記者會一開始，馬英九首先強調，再次向謝總部和謝先生支持者，表達我的歉意，深深一鞠躬，同時對此造成社會不安。馬英九也分別以長達三秒鐘以上的九十度大鞠躬肢體動作，向謝陣營和社會道歉。
馬英九說，歡迎社會輿論和團體對國民党進行監督與批評。馬英九表示，這個事件讓國民黨有反省的機會，他也保證，未來國會運作，他在當選總統之後，將會扮演一個積極的角色，不會再度出現這樣的情況
此外，馬英九也公開向全台民眾承諾，國民黨改革的決心，絕對不會改變。不過，馬英九在接受記者提問時，還是重申這四位立委問政有其正當性，但問題出在立法者不適合扮演執法者的角色，整個問題的關鍵，是分際混淆惹的禍。
黨中央輕忽 馬英九全力止血
藍營立委挑釁謝長廷總部事件，馬英九陣營評估嚴重衝擊選情，黨中央在第一時間卻未出面，馬英九因而強勢主導危機處理，親自致電黨主席吳伯雄，並要求費鴻泰辭去黨職，不讓黨內主戰的鷹派立委有介入空間，費鴻泰宣佈辭職後，馬英九才放下心中大石。
12日晚謝總部暴力事件發生時，馬英九正搭乘高鐵南下嘉義，台北傳來的消息只是片面信息，總部幕僚建議馬英九表示遺憾並譴責暴力。
直到晚間十點，馬英九在嘉義夜市掃街時，獲悉此事是藍委主動挑釁，才意識到茲事體大，除兩度公開致歉，馬也立即與吳伯雄通電話，希望吳能「斟酌處理」，並致電要求費鴻泰公開致歉及辭去黨職。
據指出，由於事發當時，國民黨中央並未出面，引發外界高度質疑及批評，馬英九在隨行幕僚的建議下才當機立斷親上火線。
馬幕僚直言，部分藍委在勝選後的傲慢行徑，包括部分有特定背景的黨籍立委加入特定委員會，副院長曾永權坐四千六百西西座車引發非議，不僅坐實綠營質疑國民黨「一黨獨大、一黨獨霸」的批評，更嚴重衝擊馬英九的選情，「登門入戶闖進人家家裏，真是白痴！」藍委自己挖了一個洞往下跳，真是非常愚蠢。
為了避免風暴擴大，馬英九13日在雲嘉掃街，一邊指示執行總幹事詹啟賢和吳伯雄連繫，吳隨後率四名闖禍立委向全國民眾致歉，馬更向黨中央「強烈表示」要約束黨籍立委。馬幕僚直言，新國會一連串的脫序演出，讓馬英九「大失血」，未來一周，馬英九和黨中央會「嚴加看管」自家立委，以免再次出包，反助對手陣營「逆轉勝」。
藍委踢館意外凝聚綠營向心力
13日下午，台北市大同區保安宮前人潮開始慢慢聚攏，不過二個小時光景，廟埕前竟擠滿六七百名來為謝長廷打氣的民眾。只見謝和民眾一路擊掌步入正殿，加油聲不斷。一位謝營輔選幹部咧着嘴笑說：「都是四位藍委幫了大忙，三一六動員不用愁了！」
原本冷清的總統選舉，在進入倒數十天的關鍵時刻，卻因「藍委踢館風波」而攪動一池春水，綠營也因而士氣大振，意外凝聚綠營的向心力，在選前為謝營注入了強心針。
民進黨會打選舉誠非虛言，前晚謝營發揮總部整體作戰能力，風波才剛落幕，謝總部文宣部門就火速和四家平面媒體安排、抽換廣告版面，強力主打「欺人太甚」醒目標題，訴求「一黨獨大，囂張至此」，讓民眾在隔天一打開報紙就可以看到四位立委的「笑臉」。
同時中南部的地下電台全力放送此一事件，讓「一黨獨大就是一黨獨霸」的效應強力擴散。
謝長廷更在記者會中巧妙鋪陳，一句「不怪馬英九，他也沒有能力控制這些立委」，擺明了直挑國民黨權力結構的矛盾。
謝陣營評估，希望藉「藍委踢館風波」爭取到5%的選票，以拉近與馬英九之間的差距。這項如意算盤能否如願，還得看馬謝陣營後續因應處理而定，但綠營支持者因此凝聚向心力，顯然已是謝陣營「天上掉下來的禮物」。