飛機上的廁所目前大概有兩種一種就是循環式廁所一種是吸入式廁所。
前一種裝置在比較老的飛機上面，屬於前一代的產品，作用的原理是廁所的排泄物會被衝到飛機上面的污水儲存槽，位於飛機的下層，這種儲存槽裏面會先預置類似藍寶寶這種藍色的除臭劑。
由於飛機上的裝載空間有限，並不會裝載大量的水來供馬桶沖水，也不會有家裏的馬桶那種彎管，所以儲存槽以及連接的水管的臭味會直接跑出來，馬桶底部僅有一片裝有彈簧的鐵片隔離，就像是火車上的廁所，有些也像這樣，用來沖刷的水也是循環利用，所以必須要放藍色的除臭劑，雖然是這樣，但是所用的循環水因為混雜着尿液，也會越來越臭，所以這種廁所已經快被淘汰了，也不會放在越洋航段的飛機上面。
第二種是吸入式，這種馬桶在地面或是比較低空的地方，是使用飛機上面的動力，造成真空狀態，將排泄物吸入儲存槽，再加上乾淨但是少量的清水沖洗，在高空則是利用機外艙壓的差異，等於是造成泄壓，所以會發生巨大的聲音，還有泄壓會造成艙壓變低。
但是這種馬桶因為利用短暫的泄壓，隨即又將筏門關閉，所以臭味可以比較被抑制，再多的量都可以一次解決，加上所用的沖水是清水，所以很乾淨。
但是不管飛機上的廁所是哪一種，都是將廢物送到儲存槽，落地之後，再由地面的水肥車連接機身，將廢物全部清乾淨。
另外在提供一個知識，就是客艙中艙壓最低的地方就是廁所，如果你常搭飛機，會發現洗手台有時候也會發出斯斯的泄壓聲音，這樣做可以將臭味吸入，不會擴散到客艙中。