但是，由於美蘇對中國政府的認同不一，在邀請國、共哪一方出席三藩市會議的問題上雙方發生了爭執：美國不承認中華人民共和國政府，主張由台灣蔣介石當局參加和會，這遭到了蘇聯政府的堅決反對。眼看三藩市會議有擱淺的危險，美國為了早日實現其扶日反共的目標，竟然置中國作為主要戰勝國的權益於不顧，藉口盟國對中國政府的認同有分歧而單方決定不邀請中國代表出席三藩市和會，主張中國應在會外與日本單獨締結和約。對於將由中國哪一方與日本締約，美國強調「應由日本去決定」。
這種把中國排除在對日和約談判之外並且給予日本選擇締約對象權利的做法，使中國在對日和約問題上失去了主動地位。中國海峽兩岸對美國無視中國權益的做法均表示了強烈的反對。7月16日，蔣介石在台灣發表談話指出：「中國被拒絕參加對日和約簽字，乃破壞國際信義之舉，政府決不容忍。」8月15日，周恩來外長代表「新中國」政府對此提出了抗議，指出將於9月4日在三藩市召開的對日和約會議，背棄了國際義務，中國不予承認。
然而，美國當局不顧中國方面的強烈抗議，一意孤行，於9月4日至8日召開了有52個國家出席的三藩市會議，並操縱會議通過了對日和約。
三藩市和約是很不公正的條約，它把對日作戰的起始時間定為1941年12月7日，從而抹殺了中國人民自1931年9月18日起，特別是1937年7月7日至1941年12月7日這幾年對日寇的單獨抗擊的歷史。同時，和約在賠償問題上極力寬大日本，只是泛泛地規定：「日本國對戰爭中造成的損害及痛苦，將向盟國支付賠償。」對於具體數額根本沒有提及，同時對戰勝國的賠償要求作了原則上的限制：即只能「利用日本人民在製造上、打撈上及對各盟國的貢獻的其他服務上的技能與勞作，作為協定賠償各國修復其所受損失的費用」，而且必須在「日本可以維持生存的經濟範圍內進行」。這種重重限制的賠償規定就是以日本人的勞務充作賠償，實際上是變相減免日本的戰爭賠償，與1945年盟國賠償委員會作出的加重賠償的原則是相牴觸的，因而遭到了亞洲、歐洲正義國家的反對。除了中國、朝鮮、越南未被邀請赴會外，緬甸和印度拒絕出席會議，而出席會議的蘇聯、捷克斯洛伐克和波蘭會後拒絕簽字。這樣，由於中、印、蘇等國的抵制，當時世界上有一半的人口是不承認三藩市和約的。
9月18日，周恩來外長代表「新中國」政府嚴厲譴責了三藩市和約，指斥它是「一個復活日本軍國主義，敵視中蘇，威脅亞洲，準備新的侵略戰爭的條約」。同時聲明，「三藩市和約由於沒有中華人民共和國參加準備、擬制和簽訂，中央人民政府認為是非法的、無效的，因而是絕對不能承認的」。
然而，與「新中國」政府捍衛民族權益的嚴正態度相反，退踞台灣的國民黨當局為爭得與日本締約的所謂「正統地位」，轉而承認三藩市和約，追隨美國的意願走上了與日本單獨締約的道路。1951年9月12日，台灣當局「外長」葉公超發表聲明表示：台灣當局願以三藩市和約為藍本與日本簽訂雙邊和約。
三、日本利用三藩市和約玩弄花招，美國推波助瀾，台北為爭正統放棄賠償
1951年9月8日簽訂的三藩市和約，極大地改善了日本戰後所處的不利地位，因而11月26日，日本國會便非常痛快地批准了這個和約。與三藩市和約同樣給日本帶來好處的，即日本對於中日雙邊和約締結對象的選擇權。日本當時的首相吉田茂很興奮地宣佈：「日本現在有選擇媾和對手之權，對於如何行使此權，應考慮客觀環境，考慮中國情形以及其與日本將來之關係，不擬輕予決定。」言下之意即日本一定要充分利用這一權利謀取最大的益處。事後證明，吉田政府的確在這個問題上絞盡腦汁，大做文章，極盡陰險、奸詐之能事。
為了等待時機，日本政府在與中國締和問題上採取了拖延的對策，但為了防止盟國指責它蓄意拖延，吉田政府煞費苦心地搞了一個民意測驗，讓日本國民就同北京還是台北締結和約表態，但得出的結果卻令人哭笑不得：支持與台北或北京締約的比例一模一樣，均為38％，而餘下的24％則是無所謂的。這樣，吉田政府便以民意難辨，難以作出決斷為由，理直氣壯地拒不表態，靜觀事態的發展。而私下裏針對台灣急於與之締約的心理，不時散佈一些可能與北京締和的言論。
1951年10月25日，蔣介石派駐日本代表董顯光拜會日本內閣官房長官岡崎勝男，詢問有關締約的事宜。岡崎不慌不忙地答道：「我國現在若與貴國訂立雙邊和約，勢將引起大陸中國國民對我之仇視，因此，我們現在的政策是要慢慢等待時機，以待日本實現獨立自主後，研究何時同中國簽訂和約或選擇中國的哪一方問題。我國歷來尊重中華民國政府，遺憾的是，中華民國政府的領土只限於台灣。」言下之意似乎是並不準備與台灣方面締約。
五天以後，吉田在日本參議院的演講更讓台灣心驚。吉田公開表示：「如果中共在今後三年內提議根據三藩市和約與日本討論締結和約，日本政府自然願意談判並締約，絲毫不會提出反對。」事後吉田還在會見董顯光時表示：「日本不能忽視大陸上四億五千萬中國人的感情。」
日本政要的一系列言論，使台灣當局如坐針氈，台灣當局為了保住所謂的正統地位，一方面連續電令駐美大使顧維鈞策動美國對日施加壓力，一方面又在草擬的對日和約當中廣作讓步，特別是在日本方面尤為敏感的賠償問題上更為明顯。如草案中規定：台灣當局「承認日本國如欲維持足以生存之經濟，則其資源目前不足以完全賠償所有此類損失及災難，同時並承擔其他義務」，因此，只要求「利用日本國民為中華民國從事生產打撈及其他工作，以作為補償。除此以外，中華民國放棄一切賠償要求，放棄該國及其國民因日本國及日本國民在作戰過程中所採取任何行動而產生之其他要求」。這個草案已初步放棄了日本賠償，僅僅保留了一部分勞務補償內容。
與此同時，台灣當局又處處小心謹慎，生怕惹惱了日本，喪失了締約的機會。有個小插曲充分表現了這一點，即當駐美大使顧維鈞遵命與美方交涉後，美國合眾社發了一個消息，內稱顧大使對日本拖延雙邊和約表示不快。台灣「外交部」聞訊大驚失色，立即查詢此事，並發表否認聲明，指稱電訊報道有誤等等，由此可見台灣誠惶誠恐到了何種程度。
由於美國當時出於反共目的，在亞洲奉行的是扶日而不棄蔣的政策，因此，在台灣力爭與日本簽約的問題上給予了大力支持。1951年11月5日，美國白宮表示：「堅決反對日本與中共拉攏關係之任何企圖。」此後又於12月10日，派三藩市和約的主要策劃人之一，負責對日締約的杜勒斯作為特使赴日，以促成日蔣和約而對吉田政府施加壓力。杜勒斯直截了當地要求日本與台灣締約，並威脅道：「如果日本政府不同中華民國簽訂和約，美國國會就不批准三藩市條約。」
在美國的強硬幹預及台灣方面作出了重大讓步的情況下，日本政府才「不情願」地改變了態度。12月24日，吉田表示不承認共產黨中國，願與台灣締結和約。1952年1月30日，日本委任河田烈為中日和談首席全權代表赴台，與國民黨當局「外長」葉公超進行雙邊談判。
1952年2月20日談判正式開始，至4月28日和約簽字，前後進行了正式會談3次、非正式會談18次，歷時67天。談判期間，日本方面又一次暴露了其陰險、狡猾的面目。
戰爭賠償問題是和約的重要內容，因而在這個問題上爭論十分激烈。根據台灣當局起草的和約草案，在賠償問題上只要求日本對中國提供勞務補償，其他賠償已經放棄，這是台灣當局作出的重大讓步，而且與三藩市和約的原則一致。但日本對此卻堅決反對，蠻不講理地堅持台灣可以根據三藩市和約沒收日本在華財產和資產作為補償，不應再提勞務補償的要求。由於雙方觀點相差懸殊，談判多次陷入僵局。不僅如此，日本仿佛把戰敗國的身份忘在了腦後，竟多次提出自己起草的和約草案，氣焰囂張至極。
而台灣方面在談判初期自恃有美國撐腰，認為只要美國以不批准三藩市和約相威脅，便不難最終迫使日本就範，因而在談判中據理力爭，態度甚為堅決。對台灣當局草案只作細節修改，重大原則毫不讓步。誰知至3月下旬，風雲突變，美國先於3月20日，操縱國會以66票對10票批准了三藩市和約，後於4月16日宣佈三藩市和約將於4月28日生效。美國的行徑對台灣當局來說不啻於背後一刀。因為美國國會承認三藩市和約，使台灣在對日談判中失掉了最有力的王牌；同時，美國限定了和約生效時間等於給了日本有力支持。因為一旦和約正式生效，日本解脫了戰敗國的束縛，恢復了主權，在對華締約問題上將更為主動，這對台灣來講極為不利。
在這種形勢逆轉的情勢下，台灣當局為了趕在三藩市和約生效前與日本達成和約，被迫在賠償問題上作出全面讓步，於3月25日決定放棄全部賠償。僅在條約草案中列入下述文字：「日本承認其賠償之義務，我方亦承認日本無力作出全部賠償，為此……我方宣佈放棄以勞務進行賠償之要求。」
然而，得了勢的日本變本加厲，居然抓住台灣方面急於簽約的心理，對上述行文也不接受，堅持在和約中取消有關賠償問題的條款，否則採取拖延的方法，拒不談判。台灣當局無可奈何，於4月12日答應了日本的要求。但是，蔣日和約的最後簽字直到4月28日下午3時才告完成，此時距三藩市和約生效僅僅還剩7個小時。
因此，在蔣日和約的正文中通篇找不到「賠償」二字，其相關內容僅是在和約以外的議定書中加以確認的。
議定書第一條乙項原文為：
「為對日本人民表示寬大與友好之意起見，中華民國自動放棄根據三藩市和約第十四條甲項第一款日本國所應供應之服務之利益。」
另一處相關內容是在和約正文附錄的記錄中，原文是：
日本國全權代表：
「本人了解：中華民國既已如本約議定書第一項乙款所述自動放棄服務補償，……是否如此？」
「中華民國」全權代表：
「然，即系如此。」
蔣日和約的締結，引起了「新中國」人民的強烈抗議，1952年5月5日，即和約簽字一周後，周恩來總理代表中華人民共和國政府嚴正聲明：「對於美國所宣佈生效的非法的單獨對日和約，是絕對不能承認的；對於公開侮辱並敵視中國人民的吉田蔣介石和約，是堅決反對的。」並且指責蔣介石所謂放棄賠償要求的允諾是「慷他人之慨」，中國政府和人民絕對不予承認。
