反動派說：『民盟是共產黨的尾巴』，你為什麼就不怕人民說：『你是國民黨的幫凶』呢？」有人當場舉例駁斥潘：「你當時在上海主編的《華年》……裏面的社評文章乃至漫畫，都是露骨的反共言論。例如『共匪如何姦淫燒殺，如何恐怖』。有一篇社論叫《剿匪已入最後階段》，還有一些通訊如『向赤都瑞金進軍』、『匪區之一般』、『剿共聲中的貴州』等等，裏面儘是一些『共禍』、『赤匪』的字眼，你說你看到國民黨所殺革命青年而痛恨，這不是當面撒謊嗎？」
實際上，潘光旦這時被認定的「歷史問題」太多了。如加入過反動的國社黨，與這時被內定有裏通外國嫌疑的張東蓀關係密切，戰後又簽名於反蘇宣言，積極參與集中了眾多「反共」學人的社會經濟研究所的活動，政論文中更有大量「反蘇反共」言論，等等。不僅如此，潘的態度也大成問題。據揭發，潘對「忠誠老實交(待)清」活動私下裏頗多微詞，態度倨傲，實際上對檢討自己的問題懷有明顯的牴觸情緒，因此，學校節約檢查委員會原本也不打算讓潘過關。此前，它已經組織教師和學生全面查閱和整理過潘過去所編的雜誌和發表的文章，以從中尋找更多的珠絲馬跡，用以批駁潘的種種辯解，迫使其交代清楚問題。會後印發的《潘光旦先生解放前的反動言論摘錄》，就摘章斷句地列舉出了大量潘光旦當年發表過的所謂「反蘇反共擁蔣親美」的言論，更凸顯出潘政治歷史上的反動。
經過一系列有組織的準備和動員，3月29日下午，節約檢查委員會進一步召開全校師生大會，組織發動學生教師對潘光旦的第三次檢討進行揭發批判，以狠殺潘光旦的那股傲氣。發言者根據安排，分別就潘的不同檢討側面進行了慷慨激昂的斥責，而火力最猛之處，無疑還是那些讓潘永遠也解釋不清楚的「歷史問題」。
物理系教授余瑞璜着重從潘自己所編雜誌和所寫文章的相關內容，批駁潘關於自己一貫反蔣的說辭。航空學院教授寧晃着重揭發批判潘「親美崇美恐美思想」，否認潘在對美認識和感情上已經徹底改造思想。地理系講師李孝芳則集中火力揭發了潘在「一二·九」運動期間對清華學運的「壓制」與「迫害」，強調潘並非如他所說是左右為難，秉公辦事，而是利用行政權力，又是查封學生的進步刊物，又是檢查封閉學生的進步團體，並且以破壞學校秩序為名，公然開除進步學生。最為弔詭之處，是有教授發言把潘光旦建國前後所寫的反美文章，竟然也說成是「站在美國立場講話」。稱：潘光旦「解放前曾聯名與人在反動刊物發表《忠告美國政府》一文，污衊反美扶日運動，文中暗示要求美國援助蔣匪的反蘇反共，解放後仍在《光明日報》發表《美國——一個錯誤》一文，站在美國立場講話，把美國侵朝戰爭說成是一個錯誤，認為朝鮮戰爭是北韓打了美國一悶棍，勸告美國應休息、靜養、反省、檢討，否則弄得不好，會斷送了前途等。」
29日大會當晚，民盟清華大學分部也根據節約檢查委員會的安排，馬不停蹄地召開了全體盟員大會，進一步對潘光旦輪番轟炸。與會40多盟員39人都對潘進行了揭發批判，有些人還兩度發言，長篇大論，整個會議因此直開到次日凌晨，開了6個小時之久。潘光旦因為一向我行我素，在民盟中與一些人久有宿怨，因此會議一開始他就看出大勢所趨，先大包大攬，承認錯誤，說自己不能領導，要求民盟市支部撤銷自己的區分部主委職務云云。他的這一傲慢態度，又激起與會者的不滿，認為他這是先發制人，火藥味因而更加濃烈。會議的基本結論是：潘光旦在盟中一貫立場反動，親美反蘇，並大搞任人為親，宗派主義，與此次運動中被揭發出來，且已經定性為有「裏通外國」的嚴重「政治問題」的張東蓀等打得火熱，「連盟員的資格都不夠」。
在這次會議上特別值得注意的是費孝通的發言。聽到許多揭發批判把潘的問題與張東蓀的問題相聯繫，費孝通深不以為然，在發言中代潘進行了大量辯解。說「與張東蓀不同，潘主要是思想問題，應幫助他進行思想改造，撤職則是處分問題，要看其行動，故應慎重考慮。」說「潘反蔣不反共，在昆明同龍雲有關係，同時與華崗也有往來，可以證明」。說潘反對集體主義，認為蘇聯是集體主義，也是法西斯主義，但潘並非直接反蘇。說應承認潘對民盟還是有貢獻的，如聯絡上層、組織捐款等，但潘不認識群眾力量，不作群眾工作，這是方法上的錯誤。說北平解放後潘所以一度思想消極，並非對新中國不滿，只是因為「民盟沒選出他參加政協，他不滿意，有進步包袱，不學習」，等等。
費孝通的這些辯解，也使得一些與會盟員大為不滿。有人當場站起來斥責費說：「潘光旦幾次檢討不好原來是有人給他拉後腿，這人就是費孝通。」有人厲聲質問說：「費孝通幫助張東蓀作檢討，又包庇潘光旦，和張、潘很熟，一定知道他們搞小宗派，但又不揭發，是否自己也在小宗派之內？」因此，許多人認為費本人的檢討雖已通過，但思想還是這樣糊塗，應讓費再作檢討，不能馬虎過關。在與會者的強大壓力下，據會議記錄者記錄稱：費孝通當時「面色極為難堪，低頭不發一語，最後表示願做檢討」。
