隨着薄熙來的仕途告終，人們都在呼籲平反薄製造的冤案。不過薄熙來最大的冤案應該算是迫害法輪功欠下的血債。據〝追查迫害法輪功國際組織〞的證據顯示，從99年中共開始迫害法輪功以來，薄熙來所到之處，都是迫害法輪功最嚴重、手段最殘忍、死亡人數最多的地區。
薄熙來在倒台之前，因迫害法輪功，涉嫌〝群體滅絕〞和〝酷刑罪〞已在全球十二個國家遭到刑事控告和民事起訴，其中澳洲的高等法院已在薄熙來缺庭情況下判決法輪功學員一審勝訴。
根據〝追查國際〞的調查記錄顯示，薄熙來在遼寧擔任省長期間，遼寧成為迫害法輪功重災區，僅由《明慧網》公佈確認的，被迫害致死的法輪功學員就高達406名。
遼寧境內的〝馬三家教養院〞、〝大連教養院〞等對法輪功學員的酷刑虐待極其嚴重；第一個被曝光出來的活摘法輪功器官的集中營，就在遼寧瀋陽蘇家屯；而王立軍獲得〝光華創新特別貢獻獎〞的所謂〝注射藥物後器官受體移植試驗〞也是在遼寧錦州。
一名在活摘器官現場持槍警衛的武警向〝追查國際〞舉報，王立軍下了死命令對法輪功學員〝必須趕盡殺絕〞。
錦州武警：〝不打任何麻藥，手術刀在胸脯，一刀下去，血是噴濺出來的。那個女人就嗷..大叫一聲，說法輪大法好。這個人身份是一個老師啊，在這之前，她受過的羞辱更大。我們的警察有不少就是變態的那種，給她進行，用鉗子、用窺視器，對她進行屬於是猥褻，她長的有點姿色，比較漂亮，對她進行強暴……，當時王立軍，現在的重慶公安局長，下死命令『必須斬盡殺絕』。〞
〝追查國際〞負責人汪志遠透露，薄熙來在遼寧大連任市長期間，大連市系統性的對法輪功學員進行非法抓捕、關押、毒打、電擊及性虐待。
汪志遠：〝從活摘器官的調查看來，他們多數涉嫌使用法輪功學員， 進行這方面的試驗的， 或者心理研究，從他們現在的報導和證據證明，他們是對試驗對像活摘器官和注射藥物，猝死過程中，對這些對像進行心理學的、生理學、病理學各方面的觀察。〞
瀋陽知情人張天意敘述，2003年5月，軍方特務要帶走幾名法輪功學員去王立軍管轄的鐵嶺市，一些學員被直接丟進獅子和老虎籠子裏，讓猛獸吞食活體而以此取樂尋求剌激，他還說，至少有五千名法輪功學員失蹤，下落不明。
汪志遠還表示，薄熙來到重慶後，重慶迫害法輪功急速加重，2008年，薄熙來把王立軍從錦州空降到重慶擔任公安局長，重慶市法輪大法學員被非法抓捕的數量急劇增多，王立軍還指示重慶警局要加快〝無創傷解剖〞的實踐應用，也就是活體摘除器官和移植實踐。
資深法學專家趙遠明指出，王立軍只是薄熙來使用的工具，薄熙來才是首犯。
趙遠明：〝公安、檢察系統、法院系統對法輪功的迫害，作為薄熙來也好，作為中共的其他官員也好，只要是在你管轄的範圍之內，在你擔任的這個時期，出現所有的迫害行為，你都要負責，法理上講，因為這種有組織的犯罪，它是集團性質的，不是某一個人的，只有上面首肯了、認可了或者默許了，底下的人才可能去做。〞
加拿大前亞太司司長、資深國會議員大衛．喬高在〝關於中共活摘器官的調查報告〞中寫道，據我們的女證人說，薄熙來在遼寧任職期間，有兩千名法輪功學員的眼角膜被手術摘取。
2004年，加拿大皇家騎警將45名迫害法輪功的中共高官列入監視名單，可以拒絕他們進入加拿大、遣返或起訴等，名單中就有薄熙來。
2010年3月16號，美國國會以412票贊成、一票反對的絕對優勢通過了第605號決議案，要求立即結束中共對法輪功學員的迫害、脅迫、監禁及酷刑折磨，釋放所有被關押的法輪功學員。
〝追查國際〞呼籲，世界人權組織和中共政府在調查薄熙來、王立軍的罪行中，應該把他們犯下的人類所不能容忍的活摘人體器官等酷刑罪放在重要位置。
