和當年大多數知識份子一樣，奧本海默對共產主義運動非常同情。美國聯邦調查局在1941年開始對他進行暗地調查，甚至將他列入了"緊急拘捕名單"，也就是說，一旦國家發生緊急狀態，就可以立刻逮捕奧本海默。但後來的調查結果顯示，雖然他大力資助美國的共產主義運動和工人運動，但他本人並沒有正式加入過這些組織，也和蘇聯人沒有任何交往。奧本海默後來自己的解釋是說，他贊成共產主義運動，但不喜歡聽從誰的指令。共產主義組織中的紀律要求讓他受不了，因此他決定不加入任何這一類的組織。
