到了9月初,金防部恢復元氣,炮指部覺得不能一直挨打,決定反擊。於是炮兵600群下轄的691、692營155加,於9月11日1600左右,對共軍主要補給轉運點廈門車站進行火力急襲,總共打了20群約240發炮彈,造成重大傷亡。據說當時共軍一個營正在卸載,炮彈把彈藥堆、火車、轉車台等全部打爛,傷亡700餘人,中共以為台軍用了原子彈,還向聯合國投訴。
最大的損失,是金門防衛部指揮中心。共軍的第一波炮擊,主要集中在金門的太武山,也就是金防部所在地。第一個落彈地點,正好在金防部的坑道門外。當時,金防中心的陸、海、空三個副司令官,分別是吉星文、趙家驤、章傑,剛剛用餐完畢離開坑道,都在第一批炮擊中陣亡。當時,國民黨的國防部長俞大維,正好在金門視察,被炮彈破片擊傷頭部。
今天是823炮戰62周年紀念日,中華民國國防部為此發佈「枕戈待旦,同島一命」影片,強調面對中共的軍事威脅,國軍「能戰、敢戰、戰到一兵一卒」,永遠守護台灣。