宋柏林6月5日的日記中留下了另一個線索：「王銘找了孔原，熊鋼找了薄一波，還找了許多其他的老幹部，都堅決支持我們幹革命。」
激烈對峙的雙方在大門內外貼滿了色彩激昂的標語和大字報。四中送給清華附中紅衛兵一幅對聯是：「先驅者，為革命，灑盡碧血；後繼人，保江山，掏出紅心。」
針鋒相對的代表是工人出身的清華附中高三女生宣夏芳，她高聲朗讀了以「宣戰」名義貼出的大字報《致×中的幹部子弟們》：「什麼是紅衛兵，是反動組織黑衛兵」，「你們後面是靠不住的冰山」，「我們要用鮮血保衛黨支部，保衛黨!」
但這時清華附中兩派都不知道，在6月3日劉少奇鄧小平主持的政治局擴大會議上，團中央書記胡克實領受了領導北京中小學文化革命的任務，決定向重點學校派遣工作組。
1966年6月中至7月底(發展期)：對抗工作組代表的傳統體制
【6月8日：工作組進校。宣佈支持紅衛兵】
6月8日晚上，團中央派出的工作組進駐清華附中。工作組一共5人，多是在中央團校學習的各省市骨幹。工作組組長是章建華，但實際掌權的是中央團校哲學室主任劉晉。
身兼海淀區工作隊副隊長的劉晉戴着眼鏡表情嚴峻，第二天晚上即召開全校大會明確支持紅衛兵是堅定的左派，並宣佈學校領導班子靠邊站交待問題。形勢的突變使大操場一片愕然，紅衛兵隨即以勝利的姿態貼出題為《在毛澤東思想偉大紅旗下團結起來》的大字報。
學校的大字報出現了一百八十度的轉彎。工作組在隨後的匯報中對此頗為得意：「到目前為止，全校師生已貼出20000多張大字報，揭露了一批嚴重問題，揪出了黨內走資本主義道路的當權派，初步開展了批判鬥爭，大煞了牛鬼蛇神的威風。工作組進校時，右派勢力氣焰囂張，左派力量孤單，左派學生僅101人，占學生總數的8％；左派教師2人，占教職工總數的1.7％。目前，左派學生已增加兩倍，佔全校學生總數的13.9％。」
劉晉在40年後告訴筆者：6月8日當時主持團中央工作的胡克實打來緊急電話，讓他帶工作組去清華附中支持紅衛兵，並要求他每天晚上9點用直線電話匯報情況。
【6月中旬：批鬥校領導和成立革委會】
從6月17到20日全校開始在工作組的主持下三次批鬥萬邦儒和其他校領導。劉晉回憶道，他當時宣佈：「對學校領導萬邦儒只准動口不准動手。」
在這三次批鬥中，萬校長只低頭，但是不認罪。萬邦儒在文革前後都被兩派公認為獨特的教育家，絡腮鬍子口若懸河充滿魅力。看着自己苦心培養出來的優秀學生反過來爭相批判自己，他的痛苦可想而知。
有兩個實質性的事情給了萬邦儒及支持者致命的打擊：一是6月17日中央決定暫停高考，這讓以投考一流大學為唯一目標的高知子弟頓時感到「五雷轟頂，一片黑暗。」(周舵)「甚至燒毀了自己所有的課本。」一是6月20日宣佈萬邦儒撤職反省，讓萬邦儒認為運動只是一陣子的幻想破滅了。主管附中事務的清華副教務長邢家鯉也被揪到附中批鬥。
6月21日，全校召開全體師生大會選舉革命委員會。但當工作組在人選上要求有更大代表性時，遭到紅衛兵抵制。結果21個革委會委員基本由紅衛兵核心組成，王銘當選主任，張曉賓、卜大華為副主任。雖然在那種情勢下是一面倒的高票當選，但昔日佔據舞台中心的高知子弟看着這些其貌不揚的幹部子弟走上主席台，內心感其「個個面目可憎」。
這時工作組才感覺到紅衛兵並非是一群隨意擺佈的中學生，已表現出強烈的權力意識。他們不可能容忍在正統的黨組織之外出現第二個權力中心，開始籌建新的分團委以取代革委會。紅衛兵頭頭的碰頭會又回到圓明園。
當時紅衛兵並不知道工作組的做法直接來自中央。6月下旬，胡克實傳達了劉少奇鄧小平在政治局會議上的講話：認為工作組已控制了局面，提出「複課鬧革命」和「消化紅衛兵」。
【6月24日：《革命的造反精神萬歲》】
6月23日，團中央的《中國青年報》發表社論《左派學生的光榮責任》，強調左派要服從工作組團結大多數。紅衛兵隨即在6月24日貼出兩張大字報公開進行反擊，一篇就是後來震動中央的《革命造反精神萬歲》。
這篇貼在教學樓一樓門廳正中的大字報，第一句話就提出了一個駭人聽聞的觀點：革命就是造反!「敢想、敢說、敢做、敢闖、敢革命，一句話敢造反，這是無產階級革命家最基本最可貴的品質，不造反就是百分之一百的修正主義!」
這篇充滿激越口號的文章由紅衛兵才子駱小海執筆，後來被一再模仿變成文革時代的新八股。但最後的結尾「……對今天這個修正主義的清華附中，就要這樣大反特反，反到底!搞一場無產階級的大鬧天宮!」明眼人一看就是針對掌權的工作組的。但工作組當時並沒有引起重視，只是覺得在共產黨的天下提倡「造反」匪夷所思。
當時狡黠的紅衛兵故意留了一個破綻，沒有點明這段話的出處。工作組果然上當，寫了簡報上報，一直報到劉少奇黨中央那裏，被定性為「反動」。實際上這句話緣自6月9日《人民日報》第六版的一篇不起眼的短評《漢弗萊的哀嘆》。它引用了毛澤東在延安時代給斯大林祝壽時的一段話：「馬克思主義的道理千條萬緒，歸根結底，就是一句話：造反有理。」沒有人注意到這句隱含在邊角評論中的支言片語，但嗅覺靈敏的紅衛兵馬上捕捉到了。
當高一的紅衛兵劉剛、張樹平等把這張「造反精神萬歲」大字報抄到清華大學時，給了當時被清華工作組壓制的蒯大富以極大的支持。但遭到擁護工作組的主流學生憤怒圍攻，甚至到清華附中要求「逮捕反黨反社會主義的小集團紅衛兵」。
6月26日，胡克實聽了劉晉的匯報後，認為紅衛兵「相當不懂事」，「能不能把黨團組織恢復起來，把紅衛兵消化在黨團組織之中」。(卜偉華摘自清華附中工作組1966年6月27日簡報。)同時其他許多中學的紅衛兵被宣佈為非法，清華附中再次成為內外矚目的焦點。
但當紅衛兵在7月4日《再論造反精神萬歲》正式引用毛澤東的這段語錄時，工作組已被拖入非常被動的境地。老練的工作組一方面突然成立排除了激進紅衛兵的分團委，由自己擔任正副書記取代了紅衛兵掌握的革委會；一方面迂迴拜訪紅衛兵頭頭的家長採取懷柔分化政策，並於7月17日把208名紅衛兵骨幹拉到沙城兵營封閉軍訓，逐漸奪回了主動權。
【7月20日：《階級路線萬歲》和批斗升級】
儘管工作組和紅衛兵出現矛盾，但在批判學校領導上是一致的。除了全校的批判大會外，各班都開始批鬥老師，並且擴大到「右派學生」。在宋柏林的日記里紀錄了7月5日批鬥團委書記顧涵芬、7月11日批判班主任丁淑慧、7月20日批判學生鄭國行。
批鬥會由各班的紅衛兵核心小組發動，這些未經世事的學生對組織批鬥會卻並不陌生；學校領導給他們入學的第一課就是去參觀清華大學的「反右展覽」，現在反過來自食其果。班主任被爭先恐後的學生圍在中間，任何辯解都會招來更激烈的呵斥甚至墨水和漿糊。
7月1日北京大學附中「紅旗」紀念建黨日，「邀請上提出苛刻要求，一律是幹部子弟，而且儘量穿黃軍裝。」(宋柏林日記。)這個等級森嚴的晚會首次唱出了《造反歌》。7月20日，清華附中紅衛兵的激進派「齊向東」寫出了《無產階級的階級路線萬歲》的大字報並在全校廣播。也就是在這天他們開始批鬥本班四個出身舊階級的「右派學生」。
【7月下旬：與工作組攤牌】
這時紅衛兵內部出現了一個意外的衝擊：紅衛兵第一把手王銘的父親受到批判，而他跑到現場阻止了揪鬥他爺爺的批判會。王銘的父親王仲方曾任已被打倒的羅瑞卿的公安部辦公廳主任。胡克實要求劉晉藉此機會迅速解決清華附中紅衛兵的問題。
7月24日晚上，雙方班子的全體成員在教學樓辦公室正式攤牌。此前工作組已經無法容忍紅衛兵的我行我素，工作組的小葉曾衝進廣播室，撕掉了紅衛兵擅自播音的廣播稿。據劉晉回憶：在這次馬拉松式的交鋒中，胡克實三次打來電話，要求他直接點出王銘的問題，擊垮紅衛兵的軟肋。
進進出出的劉晉幾次提起話頭，又都咽了下去。一是發現王銘還有群眾基礎，二是他發覺紅衛兵班子意外團結，一點名必然局勢無法收拾。儘管劉晉在上司胡克實的質問和下屬章建華的催促下幾次拍案而起，但根據自己二十幾年群眾運動的經驗，終於沒有點名。
而紅衛兵為這次攤牌做了充分溝通，策略地讓王銘退出一線，以免讓工作組抓住把柄。會上由卜大華據理力爭，由張曉賓迴旋底線。這裏還有一個細節：在劉晉被叫出去接胡克實電話的時候，人大附中的徐浩淵跑來告訴了卜大華一個小道消息，「團中央已經把胡啟立揪出來了。」兩個都自以為摸了對方底牌的對決勝負難分。會後劉晉把風傳胡啟立倒台的消息報告胡克實時，胡還認定是紅衛兵的謠言，命令劉到清華附中召開大會闢謠。
