2016年7月12日，因應國際法庭仲裁後新情勢，台灣第一時間派出海巡艦前往南沙太平島巡戈。（鍾廣政攝）
台灣對海牙國際法庭的仲裁亦作出強烈反應，認為將台灣擁有的南沙太平島定義為礁，嚴重影響台灣的權益。行政院長林全指不會接受，台灣決定周四（14日）派軍艦前往太平島保衛主權。（鍾廣政台北報道）
針對國際法庭判定南沙太平島屬礁而非島嶼，總統府周二晚舉行記者會，發言人黃重諺指，總統蔡英文事先對仲裁案舉行過五次國家安全會議研究。
黃重諺表示，仲裁庭於審理過程中，並未正式邀請台灣參與仲裁程序，也從未徵詢台方意見。相關仲裁判斷，尤其對太平島的認定，已經嚴重損及台灣南海諸島及其相關海域之權利。總統府強調，絕不接受，也主張此仲裁判斷對中華民國不具法律拘束力。
黃重諺說：中華民國對南海諸島及其相關海域享有國際法及海洋法上的權利，本案仲裁庭於審理過程中，並未正式邀請中華民國參舉仲裁程序，也從未徵詢我方意見。現在相關仲裁判斷，尤其對太平島的認定己經嚴重損及我南海諸島及其相關海域之權利。我們在此鄭重表示，我們絕不接受。
總統府表示，海軍康定級驅逐艦，將提前周四出發執行巡弋任務。而海巡署亦先派出2千噸級偉星艦前往太平島巡邏。
行政院長林全接受傳媒訪問重申，國際法庭仲裁對台灣沒有拘束力。
林全說：對於南海諸島，包含太平島在內的主權，我們非常堅定的表示，我們擁有這些主權。我想這部份（國際法庭仲裁）對我們沒有約束，我們的立場也沒有改變。SB
根據聯合國海洋法公約，擁礁國家屬地只能主張12里領海，而島領海則可延伸至200里經濟海域。國際法庭裁定太平島屬礁，使台灣在這個區域漁獲大量減少。
在仲裁法庭作出裁決前，大陸國台辦發佈聲明，呼籲台灣了解大陸立場，並予以支持與呼應，別在立場上倒退。聲明中指，南海諸島及其附近海域是大陸的固有領土，維護老祖宗給我們留下的祖產，維護中華民族的整體根本利益，是兩岸同胞共同責任。
至於仲裁案的結果，國台辦重申，菲律賓單方面提及仲裁案是一場鬧劇，是無效的、沒有約束力的，中方不會接受也不會承認。國台辦強調，中國在南海領土的主權和海洋權益，在任何情況下都不會受到仲裁裁決影響，且反對與不接受任何基於仲裁案的主張和行動。
