一部《蕭十一郎》讓他和馬雅舒結下良緣，把家安在了北京。但婚後兩人卻聚少離多。結婚登記時，兩人穿着便服，婚紗照沒有拍，喜酒也沒有擺，新娘甚至在婚後第二天就趕去拍戲，根本就沒有什麼蜜月。忙碌的工作卻帶給吳奇隆不斷的新鮮感：「分開的時間長了，再見面會有陌生的感覺，那我就努力讓我們的愛情再發酵一次，和這個『陌生的女孩』再談一次戀愛，愛情是需要時間和耐心去維持的。」
吳奇隆曾經在博客上說，一直以來生活上的許多瑣事，都是馬雅舒幫他處理，大到買房買家具，小到停車繳費，所有麻煩的事馬雅舒都幫他做了，因為她說吳奇隆是名人太麻煩了。吳奇隆說自己為此內疚了很久，不知道能為妻子做些什麼，後來想到妻子身體不好睡眠不好，每天都習慣喝杯牛奶，所以他儘自己所能，每天給老婆熱杯牛奶，「雖然是一件小事，但她總是用最燦爛的笑容回報我，她說這就是幸福。」吳奇隆說，馬雅舒孝順、誠懇、能為他去調整改變自己，這是吸引他的原因。
對於劉德華歌迷的事件，吳奇隆表示自己也曾經遇到過很多瘋狂的歌迷：「曾經有歌迷敲我家的門，表示要嫁給我，也有人寄頭髮和血書給我。在博客上我看見不正常的話語不會回復，避免造成一切有錯覺的東西，這是對歌迷的尊重，也是保護。我也反對歌迷逃課來參加我的活動，對歌迷進行正確的引導是我們藝人的責任。希望每個歌迷都要有辨別是非的能力，這樣大家才能進行互動。」
