大陸國務院總理李克強未列名此次三中全會文件起草小組，遭外界質疑大權旁落，學者分析認為，此舉顯示習近平意圖進行黨政企分開的體制改革;但有觀察家指出，三中文件屬黨務，李未參與屬正常，況黨政分離的關鍵是黨是否仍大權在握。
香港明報昨報導，此次全面深化改革是以經濟體制改革為重點，而自朱鎔基一九九八年出任國務院總理後，經濟事務及經濟改革向來由總理主掌，李克強未能參與三中全會的綱領性文件起草工作，大權是否旁落令人好奇。
英國BBC中文網引述北京資深記者高瑜認為，由於三中全會「決定」的重點在於經濟體制改革，「按理總理是領導小組的組長，下面再來一個寫作班子什麼的，但現在不僅沒有總理，還來了一個管宣傳的劉雲山當副組長，那就很奇怪了。」
香港時事評論員劉銳紹則指出，當年中共十三大相關文件由楊尚昆起草，但事後他功成身退，李克強未參加文件起草小組，不代表無機會擔任中央全面深化改革小組的副組長;但他也強調，「必須密切關注李克強的未來動向」。
李克強未參與起草作業，也引發黨政分開的議論，但中共前總書記趙紫陽的政治秘書鮑彤接受港媒採訪認為，如果內核還是黨領導一切，那就不是改革;不過，香港的大陸問題專家梁國樑接受中央社採訪指出，習近平正努力往重新推動黨政企分開的方向邁進。
