到了2000年，紀檢、監察、海關、公安、檢察、法院、金融、稅務等部門協同辦案，廈門特大走私案及相關的職務犯罪的案情被基本查清。在這期間，共有600多名涉案人員被審查，其中有近300人被追究了刑事責任。2001年，各級人民法院已對廈門特大走私案涉及的167起案件做出判決，涉及被告人269人。在2001年7月還沒有結案時，就已有幾人被判處死刑，並已執行，其中包括中國工商銀行廈門市分行原行長葉季諶、廈門海關李寶民和李士專等人。
這麼一個世紀大案，在沒有完全查明的情況下就槍斃十幾個從犯，事實上是把證據消滅了，讓「遠華案」成為結不了的懸案。這其中的原因，就是因為案件牽扯到了江澤民自己身邊的人，所以江澤民迫不及待地要殺人滅口。而這種陰險的殺人滅口，卻被江澤民拿來當作自己的決心和成績在媒體上大吹特吹。
在遠華案中，江澤民的心腹、江辦主任賈廷安就曾向賴通風報信。賴昌星透露，他和江澤民五個秘書中的三個都很熟，包括大秘書賈廷安。賈廷安是江澤民當總書記時的辦公廳主任。從江澤民在電子工業部時，他就擔任江的秘書。1985年1月，賈廷安跟隨江澤民從北京到上海。1989年6月，又隨江澤民回到北京。賈是江澤民最重要的秘書、幕僚，內部稱其為「大秘書。」
2004年，江澤民把江辦主任賈廷安調升軍委辦主任，還硬以「特殊情況」和「有利於工作」為由，提出將賈廷安從上校直接擢升為中將。軍委委員們說賈的行政級別也就是司局級、軍銜是上校，這樣做底下會造反。江澤民不死心，再次提出，在中央軍委討論時，二度被擱置，可見賈廷安是江的心腹。
賴昌星對《遠華案黑幕》的作者盛雪說，雖然他和江澤民本人沒有直接接觸，但他曾有意給中央軍委捐款。江的秘書便報告給了江澤民。賴昌星披露，江澤民「他本來也知道我是他秘書的好朋友。」
圖為賈慶林（左一）江澤民與黃菊
遠華案中牽涉到的另一個主角就是江澤民的親信賈慶林。
廈門遠華案涉案資金確定為700億人民幣左右，牽涉多達250名以上的地方、省甚至是中央級別的官員。他們被指控在1994年到1999年期間，收受數百萬美元的賄賂，使價值數億美元，包括汽車、燃油、原材料、重型機器和奢侈品的貨物通過廈門港口走私到中國。而1994至1996年，賈慶林是福建省委書記和福建省人大常委會主任，這是江澤民不讓往上查遠華案的原因。
賈慶林生於1940年3月，河北泊頭人，因為與江澤民同具第一機械部工作經歷，幸運地受到「老上級」江澤民的欣賞，因此隨着江澤民後來當上中共總書記，政治前途一路水漲船高。
在江澤民打垮北京市委書記陳希同後，1996年時任福建省委書記的賈慶林，被江澤民提拔到北京當市長，之後再出任北京市委書記和政治局委員。2003年，中紀委四位副書記向中央委員會提出對賈慶林資格政審進行覆核，各民主黨派和政協人士紛紛提出反對賈慶林任政協主席的同時，國務院審計署又爆出了賈慶林在福建主政期間的特大經濟醜聞。
國務院審計署於2003年1月下旬，向中共中央政治局、人大常委會提交了本屆審計國債專項建設資金報告。該報告披露，1993年由福建省委決定，投資二十億元，建設福州長樂國際機場。至1997年初，已超支十二億元。而1993年至1997年，賈慶林在福建省長、省委書記任期內，挪用和侵吞建造長樂機場建設費用。經查證，其中十二億八千萬元，是被福建省委、省政府挪用侵吞了，大多消耗在給高幹搞福利或下落無據、不明。福州長樂國際機場建成後，從1998年初運營至2002年，五年間累計虧損達十五億五千萬元。其原因是建設規模過度超前，目前旅客量和貨運量，只達到設計規模的百分之三十，機場建造實際成本是國內同等機場的一點二五倍。該審計報告還披露：在興建過程中，賈慶林、賀國強先後十一次簽發挪用國土專項資金來墊付超支經費達十二億元。
審計署還查證：借建機場挪用、侵吞的資金，部份是興建和購買了五百七十多幢豪華別墅，分佈在福州，廈門，珠海、大連、青島、無錫、杭州、北京等地，被二百三十多名高官匿名侵吞。
2000年12月，國務院審計署在審計國債專項建設資金時，已在審計報告中重點提出：在興建機場、建設高速公路、三峽工程、農業綜合開發這四大建設中，嚴重擠占挪用建設資金、嚴重超支、投資資金下落不明等情況嚴重，並點了「賈賀工程」(「假禍工程」)存在着挪用及資金去向不明等問題。
當時，這一報告送江澤民審閱時，江澤民僅作了簡單的批示：類似長樂機場情況，比較普遍，問題出在管理上。之後便退回給國務院了。
賈慶林當福建省委書記時，他的妻子林幼芳在中國外貿集團福建省總公司任黨委書記。林與遠華撇不清關係，有嚴重貪腐行為。為此，2000年江澤民讓賈慶林與她離婚，用來表明賈跟林幼芳「劃清界線」。不過，林幼芳曾在2000年1月公開否認了有關她的丈夫已經同她離婚的報導。她說：「我結婚四十年，我們的關係很好，有一個幸福的家庭。」當時，她還澄清指出，她「從來沒有聽說過那家在香港註冊的華遠公司」。當然林幼芳是在裝傻，涉及走私的集團是福建廈門的「遠華集團」而非「香港註冊的華遠公司」。福建人都說，林幼芳負責福建的外貿，不認識福建的第一大進出口大富戶，只有傻瓜才相信。她的辯白是越描越黑。
1999年9月18日，江澤民刻意「考察北京城市建設工作」，和當時面臨彈劾聲浪的北京市委書記賈慶林同時出席公開活動。外界普遍認為，這是江澤民挺賈的一個政治動作。
臨近十屆人大、政協「兩會」召開，被江澤民內定為十屆政協主席的賈慶林，迫於壓力正式以書面形式，以健康為由，向中央政治局提出要求，請辭政治局委員、政治局常委的職務，與妻子返回家鄉「休養」，但被江澤民嚴詞拒絕。江澤民說：你要下台了，我就完了。可見江澤民有不可告人的經濟犯罪沒有披露出來。江利用賈，賈保護江，他們之間的利害關係可見一斑。
儘管江澤民把賈慶林塞進中共最高權力機構，但遠華案始終是賈永遠揮之不去的陰影。賈和遠華案的關係，也成為中共腐敗政治的最大經典，成了江澤民反腐空話的最大諷刺。
2011年7月23日，賴昌星被加拿大政府遣返回中國，正值中共大佬們雲集北戴河召開會議，商討十八大人事權力分配。賴昌星的回國，對賈慶林打擊最大，賈慶林因此放棄了十八大人事安排的發言權。在2012年年初的王立軍、薄熙來事件中，賈慶林的態度一直曖昧，不像周永康那樣與胡、溫死頂，蓋因遠華案軟肋被攻擊之故。
像賈慶林這樣的貪官，還有黃菊和陳良宇等，都一度是江澤民死保的對象。在2006年，江澤民為維持權力和十七大人事發言權而棄陳保黃，造成陳良宇被判18年徒刑。
以反腐打擊政敵
以反腐打擊政敵是江澤民的一大發明。前面提到的陳希同是最典型的一個例子。
在遠華案爆發後，江澤民也根據涉案人員與自己的親疏遠近或打或保。被江澤民重手修理的人中有中共資深外交官姬鵬飛的兒子姬勝德，被判處了死緩。
這次遠華走私案，受牽連最深的黨和國家級前領導人是前中共中央政治局常委、中央軍委副主席劉華清。劉華清的女兒劉超英和一兒媳婦均因涉遠華走私案被捕。
劉華清是「六四」之後鄧小平給沒摸過槍的江澤民安排的軍事「保姆」。鄧小平安排江澤民擔任中共中央總書記、軍委主席時，擔心江澤民與軍隊毫無淵源，因而特地安排劉華清、張震兩員老將出任軍委副主席，為江澤民保駕，以穩定軍心。
江澤民在翅膀逐漸變硬了之後，開始在軍中培植自己的勢力，提拔了一批中青年將領。不久，江澤民改變了以往不問軍事的習慣，更多的直接插手軍中的事務。劉華清、張震曾經多次聲稱，要由懂軍事的人領導軍隊，以此來表達對江澤民插手軍隊的不滿。甚至有人說，劉華清在政治局會議上經常指着江澤民的鼻子教訓他，因為他覺得他是鄧小平安排下來的，在沒打過一天仗的江澤民面前擺擺老資格是理所當然的。他哪裏知道江澤民是小人，得罪不起。
