與北京隆重慶祝清華大學百歲誕辰相比，台灣新竹國立清華大學校慶相對低調，沒有特別儀式和活動。新竹清華校長陳力俊透露，新竹清華大學每年還收到來自美國的庚子賠款支票。他稱，新竹清華將在北京清華設點，招收大陸學生。
1901年八國聯軍侵華，清政府被迫簽署《辛丑條約》，賠八國白銀 4.5億両（即當時中國人口每人賠一両），史稱庚子賠款。後美國同意將賠款部份退還中方，逐年退還，建立基金用於人才培訓，清朝遂以此款於 1911年創辦清華學堂。
陳力俊指，民國政府遷台後，時任清華校長梅貽琦前往美國處理清華基金事宜。 1956年，清華在台新竹建校，基金繼續向台付款，現由台灣中華教育文化基金會代管庚子賠款的紅利或利息，新竹清華每年還收到庚子賠款。
