擔心香港民主抗議運動影響 大陸，中共加大維穩力度，宗教團體被中共視作危險因素遭到嚴厲打壓。
在香港反送中運動中，許多香港基督徒走上街頭，幫助、支持抗議者，並譴責警方的暴力，基督徒與追求民主自由的人們都被中共視為敵對勢力。為了遏制香港民眾爭取民主的精神對大陸產生影響，中共對其認為「不穩定」的領域加大了管控和打壓力度，宗教團體首當其衝，甚至一些官方管控的三自教堂也難逃整治。
多處三自教堂的許可證被沒收
「你還想辦證，我們昨天剛開會，上面有規定，全部教堂都要停止聚會，要關門。」10月28日，江西省贛州市安遠縣宗教局一官員告訴一名試圖申請辦證的三自聚會點負責人無法給他辦證。該官員還稱香港有很多基督徒參與「暴亂」，基督教是西方國家傳過來的，怕大陸信徒跟香港、美國有聯繫，所以教堂不可以聚會。
10月底，該縣孔田鎮一處三自教堂的《宗教活動場所登記證》被政府沒收，隨後，該教堂門口被貼上了停止聚會的通告。
與此同時，該縣天心鎮、鳳山鄉、車頭鎮的三處三自教堂的《宗教活動場所登記證》也被政府以「重新審核」為由沒收，並貼上停止聚會的通告。
孔田鎮一處三自教堂被停止聚會的通告
天心鎮三自教堂被停止聚會的通告
車頭鎮三自教堂停止聚會的通告
10月下旬，湖南省沅江市一處有合法證件的真耶穌教會也遭當地政府打擊。一名當地派出所所長稱真耶穌教會的總部在美國，現在美國與中共不和，並以香港為例，稱美國會煽動信徒與中共政府對着幹，因此要加大力度管控教會。
之後，當地政府人員將該教會聚會所外牆上的「真耶穌教會」幾個字強行拆毀，並禁止該教會與美國聯繫。
10月29日，江西省九江市武寧縣宗教局的人以香港「暴亂」有基督徒參與為由強行將一處三自聚會點的十字架、「基督教堂」的字和所有宗教標誌全部拆除。事後，只剩一面五星紅旗高聳在教堂頂端。
教堂的十字架、「基督教堂」的字被拆前後
嚴禁信徒赴香港聽道
為防止大陸宗教人士通過宗教交流等途徑受到香港民主運動影響，持有港澳通行證的宗教人士也遭到政府管控和打擊。
8月下旬，湖北省襄陽市一名家庭教會牧師突遭警方拘捕、關押。據知情人透露，該牧師被抓跟香港事件有關，而且他有出境證、護照，曾去香港參加過宗教聚會。該牧師被捕後，其家屬前往探視遭拒絕，家屬表示對他的健康十分擔憂。
9月底，江西省贛州市一處家庭教會傳道人和一名該教會負責人遭到國保局傳喚，國保人員勒令他們簽署不去香港的保證書，並沒收了他們的港澳通行證。
江蘇省徐州市兩名家庭教會信徒辦理了港澳通行證，計劃於國慶期間赴香港聽道。10月1日，這兩名信徒遭到警察威脅稱「只要去香港，立馬取消一切福利待遇，還得蹲監」，並強調一旦去香港就是與共產黨作對，屬「反共勢力」。
