9月16日，中共國務院總理李克強簽署國務院令發佈了針對三峽工程的海陸空立體及從中央到地方四級防衛條例。此這一條例的發佈，凸顯長江三峽水利樞紐的危險增大。大陸《財經》副主編羅昌平在微信上發表文章，詳細解讀日前國務院發佈命令，海陸空立體保衛三峽條例，偏偏將重慶排除在保衛工作之外，此舉正凸顯了三峽的一大隱患。
文章稱，新公佈的《長江三峽水利樞紐安全保衛條例》共7章41條，分為總則、陸域安全保衛、水域安全保衛、空域安全保衛、安全保衛職責、法律責任、附則。引人關注的是，條例還明確了從中央、湖北省、宜昌市到三峽樞紐運行管理單位的四級安保工作協調機制，確定了牽頭責任主體和重點職責。條例明確了長江流域各港口碼頭以及進入三峽樞紐安全保衛區船舶的相關安全保衛職責，強化了碼頭和船舶管理責任人的安全責任制，從源頭上預防、消除威脅三峽樞紐的安全隱患。
三峽工程分佈在重慶市到湖北省宜昌市的長江幹流上，但是條例似乎排除了重慶市參與安全保衛的資格。這正顯示了三峽工程的一個危險性。據維基百科稱，三峽工程對重慶市造成多重危害：
1、新重慶地區的貧困問題
作為三峽庫區於1997年和併入重慶的15個區縣因移民造成嚴重失業，貧困問題嚴重，而由於這些城市併入相對發達的重慶，更造成重慶市城鄉極為懸殊的經濟差距(2009年達到了500%)。三峽工程上馬導致庫區2000多家企業被關閉，失業者大增。庫區經濟以「吃財政飯」為主，稅收持續下降。屬於三峽庫區的萬州當地城鎮失業率8.1%，21.9%的城鎮移民靠低保生活。三峽庫區的涪陵及其以下8個區縣，當地城鎮失業率8.95%，人均GDP是重慶主城9區的20%不到，全國平均水平的50%。很多移民和搬遷安置款項至今沒有到位，造成了重慶主城區與三峽庫區居民嚴重的對立情緒和衝突。
2、泥沙淤積和水位問題
長江上遊河流所攜帶的除了泥沙，還有顆粒較大的鵝卵石，在三峽大壩築起後將極難排出，會造成堵塞，並向上游延伸，進而影響重慶。
與泥沙淤積問題同樣極具爭議的，還有水位問題。在三峽蓄水至135米後，有人發現從大壩到庫尾之間的水位落差多達34.7米，遠遠超過了工程論證報告認為的0.4米，因此擔憂重慶可能會在三峽完全蓄水後被淹沒。三峽大壩可行性論證中關於水庫水力坡度的論證被認為存在錯誤，因此會造成更多淹沒地區和移民數量。
3、生態環境問題
三峽工程對環境和生態的影響非常廣，其中對庫區的影響最直接和顯著，對長江流域也存在重大影響，甚至還有人認為三峽工程將會使得全球的氣候和海洋環境發生重大變化。
庫區人們對三峽工程影響環境的最大擔憂來自於水庫的污染。目前三峽兩岸城鎮和遊客排放的污水和生活垃圾，都未經處理直接排入長江。在蓄水後，由於水流靜態化，污染物不能及時下泄而蓄積在水庫中，因此已經造成了水質惡化和垃圾漂浮，並可能引發傳染病，部份城鎮已在其他水源採集生活用水。同時大批移民開墾荒地，也加劇了水體污染，並產生水土流失的現象。重慶三峽庫區污染問題有七成是農業生產以及農民生活對環境造成的污染，已經大大超過了工業污染水平。
