正如鄭振鐸、夏鼐等考古學家所擔憂的那樣,文物的保護技術和發掘意識成為了最大的隱憂。有些工作人員急於求成,倉促打開大門,致使深藏於地下三百多年的眾多名貴字畫、絲織品暴露在空氣中後,迅速氧化,造成了不可逆轉的破壞。其中,絲織品一動便成了粉末。1968年3月,吳晗雙腿癱瘓的妻子袁震,離開人世。八個月之後,吳晗被迫害致死。死前,頭髮被全部拔光。1976年9月23日,他們的養女、22歲的吳小彥在獄中自殺。