台灣前總統馬英九7月14日就南中國海仲裁案發表公開看法。他表示，台北在南中國海所主張的「十一段線」與北京所說的「九段線」不可混為一談。
海牙的南中國海仲裁庭7月12日公佈的南中國海仲裁案的仲裁結果認定，中國在南中國海「九段線」擁有歷史性權益的說法無法律依據。在該仲裁結果出爐前後，台灣內部有一派聲音認為，台灣不應強調所謂中華民國對南中國海的歷史權益，以免被認為台灣和中國大陸的觀點趨同而受到國際社會質疑。
馬英九在出席中華民國國際法學會舉辦的「南海仲裁案研討會」上表示，台灣的中華民國政府所主張的與北京所主張的不可相提並論。他說：「我們要弄清楚，南海諸島的位置圖在（1947年）公佈的時候中共還沒有建政，這是第一。第二個是它（中共）出來（建政）以後弄出『九段線』是從『十一段線』減少的。我們先，他們後。他們學我們再修改的，又不是我們學他們。」
馬英九還表示，台灣強調歷史權益能夠有助於為台灣在南中國海爭取更多權益。他說：「有人說不要提歷史性的論述，生怕這樣會和中共粘在一起，但對於領土主權來講，歷史論據非常重要。」
對於一些台灣人來說，南中國海仲裁案對台灣最大的影響在於裁決書中將台灣列為中國的一部分。台灣新國策智庫副執行長林廷輝星期三接受美國之音採訪時表示，南中國海仲裁案對台灣最大的影響是其主權地位被損害。他說：「我覺得這個仲裁案當中對台灣更重大的挑戰和威脅在於把台灣視為是中國的一部分，因為在文字當中有提到Taiwan Authority of China（中國台灣當局）。那這樣一個表態對台灣的主權立場是一個嚴重打擊。」
對於南中國海仲裁案，台灣政界藍綠兩大陣營最大的共識是對仲裁庭認定太平島為「礁」感到無法接受和強烈不滿。曾於1月份以台灣總統身份登上太平島的馬英九在研討會上展示了來自太平島一口井的水。他表示，太平島上的天然淡水每天可供1500人飲用，仲裁庭將太平島定義為「礁岩」是罔顧事實。
南中國海仲裁案結果公佈後，中共外交部和國台辦表示，海峽兩岸應「共同維護南海領土主權和海洋權益」，「維護好中華民族的祖產」。對此，馬英九表示，南中國海的領土主權問題涉及高度的敏感性，目前如有合作將只限於民間。
他說：「我的看法是在民間當然是有（合作可能），可以去多討論各種方案，向各自的政府建議，這樣比較好。因為這個議題高度的敏感。你看我們去太平島，跟大陸一點關係都沒有，人家都會說你是不是為了大陸怎麼樣。我們國內有一批人整天就盯着我，說『你是不是親中賣台』。所以說，這個問題敏感度非常高，我覺得不必在這個時候去製造更多的困擾。」
台灣陸委會此前明確表示，兩岸不可能在南中國海問題上合作。陸委會副主委林正義星期三表示，中華民國政府在主權問題上「不相互合作」。
