赤峰路的一座招待所。
當晚傅斯年勸說情緒低沉的胡適，並與胡適、朱家驊等一起商量再次搶救空運北平同仁的名單。就在胡適與陳寅恪等人飛離北平後的第6天，1948年12月21日，傅斯年安排的飛機接回了清華大學校長梅貽琦率領的第二批被搶救的學人，同機到達南京的還有李書華、袁同禮、英千里等人。
當此中共大軍壓城之時，資訊消息不再暢通，搶救也變得艱難。傅斯年原來信心滿滿地以為還會有許多名教授大義凜然地飛回南京，結果竟讓他大失所望。飛機上有不少空位，有些講師助教們卻因有家屬在南方要南行，搶得這次難得的機會。甚至有天派了五架飛機到機場，卻應者寥寥，北平大多數學者都選擇留下。傅斯年不得不停止了飛機搶救。
搶救來的這些學者除了胡適去了美國，陳寅恪南下廣州，其餘的在傅斯年的安排下大多順利轉移到台灣。傅斯年內心把台灣作為中華正統文化傳承和發展的血脈。傅斯年日後在就任台灣大學校長時，所寫《台灣大學與學術研究》道：「現在台灣不僅不是殖民地，而且是『斟灌一旅一成』的根據地，將來『祀夏配天，不失舊物』，正靠這一個寶島，赤縣已沉，瀛洲遂為正朔所在。」這裏傅斯年認為國民政府為「正朔」，台灣乃是中華文化的根據地。
傅斯年對一向共產黨心存鄙視，與中共的所作所為向來格格不入。傅斯年與毛澤東在北大時就是舊識，兩人曾做過一些私下的交流，但總歸是道不同不相為謀。1945年7月傅斯年與毛澤東親密接觸過一次，他與黃炎培等5人被推選為代表飛赴延安，與共產黨商談國共合作事宜。傅斯年在延安停留了幾日，他與毛澤東兩人單獨聊了一夜。
那一夜，傅斯年與毛澤東兩人上天下地地談開，談到中國的小說，傅斯年發現毛澤東對坊間的各種小說都了如指掌。傅斯年認為毛澤東是從這些材料里研究民眾心理，所以心底認為他不過宋江一流，專搞御人之術。二人在言及五四往事的時候，傅斯年不忘挖苦毛道：「我們不過是陳勝、吳廣，你們才是項羽、劉邦。」毛澤東在贈傅斯年的字幅中，題了首詩回敬道：
竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居。
坑灰未燼山東亂，劉項原來不讀書。
這首是唐人章碣的《焚書坑》，詩中毛澤東以「劉項原來不讀書」來自比，自認沒有傅斯年書讀的多，言下之意耐人尋味。
關於毛澤東與傅斯年的隔閡，斯諾《西行漫記》裏有段毛澤東談及的細節：「在那些來閱覽的人當中，我認出了一些有名的新文化運動頭面人物的名字，如傅斯年、羅家倫等等，我對他們極有興趣。我打算去和他們攀談政治和文化問題，可是他們都是些大忙人，沒有時間聽一個圖書助理員說南方土話。」當時傅斯年為名噪一時的五四健將，而毛澤東則是一個相當於師範中專畢業的臨時圖書助理員，兩者相形之下地位懸殊甚大。這些心理陰影可能造成了日後毛澤東對傅斯年沒有好感，同時也正是傅斯年不可能對毛澤東產生佩服之情的一個根源。
傅斯年在延安訪問時，看到會議室禮堂里密密麻麻地掛滿了各地送來的錦旗，心直口快的「傅大炮」忍不住了，語帶譏諷地說：「堂哉，皇哉。」毛澤東聽出了其中的嘲諷意味，心裏自然很是不爽，但礙於情面沒有出聲。當傅斯年遇見黃炎培等人時，發覺他們竟然把毛澤東送的土織毛毯，好像當作皇帝欽賜飾終大典的陀羅經一樣被供奉收藏，讓自詡清正的傅斯年極為鄙視和反感。
這次短暫的延安之旅，使傅斯年看透了共產黨之本質，也為日後的去從做出了選擇。
