日本航空編號516班機2日降落羽田機場時與海上保安廳定翼機發生追撞起火意外，日本產經新聞報道，唯一倖存的海保機長接受訪問時解釋，當時聽到塔台下達「獲准進跑道」指令，也向機上5名組員進行確認，但沒人察覺有異狀，代表很可能是全員將塔台的「第一順位預備起飛」誤解為「第一順位起飛」。
報道指出，根據國土交通省公開的飛行紀錄顯示，2日下午5時45分，塔台管制員向海保機指示，第一順位。請在地面滑行至C5跑道的滑行道等待。」
8秒後，海保機機長宮本元氣回復道，「正在前往。」然而隨後卻直接進入跑道並停留長達40秒。期間，塔台管制員也並未發現海保機違反指令闖入跑道。
海上保安廳內部人士指出，機長與罹難的5名隊員全都有佩戴機上的航空耳麥，也就是說全員都能聽見機長與塔台在對講機內的對話。
機長最初獲救時一再聲稱，已獲得塔台許可進入跑道，事後面對調查時表示，「當時曾經和其他組員重複確認塔台指令。」
以此來看，海保機隊員很有可能全體誤將塔台的「第一順位準備」，誤解為「第一順位起飛」，也就是等日航編號516班機降落後第一順位起飛。