1．法隆寺地區的佛教古蹟（奈良縣）（1993）
法隆寺是聖德太子於飛鳥時代建造的木造寺廟，現在是日本佛教聖德宗的本山，是深受中國影響的木造建築群，其建築樣式是所謂「飛鳥樣式」的代表。此外，聖德太子也在這一地區興建了許多寺廟。這些木造建築物記錄了日本接受佛教的歷史，以及佛教由中國傳入的過程。
2．姫路城（兵庫縣）（1993）
因為姬路城的外牆為白色，因此也被稱為白鷺城。作為日本最具象徵意義，且保留度最為完整的城堡，姬路城既是日本政府指定的國寶及國家特別史跡，也是日本首批世界文化遺產之一，在日本100名城的評選之中，連續幾年都是居於首位，非常具有觀賞和研究的價值。
3．屋久島（鹿兒島縣）（1993）
繩文杉是日本屋久島上的神木，是1966年由屋久町觀光課課長岩川貞次發現並介紹給日本大眾的，當時本來要命名為大岩杉，後來經過學者鑑定年齡在7000年以上，為日本繩文時代時期，因此定名為繩文杉。
4．白神山地（青森縣、秋田縣）（1993）
白神山地的世界遺產區域包括中央核心區域以及周邊緩衝地域，這些地域在世界遺產登錄時未經人類破壞，保持了原生態的環境。因此這些地域在遺產登錄以前既有的登山道以外再沒有其他道路，今後也不會鋪設。如果想深入白神山地腹地的話，必須事先提出申請。
5．古都京都遺址（京都府、滋賀縣）（1994）
公元794年，日本皇室下詔遷都平安京。平安京就位於現在的京都市，是一座模仿中國洛陽興建的都市。平安京在8世紀至19世紀中葉是日本的政治、文化中樞。眾多建築物，諸如神社、寺院，都見證了日本文化在這一段期間的飛速發展，也是研究那一時期歷史的最好教材，因此被登錄為世界遺產。
6．白川鄉和五個山的合掌結構村落（岐阜縣、富山縣）（1995）
合掌造是日本一種特殊的民宅形式，是以茅草覆蓋屋頂，呈人字型的屋頂如同雙手合十一般，因而得名。合掌造通常為木造建築物，在興建的過程中完全不用釘子，但仍然十分牢固。合掌造的屋頂十分陡峭，這樣設計的目的是為了使積雪容易滑落不會堆積，以避免冬季的大雪將屋頂壓垮。
7．原爆圓頂館（廣島縣）（1996）
這是一座建築物遺址，位於日本廣島縣廣島市市中心、元安川河畔。1945年8月6日，美軍以原子彈轟炸廣島，爆炸中心附近的建築物幾乎全數被夷為平地，因為這座建築剛好位於爆炸點的正下方，沒有受到爆炸時產生的衝擊波的影響，因此屹立至今沒有傾倒，成為了戰爭的見證，隨時提醒世人要不忘和平。
8．嚴島神社（廣島縣）（1996）
嚴島的神社創建於約公元593年，擁有約一千四百年的歷史，為日本國內其他五百餘座嚴島神社的總本社。神社前方立於海中的大型鳥居是被譽為「日本三景」之一，是神社境內最知名的地標。
9．古都奈良的歷史遺蹟（奈良縣）（1998）
在公元710年~794年之間奈良曾是日本的首都，日本在這一時期與中國唐朝的交流促使了日本文化的形成與發展。在遷都至平安京（今京都市）之後，也繼續以宗教中心的角色保持着繁榮。這段期間在奈良建造的諸多神社、寺院以及皇宮等建築物見證了日本文化在奈良時期的發展。
10．日光的神殿與廟宇（栃木縣）（1999）
1616年，德川家康的靈廟，即日光東照宮開始興建。此後，日光一地就成為德川家族及幕府的聖地。1636年，東照宮進行了大規模的翻修，形成了現在的規模，接着還興建了德川幕府第三代將軍，也就是德川家光的靈廟，即現在的大猷院。
11．琉球王國的城堡以及相關遺產群（沖繩縣）（2000）
從公元2世紀開始，琉球地區出現了國家，史稱三山時代，到15世紀被統一為琉球王國。琉球國的文化，融合了這段時期的當地文化和日本、中國等地區的文化，形成了特殊的文化風貌。其中，最具有代表性的就是琉球式城堡。2019年10月，首里城突發火災，正殿、北殿和南殿被全部燒毀。2020年3月，日本政府確定首里城重建計劃，將於2022開工，爭取於2026年完工。
12．紀伊山地的靈場和參拜道（三重縣、奈良縣、和歌山縣）（2004）
這一地區世界遺產的主體是高野山、吉野山及金峰山三個靈場。自古以來，這三座山就是山嶽信仰的聖地。平安時代，真言宗的創立者空海大師跟隨遣唐使到中國學習佛法，學成歸國後在此創教建寺，也就是現在著名的金剛峰寺。
13．知床（北海道）（2005）
知床半島是日本北海道東北部的半島，突出於鄂霍次克海，於1964年成為知床國立公園。2005年7月，作為「位於北半球，是能夠看見浮冰的最南地區之一」正式被登錄為世界自然遺產。
14．石見銀山遺蹟與其文化景觀（島根縣）（2007）
石見銀山的礦脈位於石見國東部，相當於今天的島根縣大田市大森地區中央的位置，因此又被稱為大森銀山。早期的開採區是仙山山頂周圍的銀礦石，在開發期間陸續發現黃銅礦、黃鐵礦、鉛礦等礦脈。
15．小笠原群島（東京都）（2011）
雖距離東京1000公里，但行政區劃上還是屬於東京。其中著名的有父島、母島和硫磺島等等。
16．平泉—象徵着佛教淨土的建築庭院及考古學遺蹟群（岩手縣）（2011）
平泉，象徵着佛教淨土的廟宇、園林與考古遺址，是日本岩手縣平泉町存在的一系列寺院的總稱。按照8世紀傳到日本的淨土宗的宇宙觀建造而成。其中中尊寺金色堂最為有名，還有毛越寺等其他建築群也是非常值得一看的地方。
17．富士山—信仰的對象與藝術的源泉（靜岡縣、山梨縣）（2013）
富士山可以說是日本的象徵之一了，也是日本最高的山峰、橫跨靜岡縣和山梨縣的活火山，日本三名山之一，其名稱來自於竹取物語，被日本人視為聖山。由於富士山本身的魅力和在日本的地位，成功於2013年正式獲選列入世界文化遺產。
18．富岡制絲廠和絲綢產業遺產群（群馬縣）（2014）
富岡制絲廠建於1872年，是明治維新後第一個由日本政府官方出資建造的，由法國人參與設計與管理的現代制絲廠。富岡制絲廠與周邊的田島家、高山社、荒船風穴合作，在群馬縣培育良種蠶、並且逐步擴大生產規模，改進生產技術，成功使日本制絲水平躋身為世界一流。
19．明治工業革命遺蹟：鋼鐵、造船和煤礦（岩手縣、靜岡縣、山口縣、福岡縣、熊本縣、佐賀縣、長崎縣、鹿兒島縣）（2015）
明治工業革命遺蹟分佈在8個縣中的11個市。時間跨度大致為1850年至1910年，涉及鋼鐵冶煉、造船、煤炭等行業，主要包括：橋野鐵礦、韭山反射爐、萩反射爐、惠美須鼻造船廠遺址、大板山煉鋼遺址、松下村塾、萩城城下町、八幡制鐵所、遠賀川水源地泵房、三池煤礦·三池港、三角港、三重津海軍所遺蹟、小菅修船廠遺址、三菱長崎造船廠（第三船渠、大型塔吊、舊模型室、占勝閣）、端島煤礦、高島煤礦、哥拉巴園、舊集成館、寺山炭窯遺址、關吉水渠。
20．國立西洋美術館本館（東京都）（2016）
列入為世界遺產「勒·柯布西耶的建築作品，對現代運動的傑出貢獻」的7個國家17件作品之一。
21．「神宿之島」宗像·沖之島及相關遺產群（福岡縣）（2017）
沖之島距離九州本島約60公里，全島都是福岡神道教神社宗像大社的領地，山腹有宗像大社的沖津宮，人們在這裏祈求海上航行平安。該島面積僅0.97平方公里，平時是一座無人島，只有常駐沖津宮的神職人員，這是已經延續了百年的傳統。沖之島最大的特點就是禁止女性登島，男性只有每年的5月27日才能登島，並且僅限200人，登島前必須全裸入海潔淨身體。
22．長崎與天草地方的潛伏基督徒相關遺產（長崎縣、熊本縣）（2018）
這一部分世界遺產由天草市內島原之亂的舞台、長崎縣南島原市的原城遺蹟，以及信仰集中的平戶聖地與村落等的12項文化資產區塊構成。江戶幕府禁止信仰基督教的17世紀至19世紀，基督教在長崎縣、熊本縣天草地區與傳統宗教及社會共存的同時，暗中持續守護信仰的基督徒孕育出了獨特文化傳統，可以說這一地區記錄了日本基督教的歷史。
23．百舌鳥・古市古墳群—古代日本的墳墓群—（大阪府）（2019）
百舌鳥及古市古墳群分佈在大阪府南部，是指在古墳時代的最盛期（4世紀下半葉至5世紀下半葉）建造的古墳群。由呈世界上獨一無二的鎖孔形的前方後圓墳以及諸多墳墓密集而成。最著名是位於堺市的仁德天皇陵古墳，墳丘長約486米，是日本最大的前方後圓墳。
（注1）圖中藍色是文化遺產，粉紅色是自然遺產。
（注2）"19明治工業革命遺蹟：鋼鐵、造船和煤礦"相關遺蹟分佈在岩手縣、靜岡縣、山口縣、福岡縣、熊本縣、佐賀縣、長崎縣和鹿兒島縣。
1．法隆寺地區的佛教古蹟（奈良縣）（1993）
2．姫路城（兵庫縣）（1993）
3．屋久島（鹿兒島縣）（1993）
4．白神山地（青森縣、秋田縣）（1993）
5．古都京都遺址（京都府、滋賀縣）（1994）
6．白川鄉和五個山的合掌結構村落（岐阜縣、富山縣）（1995）
7．原爆圓頂館（廣島縣）（1996）
8．嚴島神社（廣島縣）（1996）
9．古都奈良的歷史遺蹟（奈良縣）（1998）
10．日光的神殿與廟宇（栃木縣）（1999）
11．琉球王國的城堡以及相關遺產群（沖繩縣）（2000）
12．紀伊山地的靈場和參拜道（三重縣、奈良縣、和歌山縣）（2004）
13．知床（北海道）（2005）
14．石見銀山遺蹟與其文化景觀（島根縣）（2007）
15．小笠原群島（東京都）（2011）
16．平泉—象徵着佛教淨土的建築庭院及考古學遺蹟群（岩手縣）（2011）
17．富士山—信仰的對象與藝術的源泉（靜岡縣、山梨縣）（2013）
18．富岡制絲廠和絲綢產業遺產群（群馬縣）（2014）
19．明治工業革命遺蹟：鋼鐵、造船和煤礦（岩手縣、靜岡縣、山口縣、福岡縣、熊本縣、佐賀縣、長崎縣、鹿兒島縣）（2015）
20．國立西洋美術館本館（東京都）（2016）
21．「神宿之島」宗像·沖之島及相關遺產群（福岡縣）（2017）
22．長崎與天草地方的潛伏基督徒相關遺產（長崎縣、熊本縣）（2018）
23．百舌鳥・古市古墳群—古代日本的墳墓群—（大阪府）（2019）
