潘漢年被捕後,作為和他交往最長、關係最深、接觸最多的人,周恩來對此案非常關切。原中聯部部長羅青長多年後寫了一篇《潘漢年冤案的歷史背景》的回憶文章,透露了很多鮮為人知的細節。當周恩來得知潘漢年1939到1948年和中央來往的電報都在時,他讓羅青長等人把這些材料搜集起來,按年、月、日排列,潘漢年報告的,中央如何指示的……總理雖然對潘漢年案很關心,讓李克農寫報告,但最後在給潘漢年定罪的判決書上,他還是簽了字。
公安部調來的同志希望十三局的領導能向中央反映一下。公安部的領導回答他:「不行,這是中央定了的。」他回來後又找王德茂說,王德茂批評他:「你真糊塗,這個案子,你改得了嗎?」只是聽說潘漢年還向組織申請去香港繼續為黨工作,但是他不知道,毛澤東很早就定了調子:「此人從此不能信用。」誰還敢再用他?