歐盟電子出入境系統（EES）上路後，部分機場出現通關壅塞，旅客面臨長時間排隊與生物辨識故障等問題。
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歐盟全新電子出入境系統（EES）正式開始運作，該系統原是透過臉部辨識、指紋採集等生物識別技術，逐步取代傳統護照蓋章，以提升申根區外部邊境的通關效率。然而，系統在今年夏季旅遊旺季實際運作後，卻頻頻傳出旅客遭遇長時間排隊、機器故障及人工核驗壅塞等問題，讓不少非歐盟旅客直呼「抓狂」。
在葡萄牙里斯本國際機場，地勤與飯店工作人員因先前曾出現嚴重壅塞，紛紛建議旅客提前3至4小時抵達。然而，部分旅客提早抵達後，現場卻幾乎沒有排隊人潮，只能在候機室等待數小時。
目前EES在實際運作中出現的問題，包括部分旅客不熟悉自助機台操作，不清楚如何正確掃描護照，導致單一旅客處理時間拉長，進一步造成後方隊伍累積。
此外，生物辨識技術也可能出現問題。部分旅客的指紋無法被系統辨識，加上現場人力不足，一旦自助機失效，往往只能轉往人工櫃枱處理。
不同交通節點之間的執行方式也不完全一致。有旅客在巴黎機場使用優先通道時未被採集指紋，隔天搭乘歐洲之星前往倫敦時同樣沒有完成採集，直到抵達里斯本後，才在邊境櫃枱完成相關程序。
面對夏季旅遊旺季可能出現的巨大人潮，部分航空業者與歐洲主要機場曾要求歐盟執行委員會暫時放寬EES相關規定，但相關請求遭到拒絕。部分機場因此在尖峰時段採取彈性措施，例如啟用緊急預案，直接人工檢驗疏導旅客。
隨着EES持續進入磨合階段，近期準備前往申根區的旅客需特別注意通關時間的不確定性：首先，入境或離開申根區時應預留充足緩衝，尤其是需要轉機的旅客，最好避免安排過於緊湊的轉機時間。其次，旅程首日與最後一天也不宜排得太滿。抵達歐洲後，不建議將接送或活動安排在過境後的短時間內；離境時則應完成登機及安檢後，儘早前往護照查驗區。
EES目前不需要旅客事先在線上申請，與英國部分新的入境規定有所不同。旅客可事先通過歐盟官方信息了解自助機台及生物識別程序，減少現場操作不熟悉造成的延誤。
另外，同行旅客的身份與年齡也可能影響通關方式。12歲以下兒童不適用自動生物識別系統，同時，所有準備過境 EES系統的旅客必須持有含電子晶片的生物識別護照，傳統老舊的非晶片護照將無法通關。因此家庭旅客應事先確認機場是否設有家庭或優先通道。