關於「誣陷賀龍和羅瑞卿」，吳法憲說：「賀龍的材料是根據成鈞、傅傳作、黃立清和廖冠賢四個人的揭發整理的，不是我個人編造的。羅瑞卿的這頂帽子是中央戴上的，並不是黃永勝和我給他戴上的。如果說，在文革的報告中或言論中對當時受迫害的領導同志有過類似的不敬語言就是『反革命罪』的話，難逃法網的應該不止是我們幾個，大概是不計其數。
關於賀龍和羅瑞卿受迫害的問題，我認為主要責任在毛澤東、林彪、周恩來，因為這些問題是他們決策的，主要安排是他們決定的，兩個項目組基本上都是由周恩來全面負責的……在幾十年的黨內殘酷鬥爭過程中，很難找出幾個從沒整過別人的黨內幹部。據我回憶，由毛、周親自批示、審閱、划過圈的賀龍、羅瑞卿和其它人的項目組報告為數不少。不能說牽連到我們的都是『反革命罪』，牽連到毛主席的都是『失誤』，牽連到周恩來的就都是『違心的』，為什麼在這裏就不講『以事實為根據，以法律為準繩』呢？」
他憤怒地說：「在劉鄧等中央相當一部份領導幹部受迫害的問題上，毛澤東周恩來應當負主要和直接的責任。毛澤東是決策者，而周恩來是主要執行者。其它的人，不要說我們幾個人（按：指黃吳李丘），就是江青、康生、陳伯達，對此都不是說了算的！」
關於「在空軍關押迫害幹部一百七十四人，致使南空參謀長顧前和空軍學院副教育長劉善本被迫害致死」問題，他認為「這是全國全黨搞運動的結果，當時全軍共有八萬人受迫害，一千一百六十九人被迫害致死，空軍祇占其中百份之零點二，其餘99.8%受迫害的人又應由誰來負責，各該單位的主要領導是否「都要追究刑事責任？全國共有七十三萬人遭到迫害，是不是毛澤東、中共中央都要承擔刑責？在審查林彪集團過程中，軍以上幹部八百多人被整，空軍副司令員曾國華中將（大渡河十七勇士之一）在學習班中被整死，是否也應該追究刑事責任呢？」他認為「在打擊迫害幹部的問題上，從毛主席、黨中央到下面基層領導都有錯誤，都應承擔責任，不能只是把我們幾個人推出來做替罪羊了事！」
吳法憲說，全國各地發生大規模武鬥，其背後黑手都是毛澤東。例如一九六七年八月，上海柴油機廠武鬥，王洪文率十萬人猛攻，雙方傷亡慘重，毛澤東贊曰：「打得好！」他聽到各地武鬥的匯報時還說：「這是亂了敵人，鍛煉了自己！」他在上海看到電視直播批斗大會中造反派強迫陳丕顯、曹荻秋低頭彎腰，竟說：「這算不了什麼嘛！」
