北京6月時曾爆發武漢肺炎新一波疫情，是以新發地市場為中心的群聚感染。
中共6月時剛推出抗疫白皮書高調自誇防疫成效卓越之際，北京卻爆發武漢肺炎新一波疫情，是以新發地市場為中心的群聚感染，中共官方統計共有335宗確診病例。當局一度宣稱在切割進口鮭魚砧板上驗出病毒，導致各大超市紛紛下架相關產品。不過，在許多單位的澄清後，中共已改口還給鮭魚清白，但由於官方說法一變再變，遭外界質疑中共因為掩蓋不住疫情急於甩鍋。然而，中共最新研究報告又稱，病毒源頭極有可能是境外疫情嚴重地區的冷鏈進口食品。
一份由北京清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所，聯合在「國家科學評論」上發表的研究報告指出，沒有發現獨立於新發地市場的早期傳播鏈或獨立傳播鏈，顯示新發地市場是疫情爆發的單一源頭。結合新發地市場流行病學調查，初步確定綜合交易大廳地下一樓「牛羊肉大廳」水產區S14號攤位可能是感染的源頭。 S14號攤位的7名工作人員均為確診病例，並且症狀出現時間相對較早。
該報告強調，根據流行病學模型推斷的疫情開始時間範圍內，共有5名顧客對病毒抗體檢測呈陽性，他們都有到訪過S14號攤位。5名顧客及其密切接觸者在過去14天內，都未到訪過中高風險區域或接觸來自中高風險區域的人員。而從病例和環境樣本獲得病毒基因組序列分析表明，病毒序列具有明顯的突變特徵，與中國之前所發現的本土及輸入病例均不相同。
該報告聲稱，進行測序的110個病例和環境樣本病毒基因組序列，分析發現均具有8個特徵性突變位點，其中7個突變位點的病毒主要存在於歐洲。而S14號攤位的工作人員未接觸過疑似或確診武漢肺炎病毒感染者，並且5月至6月初期北京沒有報告新增感染病例。進一步調查顯示，S14號攤位售賣的物品中，冰鮮鮭魚是唯一來自境外的商品，攤主曾於5月30日從某供應商處採買過從有武漢肺炎疫情國家進口、包裝完整的鮭魚，在市場內切割處理後零售。
該報告提到，研究人員對新發地市場內所有鮭魚供應商的冷庫進行採樣檢測，發現上述供應商有5份魚體拭子樣本呈陽性，其中1份未開封魚體拭子樣本中，測序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環境樣本中的病毒高度同源。雖然未能從魚體上分離獲得活性病毒，尚無法證明魚體上的病毒的活力。但是將高質量病毒基因組序列特徵分析與流行病學調查結合，顯示來自境外疫情高發區的冷鏈進口食品，極有可能就是新發地市場聚集性疫情病毒源頭。
