6月18日起，立陶宛開始限制部分貨物經過該國領土，進入俄羅斯飛地加里寧格勒州。俄方多次發出強烈警告，立陶宛政府卻解釋稱「這不是我們的決定，而遵循歐盟制裁」。
面對立陶宛的態度，俄羅斯外交部發言人扎哈羅娃今天（6月22日）再次升級警告稱，俄方對此事的反應將不只停留在外交層面，俄方會採取「實際」措施。然而面對俄方連日的強硬表態，前立陶宛駐俄羅斯大使22日稍早前還在安撫公眾別慌：「俄羅斯所說的，並不是都會實施」。
據俄塔社報道，扎哈羅娃今天（6月22日）表示，莫斯科將採取「實際」措施，回應立陶宛。
「主要問題之一，是關於（我們的）回應是否完全是外交的。答案是不會，」扎哈羅娃在記者會上說，「回應還會是實際的。」
「政府多個部門正在制定可能的反制措施。立陶宛和歐盟都已通過其駐莫斯科的外交使節獲悉，此類行動是不可接受的，應推翻措施並解決局勢，回到合法、正當的軌道上。如果做不到這一點，那麼，當然，報復行動將是不可避免的。政府各級都強調了這一點，」她警告。
被問到俄方將何時採取報復行動，以及採取什麼行動，扎哈羅娃回應稱，這取決於立陶宛是否同意撤銷運輸禁令。
面對俄方不斷升級的警告，前立陶宛駐俄羅斯大使艾特維達斯·巴哈魯納斯（Eitvydas Bajarūnas）稍早前呼籲民眾「不要散播恐慌」。他表示，立陶宛正認真觀察俄方言行，並為此做準備。
據立陶宛國家廣播電視台（LRT）6月22日報道，巴哈魯納斯在LRT的電台節目上表示，「當這個消息（禁令）傳播開來時，我們所有人都重複這句話——這不是立陶宛的決定，這是（歐盟）一攬子制裁的一部分。」
這位2005至08、2009至11兩度駐俄羅斯的前大使表示，「我們有對付莫斯科的武器——真相。所幸其他人都在說話，（歐盟『外長』）博雷爾也表達了和我們一致的立場。」
對於俄羅斯威脅，巴哈魯納斯表示，「我們需要認真應對，並為此做好準備。」但他強調，「我們現在不要再擔心俄羅斯所說的話。我們負責任地看待俄羅斯的言行，並且也在為此做準備。俄方的反應都是已知的，但同時又是未知的。我們不知道俄羅斯還能想出什麼。……但是，讓我們不要散佈恐慌，讓我們負責任地看待事情的發展，並做出反應。」
加里寧格勒是俄羅斯飛地，常住人口約43萬人，北鄰立陶宛、南接波蘭，這裏還是俄羅斯波羅的海艦隊總部所在地。通向該地的貨運鐵路途徑白俄羅斯與立陶宛，不經過波蘭。
被立陶宛限制後，商品仍能通過海運方式（但較麻煩）進口到加里寧格勒，該途徑不受歐盟制裁。歐盟的對俄制裁清單上包括煤炭、金屬、建築材料和先進技術。禁令將會涉及到加里寧格勒進口的大約50%的貨品。
據路透社此前報道，加里寧格勒州州長安東·阿里汗諾夫（Anton Alikhanov）6月17日發佈視頻稱，立陶宛官方表示，禁止受歐盟制裁的貨物通過立陶宛領土過境到該州的禁令，將從6月18日開始生效。
俄羅斯聯邦委員會副議長康斯坦丁·科薩切夫（Konstantin Kosachev）立刻表示，立陶宛的行為違反了國際法。
當地時間6月20日，俄羅斯外交部召見立陶宛駐俄羅斯臨時代辦，對立陶宛禁止俄向加里寧格勒州過境運輸貨物表示不滿。俄外交部在聲明中直斥立陶宛此舉「違反國際義務」，是「公開的敵對行為」。倘若立陶宛不能儘快恢復過境運輸，俄方有權採取行動保護自身利益。
俄新社稱，俄方已向立陶宛下達「最後通牒」。
6月21日，歐盟駐俄羅斯大使馬庫斯·埃德雷爾應俄方召見，抵達俄羅斯外交部。
對於俄羅斯多方的回應，立陶宛總統瑙塞達發言人當地時間6月21日對當地媒體解釋稱，「途經立陶宛的加里寧格勒運輸線路沒有被暫停或封鎖，立陶宛沒有施加任何單方面限制。」發言人強調，加里寧格勒與整個俄羅斯一樣受到歐盟制裁。
立陶宛外交部長加布里埃爾·蘭茨貝吉斯（Gabrielius Landsbergis）也在盧森堡對媒體稱，立陶宛「只是在執行歐盟實施的制裁」，立陶宛是歐盟成員之一。「首先要強調，這不是立陶宛的決定，這是歐盟6月17日生效的制裁。」
立陶宛國防部長阿維達斯·阿努薩斯卡斯表示，關於俄羅斯可能會「以某種特殊方式封鎖我們的港口」也好、可能採取一些其他措施也好，這些傳言都是「空穴來風」。「俄羅斯沒有任何辦法，他們只能通過轉運，把貨物運輸到他們自己的港口。」
