世衛組織稱，免疫缺陷疾病包括愛滋病患者，最易發生H1N1病毒併發症，並且HIV病毒與新流感病毒可能相互混合，帶來嚴重危險。
世衛組織網站刊登的公告中稱："儘管目前還沒有足夠數據來判斷，萬一人類流感大爆發，可能會HIV人群產生怎樣的影響。但可以想見，H1N1病毒與HIV病毒的相互作用可能非常明顯。"
世衛組織指出，在當前流感疫情中，HIV病毒感染者應被視作高危人群，需作為流感預防和治療的重點對象。
世衛組織表示，HIV病毒感染者較多的國家--多數是非洲國家--應確保危險人群的藥物供應，對抗流感侵襲。