中紀委對令計劃確實照顧有加，因為令計劃曾經是胡錦濤的親信，大管家。自上個世紀1995年，令計劃就擔任政治局常委、中央書記處書記胡錦濤的機要秘書，2007年晉升中央書記委員候選人備考。
2012年12月初，中紀委第一次找令計劃談話，希望他能主動交代問題，為下年早春擔任政協副主席創造條件。
2013年4月初，中紀委及政協黨組第2次找令計劃談話，令計劃向政協黨組，中央政治局提出以健康理由退下。
同年(2013年)8月，中紀委第三次找令計劃談話，當時就對令計劃提出警告，指其在任中央辦公廳主任期間，在「政治紀律上，組織原則上，權力規範上均發生不少問題，有的情節嚴重。」9月初令計劃提交第三次檢查。9月底，令計劃在中共政協黨組擴大會議上做交代時痛哭流涕。
令計劃在12月22日被帶走時，對參加黨組會議的政協副手們說：「兩年九個月以來，一直惶惶不可終日，我罪有應得，是一個反面教材。」