兩岸應否簽署綜合性經濟合作協議（CECA），台灣各界意見不同。馬英九19日表示，這是他競選時的政見，他當選之後當然要實現，至於內容以及用什麼方式來簽，大家可以表示意見。
《中國時報》報道，馬英九接受《Taipei Times》專訪明確表示，兩岸經濟關係要正常化，必須簽訂綜合性經濟合作協議，這是他的競選政見，當選後當然要落實，包括關稅減讓、投資保障、雙重課稅的避免等議題，最近都要與大陸協商。
馬英九強調，兩岸將來簽訂綜合性經濟合作協議，一定要考慮台灣產業的利益，該保護的保護、該開放的開放，不開放大陸勞工、不開放大陸農產品、不開放陸生赴台考證照政策的「三不「政策是他的承諾，不會改變。
兩岸簽署綜合性經濟協議前是否須公投？馬英九認為，公投所需要的門坎很高，若以民調方式，多數民眾應該會贊成；兩岸簽署相關協議時，一定要確保台灣的主權，同時該協議需送立法院通過才能生效。
不過，媒體質疑胡錦濤表示兩岸可在一個中國框架下推動CECA，此舉恐矮化台灣，馬英九說，「不管他怎麼想，我們認為『一個中國』所指的就是『中華民國』，這一點也是1992年我們堅持的，到現在為止都沒有改變；如果我們不這樣解釋的話，難道我們要把『一個中國』解釋成指的是中華人民共和國嗎？」
馬英九也強調，儘管和台灣有邦交的只有23個國家，但只要這23個國家承認，然後和其他國家發展實質關係，就能生存。「我們靠的不是名稱上做一些改變，然後就能生存下去；靠的是我們的實力和競爭力。」
另外，府院高層透露，為避免外界將CECA與大陸與港澳簽署的CEPA（更緊密經貿關係安排）協議混淆，引發台灣香港化、主權矮化的疑慮，協議的英文名稱不一定會用CECA，國安會及相關單位正審慎研議。
高層指出，不論名稱為何，實質內容都是「FTA（自由貿易協議）「，兩岸洽簽經濟合作協議，並非「國與國」的協議，而是建立在WTO（世界貿易組織）架構下的雙邊最惠國待遇上。
