全球有多項研究發現，武漢肺炎患者即使病徵輕微，心臟、肺部等器官亦會有損害。有專家擔心隨着更多康復者器官受損，長遠對全球醫療系統造成負擔，並認為未來有必要跟進康復者的狀況。
意大利帕維亞臨床科學研究所（Clinical Scientific Institute）心臟科主任佩德雷蒂（Roberto Pedretti）說："我們在醫院看到的只是冰山一角。我們現在集中治療武漢肺炎病人讓他們康復，但我們應同時關注病毒在未來對健康的影響。"佩德雷蒂擔心隨着更多肺部受損的康復者出現，長遠對全球醫療系統形成負擔。
多項研究指武漢肺炎會導致肺纖維化，中國3月一份研究報告提到，有"廣泛"證據指出"肺纖維化可能是武漢肺炎患者的主要（長期）併發症之一"。國際醫學期刊《刺針傳染病》（Lancet Infectious Diseases）4月公佈的一項研究指，目前尚未清楚病毒對肺部造成的變化是否無法治癒。英國緊急情況科學諮詢小組（Scientific Advisory Group for Emergencies）曾警告，武漢肺炎病人可能會出現"數個月的疲勞及呼吸急促"。
部份專家相信，病徵較輕微的患者身體同樣會受影響。荷蘭胸科和結核病醫生協會主席警告，當地數以萬名武漢肺炎康復者，肺部可能會遭受永久性損害。雖然很多呈陽性的患者病情不算嚴重不用入院，但仍有可能留下永久性損害。
另外，專家稱不僅身體狀況較差的患者才會有嚴重症狀，較健康的人也會受到影響。斯溫伍德（Ema Swingwood）說："我們見到一些身體完全健康正常、有良好運動量及肺功能的人，肺部同樣出現問題。"醫生巴克斯特（Noel Baxter）指目前很難判斷病毒會造成甚麼程度的損害、以及肺部恢復的程度，"目前很難知道。但似乎部份人最終會有一些長遠（健康）問題"。
武漢肺炎除了損害肺部，有研究指部份病例反映病毒會損害大腦、肝、腎、心臟和血管。《美國醫學會雜誌心臟病學》（JAMA Cardiology）3月一份研究指出，416名在武漢住院的患者當中，有1/5出現心臟受損。研究人員亦發現，即使患者沒有潛在心臟問題，也可能出現同樣狀況。德州大學心臟科醫生馬吉德（Mohammad Madjid）說："武漢肺炎可透過多種途徑影響心血管系統，病毒或會直接影響心肌，令它無法發揮應有的作用，導致心律失常。"他補充在嚴重情況下有高風險形成血塊，導致心臟或肺部問題，甚至中風。
