不過這些第一批紅衛兵很快發現，他們跟隨毛澤東燒起來的革命之火、「天下大亂」之火，不光燒死了「歷史反革命」，最後還燒着了自己的父輩，連自己也成了「黑幫」、「走資派」的「狗崽子」，於是這幫16、17歲的年輕人，開始反過來攻擊毛，保護自己的父輩。他們不敢直接攻擊毛澤東，就把目標放在江青等「中央文革」的身上，最後毛下令把聯動定性為「反革命組織」，不少成員被抓。不過由於聯動分子都是中共高幹的子弟，最後毛也沒有真的下手往死里整他們。
與當初大多數老紅衛兵背叛毛澤東、轉向保護自己的爹媽所不同的是，薄熙來卻緊跟政治形勢，不惜踩着父親想往上爬。據香港媒體報導，當時薄一波因「叛徒案」被打倒，在批判薄一波的鬥爭會上，搶得「頭彩」的卻是他的兒子薄熙來。當時薄熙來主動充當造反派的「革命先鋒」，聲明和父親斷絕一切關係，並狂呼口號，親自帶頭踢打薄一波，暴抽薄一波的耳光。
作者楊光在《我所經歷的歷史故事：劉少奇叛徒罪是這樣被認定的》一書中寫得更詳細。「1983年，楊秉城在北京西山中共中央黨校與薄一波聚首長談，薄一波感慨的說：『文化大革命中揀了條命，別說人要整死咱們，江青一宣佈我是叛徒，連我兒子小熙來也給我一頓鐵拳，把我打得眼前一黑摔倒在地上，這個狠小子，又照前胸踏了我幾腳，當時就有三根肋骨被踹斷。看他這個六親不認，手毒心狠，連他爹都往死里整的樣子，這小子真正是我們黨未來的接班人的好材料。今後肯定會有大出息。』」
不過很多太子黨並不這樣想。他們說，連家庭倫理和起碼德行都沒有的人，誰還敢信任他？當初鄧朴方寧願跳樓也不願批判鄧小平，而薄熙來卻那樣對待他父親，連鄧小平心裏對薄熙來都沒有好感。
薄熙來害死的第一個人 兩彈元勛
1968年6月，快滿19歲的薄熙來和幾個「風雷戰鬥組」的武鬥成員，到第七機械工業部鼓動兩派群眾連日武鬥，極大地影響了七機部的正常工作，當時擔任航空材料研究所所長的姚桐斌出於對工作的負責，組織造反派頭目和兩派工人代表協商，打算勸說雙方停止武鬥，未果。
當日午時，幾個造反派突然來到姚家，對姚進行毒打，其中薄熙來踢中姚的襠部，致使姚昏厥。同行的於某、高某手持鐵棍，重擊倒地的姚頭部數次，造成姚「頭骨塌陷性骨折和硬腦膜破裂」，下午3時，吐血不止的姚桐斌停止呼吸，慘死家中，年僅46歲。
姚桐斌，中共航天材料與工藝技術的奠基者，在國外留學時就以預備黨員加入中共。姚之死震驚了國防部和中央。當秘書將這一消息告訴正在人民大會堂參加會議的周恩來時，周手中的茶杯墜地而碎。1999年，姚桐斌被追授「兩彈一星」勳章。
文革結束後，不少市民上訴中央，要求清查文革中干盡壞事、欠有血債的紅衛兵。中共槍殺、關押了很多平民出身的紅衛兵，但對老紅衛兵等「聯動」分子卻網開一面。當時在處理聯動反革命分子孔丹等人案子時，中共元老陳雲批示說：「孔丹等人是我們自己的子弟，是我們將來可靠的接班人，不是清查對象。」孔丹是中共中調部長（特工頭子）孔源的兒子。
1979年，薄一波已經在胡耀邦的幫助下得以平反，並擔任國務院副總理。參與害死姚桐斌的於某和高某被判處有期徒刑，而官方藉口薄熙來「鑑於當時還未成年，被免予刑事處分」，其實那時薄熙來已經19歲了。
因盜竊入獄 向黑老大叫爹討饒
在薄熙來的官方簡歷中，1968年至1972年標註為「文革中進學習班，參加勞動」，不過真實情況是他因偷盜汽車被關進監獄。這段人生經歷直接決定了薄熙來後來一生的性格和志向，是值得深入探討的話題。
曾任香港《文匯報》東北辦事處主任的著名記者姜維平，由於在1999年6月到9月期間，陸續以化名發表了「李鐵映兒子大連空手奪白狼，薄熙來搞廉政抓小放大」、「富甲一方包養二十九個情婦，原大慶市長錢棣華被捕」、「瀋陽市副市長澳門輸掉三千萬」、「大連蘇軍紀念塔遷移風波」等多篇報導，他還曾撰文揭露薄熙來的施政缺失與私生活醜陋。姜維平在2000年12月被大連國安局逮捕，2001年5月被秘密審判，以「危害國家安全，泄露國家機密罪」的「罪名」被判刑八年，後減刑為六年。姜維平一案得到了國際輿論的廣泛關注，他在2006年被因病提前釋放。2009年2月，姜維平獲加拿大當局特準的難民身份出國與妻女團聚。作為優秀記者和親身受害者，姜維平披露了很多薄熙來的秘聞，成為海外研究薄熙來的主要信息來源。
姜維平因揭露薄熙來任職大連市長時的施政缺失與私生活醜陋而
姜維平曾從薄熙來當年在秦城的獄友孫某某處知道了薄入獄後的情況。據孫披露，文革初期，失去父母的薄熙來先是跟聯動那幫打砸搶分子混在一起，後來聯動被打成反革命，薄熙來就同社會上小流氓混在一起。開始混人家一點吃的喝的，後來就掏包與小偷小摸，以至斗膽在北京烤鴨店門前偷了一輛吉普車，事發後被人揍壞了，還關進了監獄。
獄中薄熙來結交了一些牢頭獄霸，孫某某就是其中的一個，另一個是姓汪的「大哥級」人物。最初他們狠揍薄熙來，因為那時薄瘦細個頭，娘娘腔，又是小偷，必成靶子，但薄熙來很會見風使舵，很會巴結人，就被兩個老大當成跑腿的「飯勤」使用。有一次薄伺候老大不周到，被汪某打得鼻青臉腫，老大把他肛門踢腫了，並問他：「你說在這個世界上，什麼是真理？」
孫某某模仿當年情景說：「薄三（薄熙來外號，因排行第三）回答說，真理就是真正的理！於是被我們扇了六個巴掌，滿臉血印。老汪告訴他：『拳頭就是真理，老大就是爹！』薄三連聲叫爹討饒。」
從那以後，薄熙來記住了「黑老大」的至理名言。多年後薄還對其心腹說，在監獄中沒少挨監獄老大的欺負，有一次被人把膝蓋骨都打壞了，肉都爛了，很悲憤，但也懂得了一個真理：光講理沒有用，必須有強權！誰不老實就收拾他！這就形成了薄熙來為官之道的一個核心：順我者昌，逆我者亡，暴力下出政權。
下放金縣鍍金薄熙來是現代陳世美
隨着薄一波的官復原職，薄熙來也擺脫了困境。1978年，在北京市二輕局五金機修廠當工人的薄熙來，來到北京大學歷史系學習世界史，但一年後，他就轉到中國社會科學院研究生院國際新聞專業讀碩士研究生，畢業後他踏進中南海，進了中共中央辦公廳，當上了國家副處級幹部。
1984年在父親幫助下，薄熙來到了遼寧省金縣擔任縣委副書記。曾擔任大連市委書記的崔榮漢是薄一波的山西老鄉。俗話講：「老鄉見老鄉，兩眼淚汪汪。」薄一波親自打電話給崔，崔一口答應了。用薄一波的話講：「兒子交給你，我一百個放心，你看着辦吧！」
薄熙來從京城下放金縣鍍金，主要有三大原因。一是政治原因，80年代初，電視劇《新星》中主角李向南對薄熙來的影響巨大，他也想從縣級幹部做起，一步一步成為中國政壇的一顆新星，於是崔書記一聲令，薄熙來成了大連金縣的「李向南」。
二是經濟原因。當時薄一波知道，國家將出台新政策，把過去的國有土地無償劃撥逐步改為有償轉讓，這正是地方官員「批塊地、撈大錢」的時候，特別是大連新的經濟開發區要享有跟深圳一樣的政策優惠，於是一直搞經濟的薄一波想讓兒子去那裏掙大錢。
三是婚姻原因。文革時薄一波坐牢，薄熙來跟着落魄倒霉，便娶了相貌平平的女軍醫李丹宇為妻，不過岳父卻是當時的紅人、北京市委書記李雪峰。哪知1976年四人幫倒台後，李雪峰因在中共內鬥中站錯隊，便逐漸不得勢，而薄熙來隨着薄一波的平反覆出開始走紅運，糟糠之妻遂成為投機勢利的薄熙來急於甩棄的拖油瓶。
薄熙來在北大讀書期間，結識了同在北大讀書的漂亮小姐谷開來，她是原新疆軍區政委谷景生之女，於是薄熙來還未跟李丹宇辦離婚，就跟谷開來搞上了。對於薄谷兩人破壞軍婚，倔強的李丹宇不肯離婚。據全國婦聯的一個老人說，李丹宇到處寫信，還到全國婦聯公開罵薄熙來是現代陳世美。薄李離婚拉鋸戰持續了四年多才告結束。薄李兩人有一個兒子，因為李丹宇痛恨薄熙來，要兒子改姓李。為了躲避李丹宇，薄熙來也希望離開北京。