7月20日，官方公佈令計劃遭開除黨籍、開除公職處分，被移送司法機關依法處理。報道指令計劃涉嫌巨額受賄，為家屬謀利;非法獲取大量黨和國家核心機密;與多名女性通姦，進行權色交易等，「社會影響極其惡劣」。
令計劃落馬後，公開的報導顯示，2012年「3.18」令計劃之子「法拉利車禍」事件導致令計劃的仕途逆轉。據報導，時任中共總書記胡錦濤3個月後才得知車禍一事，對令計劃動用中央警衛局處理車禍，並隱瞞真相十分震怒。
去年12月22日晚，令計劃被官方宣佈「嚴重違紀」，正接受調查。但是，官方未披露令計劃「身犯何罪」。《財新》隨後刊發報導，披露2012年3月18日凌晨令計劃之子發生的那場車禍導致令計劃仕途逆轉。
據《北京青年報》報導，2012年3月18日凌晨4點左右，海淀保福寺橋北四環西向東輔路，一輛法拉利轎車失去控制，先撞到了路邊南牆後又撞到了路中隔離帶。整車化為兩截，車上三人飛出車身5米開外，一死(男)兩傷(女)。
據2012年車禍發生後外媒報導，當初死亡的車主為令計劃之子令谷。令谷身亡後，令計劃為了掩蓋事件真相，下令調派中辦下屬的中共中央辦公廳警衛局人員到場封鎖現場。《華爾街日報》指，令計劃此舉，事後受到中共黨內對立派系抨擊。
多名消息人士向財新記者證實，死者即為令計劃年僅24歲的兒子令谷，當時正在北京大學攻讀研究生，「為掩蓋兒子死因，令計劃與當時的政法系統負責人達成了某種政治約定。」但這個約定隨即敗露，令計劃的政治道路由此逆轉。
另據台灣《聯合報》報導，當時的中共總書記胡錦濤一直到3個月後才知車禍一事。據稱，胡錦濤得知令計劃動用中央警衛局處理車禍，更換屍體名字，十分震怒。不過，這一說法未經中共官方證實。
令計劃於1999年底任中辦副主任兼胡錦濤辦公室主任，2007年9月升任中共中央辦公廳主任，正式成為胡錦濤的「大內總管」。香港《信報》曾引述北京消息稱，習近平拔掉令計劃，得到前中共總書記胡錦濤的首肯。
北京有學者稱，令計劃的問題絕非貪腐那麼簡單，而是涉嚴重政治問題，令的被調查在中共政壇引起的震盪，絕不亞於周永康、徐才厚。