毗鄰新界東北發展區、計劃興建「大學科研城」的落馬洲河套區，預計2020年落成運作。但《蘋果》取得政府最新密件顯示，港府原來與深圳就該區土地業權有爭議，但項目的工程研究撥款、環評、甚至前期工程招標早已偷步完成。團體質疑深圳隨時可向港方收回河套區，不可能當作香港土地發展。
落馬洲河套區面積約88公頃，原位處深圳境內；1997年深圳河治理工程將河道拉直後，河套區便落入深圳河以南的香港境內。其後深圳市政府宣稱擁有河套區業權，港府則指河套區屬香港範圍土地，應由港方管理。
至07年，時任特首曾蔭權與深圳達成協議，由兩地官員組成聯合專責小組，以「共同開發、共享成果」原則合作發展河套區；又合資進行土地勘測及工程研究，港方出資3,370萬元，由財委會撥款，最後決定將河套區發展成大學科研城。環境評估報告及前期工程招標也分別於去年尾及本年初完成，項目隨時可上馬。
深圳稱擁業權 律政司質疑
不過，本報獲得政府最新密件顯示，兩地就河套區的土地業權問題仍未解決。文件提到深圳市政府在去年11月19日聯合專責小組會議上，就河套區業權問題提出「共識」，要求香港採納。當中提到深圳同意將河套區土地交港府，按香港法律進行批租，卻同時加入「港方尊重落馬洲河套地區一直以來屬於深圳的事實」等條文。文件指出，律政司認為有關說法未能確定香港擁有該區業權。
文件又引述，深圳政府在11月25日的深港合作會議中再修訂「共識」用字，加入「河套地區發展的全部費用由香港特區政府承擔」、「落馬洲河套區歷史上屬於深圳」等條文，再要求港方接受。但律政司仍有保留，指至今未收到深圳的證明文件，確認對方擁有河套區業權；又向發展局「溫馨提示」，指傳媒及立法會會對該區業權問題「感興趣」。
前基本法諮詢委員會委員李永達指，文件顯示港府在法律上無法處理河套區業權，香港的地域劃分由《基本法》訂明，早於1990年頒佈；落馬洲河套區卻是深圳河在1997年拉直後多出來的土地，《基本法》未有包括在內，如要確認香港在河套區有業權，免被深圳搶奪，只能要求人大常委修改《基本法》條文。雖然國務院1997年7月頒佈221號院令，指明香港地域界線以治理後的深圳河劃分，希望填補「灰色地帶」，但李指國務院令無法超越《基本法》，在港沒法律依據。
商業機構或無法向銀行借貸
公共專業聯盟召集人黎廣德批評，港府以「深圳」思維處理河套區發展，「以為兩個政府講咗就算數」。即使深圳答應將土地交予香港，背後也沒法律效力；「佢隨時收返，到時你去邊度仲裁？香港法院都管轄唔到」。他稱在土地業權不清下，獲政府批租土地的商業機構可能無法向銀行借貸，「唔會冒風險借錢畀你」。本土研究社成員陳劍青表示，翻查深圳市的長遠規劃文件，不難發現深圳企圖開發香港邊境的土地，「佢哋嗰啲規劃文件都好積極講香港邊境要點樣開發，河套附近已開發到盡」。發展局表示正就該區的土地用途擬定分區計劃大綱圖，但拒回應港府是否擁有業權、是否需修法。律政司則以法律專業保密權為由不回應。
