據國際人權組織調查，這些屍體很可能是被活摘器官後的法輪功學員的身體。由於他們的秘密失蹤，中共把他們關押在各地勞教所中，目前大陸勞教所里還關押了成千上萬的法輪功學員，國際社會應該立刻進行獨立調查。
薄熙來任遼寧省長後，把王立軍從鐵嶺公安局提拔到錦州公安局任局長。王立軍手下的一個警察在2009年曾對「追查迫害法輪功國際組織」舉報了王的罪行，其實王立軍只是按照江澤民、薄熙來的命令具體執行而已。這位警察作證說，2002年4月9日，在瀋陽軍區總醫院15樓的一間手術室內，他親眼看到兩個軍醫將一個30多歲的修煉法輪功的中學女教師，在沒打麻藥的情況下，活生生地摘取了她的器官，將她活活害死。
他回憶說：「一刀下去，血是噴濺出來的，而不是……當時我們一人拿一把手槍在旁邊站崗，這個時候胸口已經拉開了，那個女人就嗷地大叫一聲，說『法輪大法好！』……那個醫生、軍醫猶豫了一下，然後看了我一眼，又看了我們的領導一眼，然後領導點了一個頭，他就繼續割血管……先摘的是心臟，再摘的腎。當心臟的血管剪動一下，她就進行一陣抽搐，非常可怕的，我給你學下聲音，反正我也學不好，撕裂的那樣式的，然後就啊……啊……就一直張着大嘴，睜着兩個眼睛，張着大嘴。哎呀……我不想再講下去了！」請上網詳見：一目擊者披露法輪功學員被活摘器官經過（錄音）。
自從1999年7月20日開始鎮壓法輪功以來，全國各地的法輪功學員自發地來到北京上訪，據公安部內部消息，在2000年夏天，北京警察至少抓捕了上百萬法輪功學員。由於他們不想因為中共的株連政策，給當地派出所和單位造成麻煩，很多法輪功學員不報姓名，不報籍貫，北京公安就無處遣返他們，最後在江澤民、羅乾的命令下，這上百萬法輪功學員被秘密轉移到全國各地的勞教所、監獄和軍隊秘密場所，這就成為一個個活體的人體器官庫。
60多年前當人們打開希特拉的秘密集中營時，人們看到了以前不敢相信的血腥事實，全人類發誓 「never again」（絕不再犯）。然而當中共活摘法輪功學員器官的罪行曝光後，有人卻因為經濟利益而故意選擇沉默。有評論指出，如今不光幹這些惡行的人已經不是人了，說嚴重點，那些知曉這些事實而故意隱瞞的人，也已經麻木地不配做人了。
關於薄熙來迫害人權的更多罪行，《新紀元》周刊在263期獨家特刊《王立軍事件大揭秘》的第三章《王薄火拚，曝光最見不得人的罪行》中有更多記錄。該書在香港各大書攤和書店、台灣各大書店和旅遊景點有售，購書請洽 mag_order@epochtimes.com，或致電香港熱線27302380。
闖進商務部出國處處被起訴
靠出賣良心換取江澤民的支持後，薄熙來終於當上了商務部部長。2004年2月16日，薄熙來抵京赴任，雖然對他的任命要半個月後才正式下達，但他在抵京的第二天就到商務部上班，迫不及待地走馬上任。
上任幾天之後，薄熙來出台了一份名為「15條工作改進意見」的內部文件，被稱為「薄十五條」。文件訂了很多規矩，包括文件的流通、外事活動流程等，如所有外事談話必須錄音，兩小時內將文字稿報送他本人，四小時內報送簡報；部里所有高層領導的手機全天24小時開通等。據說薄熙來經常罵人，操着標準的京片子罵，很多人都被他罵過。
2004年4月20日，薄熙來陪同副總理吳儀飛到美國，這是他任商務部長後的第一次出訪，不過迎接他的卻是法庭起訴。
4 月21日，國際非政府機構（NGO）「法輪功之友」致函美國國土安全部要求美國運用移民法212(a)(2)(G)的條款，驅逐薄熙來出境。紐約法輪功學員也聚集紐約中領館，要求嚴懲人權惡棍江澤民之遼寧打手薄熙來，首都華盛頓也舉行了要求「立即驅逐人權惡棍薄熙來」的集會。
根據美國移民法 212(a)(2)(G)條和1998年國際宗教自由法，任何外國官員，如果在24個月之內有嚴重違反宗教自由，其家屬及子女都不能進入美國。此前薄熙來原計劃2004年3月25日訪問德國，但行前被德國的40名法輪功學員向聯邦最高檢察院提起刑事控訴，罪名是「群體滅絕罪、反人類罪、酷刑罪」。
同時，薄還遭到德國人權團體的廣泛抗議和譴責，並要求德國政府阻止其入境，迫使中國暫停了薄熙來的那次訪問。在加拿大，薄熙來目前已被列入加拿大皇家騎警的監視名單之中。名單上的人如試圖進入加拿大，即會受到調查，被拒絕發放簽證、或被禁止入境。
2007年5月28日，薄熙來在加拿大渥太華被以迫害罪、酷刑罪控告到安大略省最高法院，
4月22日，當薄熙來進入一家酒店時，被美國法庭遞交了訴狀，指控他在大連市長和遼寧省長任內迫害法輪功問題，當時他正前往參加以吳儀的名義舉辦的晚宴。
西方媒體報導說，在薄熙來任職遼寧期間，至少有103位遼寧法輪功學員已證實被迫害致死，居全國第四，在薄熙來的高壓下，遼寧省內多所勞教所，如馬三家勞動教養院、大北監獄、張士教養院、龍山教養院、大連教養院等，迫害法輪功學員的手段極其殘酷。
隨後薄熙來如過街老鼠一般，處處遭人起訴，美國、英國、加拿大、德國、愛爾蘭等近30個國家的法輪功學員，以「酷刑罪」、「反人類罪」等起訴江澤民、羅干、薄熙來、周永康等人權惡棍。
如過街老鼠 吳儀裸退提條件
2004 年5月，薄熙來不顧法輪功在各國的抗議和起訴，硬着頭皮跟隨溫家寶出訪歐洲五國和歐盟總部。在貿易投資研討會上，薄熙來把秘書精心準備的稿子念了一遍： 「（中國是個大家庭）在校的中學生就有兩億多人，這個家庭人丁興旺，每天有2萬2000個新娘要出嫁、4萬4000個小寶寶出生。改革開放以來，中國人的伙食大為改善，每天要吃掉160萬頭豬、2400萬隻雞。管理好這樣的大家庭實屬不易。我們的總理不僅要讓年輕人有書讀、讓成年人有事干，還要照顧好 2000萬幼兒園的小朋友和1200多萬80歲的老人。」
「這次隨溫家寶總理訪問歐洲，我本人有一種強烈的感受，就是中國與歐盟這個大家庭相互靠得更緊了、走得更近了。前些天歐盟在辦喜事兒，增加了10個國家、 7600多萬人，人口達到了4億5000萬，是一個很大的家庭了。中國有13億人口，是一個更大的家庭。當今世界每天都在關注着中國和歐盟這兩個大家庭的一舉一動。」
儘管這些華而不實的噱頭讓大陸媒體稱讚不已，但西方經貿專家卻認為，薄熙來作為中國的商務部長，他講出的這番話很虛，沒有涉及中歐貿易的衝突實質。《華爾街日報》評論說，「薄熙來所擔負的更多的是一種貿易政策協調人的角色，重要的決定會由更高層的領導人如溫家寶總理和吳儀副總理拍板。」而《中國的新統治者》一書的作者之一杜林（Bruce Gilley）則將薄熙來的角色定義為在「公關遊戲中的一位高級別的前台人物」。
2007年1月，在17大召開前幾個月，99歲的薄一波咽了氣，正打算利用老爸的資格給自己往國務院副總理位子上推的薄熙來，這回真是哭得上氣不接下氣，他埋怨薄一波為何不在17大召開之後死。
2007年1月17日薄一波遺像前，薄熙來（右一）哭得上氣不接下氣，
在2007年10月召開的中共17大上，薄熙來雖然當選為中共中央政治局委員，但排名卻是最後，還沒等他高興，他被貶下放的消息就公佈了。2007年11月30日，薄熙來被任命為中共重慶市委書記。
薄熙來在商務部工作期間，由副總理吳儀直管，最初吳儀以未婚大姐之溫情，對待風度瀟灑的薄熙來，恩護有加，一度合作不錯。但幾年下來，他短期內的迷人偽裝逐漸暴露無遺，動輒向上級謊報商情，挑撥吳儀與國務院主要領導的關係，妄圖取而代之，特別是在外事場合喧賓奪主，故弄玄虛，口吐狂言，有辱國格，因此吳儀對其痛恨不已。
據姜維平調查，一位商務部高級官員對他說，薄與吳不睦是其被踢到重慶的主要原因之一。中國官場的不成文法是，往往前任領導推薦或首肯繼任，才能成功。而 2007年初，薄熙來迫不急待地想當副總理，過於張揚，四面楚歌，最後栽倒在自己心胸狹窄的品質上，吳儀反對力度最大，胡錦濤只是順水推舟，另外中組部也認為他缺乏封疆大吏的錘鍊，應當去重慶補課。有消息說，吳儀當時提出要「裸退」一退到底，退得乾乾淨淨，退得無牽無掛，她的願望是「希望你們完全把我忘記」，但前提是，薄熙來必須下放重慶。
薄熙來在澳洲被判有罪 溫家寶力主薄熙來下放
據維基解密網站公佈的一份由美國駐上海領事館於2007年12月4日建檔的電文表示，有消息人士在2007年11月9日指出，時任中共商務部長的薄熙來將下放至重慶市任市委書記；且重慶市委書記將是薄政治生涯的最後一站；薄不會再獲得晉升。
此前幾天的2007年11月5日，澳洲紐省高等法院再次就法輪功學員潘宇以酷刑罪控告薄熙來一案開庭聆訊，並對薄熙來作出缺席審判，裁定原告潘宇勝訴，被告薄熙來敗訴。潘宇在2000年因修煉法輪功而被關進了遼寧省龍山勞教所，受到四萬伏電棍電擊的酷刑，險些精神崩潰，失去生命。
2007年9月2日，亞太經合組織（APEC）會議在澳洲悉尼揭幕，胡錦濤率領的代表團9月3日到達，代表團中就有薄熙來。17大之前，江系人馬放消息說，薄熙來要進政治局當副總理，薄本人也樂得忘乎所以了，不再像前幾年出國怕被起訴而要偷偷摸摸。
9 月4日晚8點半，兩名西人法輪功學員Jonathan Solomon和Gary Hastie一起攜帶起訴狀前去Hyatt酒店等候，大約在10點半，跟隨在胡錦濤之後的薄熙來被Jonathan認出，在距薄兩米的距離，Jonathan用中文大聲喊出薄熙來的名字，薄熙來還以為遇到了「超級外國粉絲」呢，把滿臉的肌肉都調動起來，扮出最親切的笑容，確認此人是薄熙來後，在中方保鏢還未反應之前，訴狀已經遞達到薄熙來本人手裏。於是澳洲法庭認定，在過去一年多里，薄熙來未就原告提出的罪行起訴加以任何反駁和否定，薄熙來默認了其罪行，於是在缺席審判和大量證據的情況下，宣告薄熙來有罪。
2007年11月5日，澳大利亞紐省高等法院對薄熙來進行缺席審判，原告法輪功學員勝訴，
薄熙來被澳洲法庭宣判有罪，給中共官場帶來很大影響。電文引述南京消息人士的話說，下放重慶將野心勃勃、圖謀高位的薄置於遠離京城權力中心的不利位置。薄一直在圖謀晉升副總理一職，但總理溫家寶極力反對，指出薄因迫害法輪功已在海外澳大利亞、西班牙、加拿大、英國和美國等多國被起訴，薄的明顯負面的國際形象不利於擔任任何更高級職位。
維基解密電文還說，消息人士指出，溫成功地阻止了薄的晉升，並獲得很多憎惡薄在文革期間冷血對待自己家人的中共官員的支持。在文革期間，薄為了表明自己政治清白，曾告發自己父親並公開聲明斷絕父子關係。消息人士說，中國人最看重家庭倫理道德，薄因其「非人」行為被看作是一個「卑鄙的背信棄義的人」。
南京消息人士列舉了薄在重慶面臨的一系列難題：嚴重的空氣和水污染，與三峽工程有關的移民安置、失業、瘟疫和疾病等問題，尤其是日益嚴重的三峽工程安全問題，將讓薄疲於應付。若要東山再起，薄將不得不在隨後五年內克服這些困境，力證自己能力。消息人士還指出，將薄下放至重慶的同時，胡錦濤將其愛將、前重慶市委書記汪洋調任更好的位置，從而讓其遠離可能的重慶災害而避免政治問責。