法輪功神奇的祛病健身效果以及修煉「真善忍」帶來的道德回升，在大陸迅速洪傳。
可是，真正讓江澤民高興的還是薄熙來堅決鎮壓法輪功的態度，因為這是被孤立的江澤民最看中的。
法輪功是1992年從吉林長春由李洪志先生傳出的一套佛家修煉法門，由於其神奇的祛病健身效果以及修煉「真善忍」帶來的道德回升，短短七年後，據公安部統計，至少有7000萬人學煉法輪功，這超過了當時中共黨員人數。於是江澤民出於個人妒嫉，不顧當時政治局六個常委的反對，在1999年7月悍然發動了對法輪功的鎮壓。
東北是法輪功學員最集中的地區，大連也有很多法輪功學員。1999年7月19日，蓄謀已久的公安人員突然闖入大連市區法輪功義務輔導員的家中，大肆抓人綁架。第二天，數千名法輪功學員自發地匯集到大連市政府信訪辦大樓的門前，以和平請願的方式要求市政府放人。他們沒有口號沒有標語，全都靜靜地站立在路邊，把行人道都讓出來，安靜平和地等待市政府解決問題。
不過他們等來的不是薄熙來，而是一群氣勢洶洶的警察。警察接到薄熙來的命令：「對法輪功給我往死里狠狠地整！」於是警察見人就抓就打，很多小伙子被打得鼻口流血，衣服被撕破，鞋子被扔掉，被打得遍體鱗傷，一位三十多歲的女學員被一警察一掌劈向後頸處，當場昏倒在地，一位正義人士正要拍下這血寫的事實，突然被一群便衣警察打倒在地，並且把照相機用腳跺，很多白髮蒼蒼的老人也被連推帶搡推倒在地。
中午，請願的法輪功群眾被誘騙圍困在市政府後門對面的一個小廣場上，數百人依然和平地請願，他們有的在集體煉功（法輪功有五套類似氣功鍛煉的功法），有的在讀法輪功的主要書籍《轉法輪》。
當時薄熙來就坐在他那個車號遼B-00051的黑色奧迪100型轎車裏，薄對公安局長說：「你看這些煉法輪功的，這麼團結，這麼有效率，不抓不打怎麼辦！你們給我狠狠地打，打死了活該，由政府承擔責任。」後來，薄熙來用大客車把法輪功學員騙走，拉到派出所、學校或紅旗鎮的荒山上丟下。
從那以後，薄熙來充當了迫害法輪功的急先鋒。為什麼薄熙來要把法輪功往死里整？薄熙來最信任的司機王某某披露說，江澤民對薄熙來講過：「你對待法輪功，應當像胡錦濤在1989年西藏暴亂事件中表現的那樣強硬，才能有上升的資本。」於是薄熙來把殘酷鎮壓法輪功，當成了討好江澤民、為自己撈取政治資本的主要手段。
自1999年至2003年，薄熙來任職大連市市長、遼寧省委副書記和遼寧省省長期間，積極主導迫害法輪功。使遼寧成為迫害法輪功最嚴重的地區之一，至今至少有777人被海外人權組織證實遭迫害致死。薄熙來還積極籌建大型監獄設施，其中包括以殘酷著稱的馬三家勞教所。
把18名女法輪功學員脫光衣服投入男牢房
據海外人權組織報導，2000年10月，遼寧省瀋陽市馬三家勞教所的警察，將18位女法輪功學員扒光衣服投入男牢房，任其強姦，導致至少五人死亡、七人精神失常、余者致殘。此事件在國際媒體曝光後引起了很大的反響。法輪功指導人依循「真、善、忍」修心，馬三家惡警還叫囂：「什麼是忍？『忍』就是把你強姦了都不允許上告！」許多女學員告訴親人：「你們想像不到這裏的兇殘，邪惡……」其中一個年輕的未婚姑娘被強姦懷孕，目前孩子已經十多歲了，還有被摧殘的女學員至今仍處在精神失常的狀態中。
在馬三家勞教所，這樣的暴行幾乎天天發生。女法輪功學員齊玉玲被電棍電乳頭，張秀傑被電棍電、打，還被電陰道部位，被電得昏死過去。王曼麗被電棍電到失去知覺，李小燕被管教用四個電棍電她的頭、腳心，把她的肉都電糊了，逼她轉化……
而那些比魔鬼還邪惡的管教人員卻得到薄熙來等人的獎勵，還被樹為英雄模範給予二等功、長工資等獎勵，其中馬三家的女所長蘇境從北京領得獎勵五萬元、副所長邵力獲獎三萬元。
中國第一座監獄城「超過一場戰爭經費」
面對黨內黨外、國內國外日益高漲的質問聲，為了欺騙社會輿論，江澤民下令將原來的遼寧省少年教養院遷至別處，騰出一個深宅大院加入粉飾，又精心挑選了一批已接受洗腦轉化的人冒充法輪功學員，正式掛牌為馬三家教養院女二所，以此來否認曾經發生的「把18個女法輪功學員投入男牢房」的惡行。馬三家教養院院長張超英還聲稱他們從沒關押過男犯人，不過海外證實，至少有36名男法輪功學員曾被關押在馬三家，那裏還關有很多別的男性犯人。
2001年2月聯合國人權委員會對婦女酷刑特別調查報告中即指出：「羅干對馬三家將18名女學員扒光衣服投入男室的行徑是知情的。」據稱中共政法委書記羅干曾多次給馬三家作指示並親自蹲點，指示「要加大迫害法輪功的力度」。據法輪大法資訊中心調查，從1999年7月20日以來，在馬三家關押的法輪功學員最多時達到2000 多人，其管教對於法輪功學員一直採取暴力、高壓，從精神到肉體進行殘酷折磨。
由於馬三家教養院女二所的這些「突出表現」，江澤民專門為迫害法輪功學員所成立的「中共中央610辦公室」負責人王茂林、董聚法等，在2000年7月初視察馬三家教養院對其「成績」給予肯定，並向江澤民作了詳細的匯報。610辦公室的另一負責人劉京還多次往返馬三家教養院，促使江澤民決定拔專款600萬人民幣給馬三家教養院，命其速建所謂的「馬三家思想教育轉化基地」。工程造價1000萬元，不足款項由遼寧省自籌。
遼寧省「思想教育學校」是強制法輪功學員放棄信仰的洗腦班，成立於2001年10月，
2003 年據大陸官方媒體報導，經薄熙來批准，遼寧省投資十億元在全省進行監獄改造，僅在瀋陽于洪區馬三家一地就耗資五億多元，建成中國第一座監獄城，佔地 2000畝。1999年以前，馬三家教養院連年虧損，連電費都繳不上。鎮壓法輪功開始後，當地政府對於從省內各地押送到馬三家的法輪功學員，按每人一萬元撥款。
遼寧省司法廳高級官員曾在馬三家教養院解教大會上說：「對付法輪功的財政投入已超過了一場戰爭的經費。」據一位中共內部官員透露，江澤民一意孤行發動的對法輪功的迫害，曾把國民收入的四分之一投入到直接或間接鎮壓法輪功上，別說其政治影響，光這個財務黑洞就讓江澤民交不了差，所以江澤民一直把最得力的親信安插在政法委這個位置上，從羅干到周永康，再到未來的薄熙來，江許諾薄熙來要他強硬對付法輪功，也就是為了讓他欠下血債，以至於他不得不一條道走到黑，一直跟江走到底。
大連屍體工廠 薄熙來是主謀
中國法律嚴禁買賣屍體，然而大連哈根斯生物塑化公司此一違法的「屍體加工廠」，
1999 年薄熙來在大連擔任市長和市委書記時，他批准成立了一家外資企業：哈根斯生物塑化（大連）公司。該公司的老闆馮．哈根斯（von Hagens）是德國新納粹主義的信奉者，他鑽法律空子，一度曾在全球各地舉辦所謂人體科學展，平均每天至少一人在看展示時暈倒，由於展出屍體都是中國人，很多華人抗議該展覽令其感到「屈辱」。
關於屍體來源，該公司的解釋也互相矛盾，一會說這些標本「由中國大連醫科大學提供，收集自無人認領的屍體」，但他們無法提供屍體合法來源的證明；一會又說「展覽的屍體均來自於自願性質的奉獻」，還有的說不是來自大連，而是南京。中國法律嚴禁買賣屍體，然而這樣一個違法的「屍體加工廠」卻在薄熙來的庇護下一直「生意興隆」。
在哈根斯的著名展品中，有一位年輕的中國母親和她的八個月嬰兒的乾屍，凡是看過這個標本、還有一絲善念的人，無不為之震驚：哪個家屬會自願捐贈自己妻子和孩子的身體呢？她們很可能是被謀殺的，誰幹了這樣的惡行呢？
早在2003年11月《瞭望東方周刊》關於中國屍體工廠的深度報導，「引起國務院領導的重視並進行了批示，責成國家質檢總局成立調查組前往大連調查屍體工廠招商引資及產品進出口情況，全面規範人類遺傳物資的進出境。」然而調查沒有下文，由此可見，在薄熙來背後，哈根斯還有更大更高的保護傘。