西藏精神領袖達賴喇嘛抵台後展開為災民的祈福活動也掀起一連串風波。大陸多份報刊星期二在報導達賴訪台時，則一面倒地刻意集中在台灣民眾的抗議行動方面，例如人民日報報導高鐵站已聚集上百抗議民眾，他們手持抗議布條紙板，也有的高舉五星紅旗，高喊："滾回去，台灣是中國的!"大陸央視更和台灣的中天電視台做現場聯線，將台灣部份人士抗議情況講述一番。
對於這些報導，中國泛藍聯盟湖南長沙成員張子霖表示感嘆，他說在台灣可以有共產黨，可以高舉五星旗抗議，他們泛藍成員在大陸舉青天白日旗卻遭種種打擊報復："在大陸你根本沒有這方面的自由，你表達自己的政治自由是沒有的，而在台灣不一樣。所以說達賴訪問台灣的話，台灣出現了一些民眾表示抗議的，我覺得這是很小的一部分，因為在大陸在這方面的一些報導經常是片面性的，我們可以看一看台灣方面的媒體報導，或者其他一些國家的國際媒體報導，所以達賴還是受到很多民眾的歡迎的。"
本台記者同時發現，大陸許多媒體都大肆批評了民進黨的用心不良，但對於批准達賴來台的馬英九則不置一詞。深圳異見人士趙達功認為，北京當局只對民進黨批評是不對的，因為最終批准達賴來台的是馬英九，這說明了台灣民眾的訴求，絕非像大陸官方媒體報導那樣，全都是抗議之聲："有一點是共產黨獨裁政權，專制政權無法適應的就是說，它這個民主社會遊戲規則，不是說像中國一樣一個領導人就可以決定一切，達賴能不能訪問台灣，不是說馬英九政府就能決定的。共產黨它可能忘記了，台灣地區它是個民主制度的社會，這個社會人人都是自由的，它是個政黨輪替的政權，不是一個一黨獨裁的政權。"
在馬英九批准達賴赴台後，不少大陸線民在網上發動攻勢，表示台灣八八風災，大陸為此發起了賑災，捐了許多錢，馬英九卻恩將仇報，簡直是將熱臉貼在馬的屁股上，要求北京當局立即收復台灣。
香港蘋果日報星期二一篇署名張華的評論表示，捐錢助台救災，存乎一心，那麼多的計算，希望台灣收錢後「懂得做」，這不是捐錢，而是收買！香港開放雜誌執行編輯蔡詠梅表示，北京的捐款也是為了台灣的災民，但達賴的祈福同樣也是安撫這些亡靈。但北京當局只許自己放火，不許他人點燈，她認為這只會讓台灣民心更加疏離。蔡詠梅說："畢竟還不是中國的一部分，還不是它統治管轄的地區，它現在就已經可以干涉到這種程度了，那台灣要是和中國統一的話，整個台灣人民選出的權力也會喪失掉。"
