當 年抗日戰爭勝利後，懷着滿腔熱情，錢偉長從美國回國參與建設，並被聘為清華大學教授，同時兼北京大學、燕京大學教授。中共建政後，他先後擔任了清華大學校 務委員會常委、副教務長、教務長、民盟中央常委、清華大學副校長等職。然而，為人的率真、政治上的天真讓他在中共治下付出了慘痛的代價，這不僅讓他在晚年 發出了「分明拿好馬當驢使」的慨嘆，也讓他從此「幡然醒悟」懂得了順從。

1957年，在中共的有意誘使下，一些知識份子對中共提出了批評，這就包括錢偉長在內，而這些人最終都被打成了「右派」。當年的錢偉長主張清華理工科結合，批評的核心是「黨內黨外有鴻溝」，他表示：

「我 是老清華了，一向是敢說敢做的，但這些年來，當家做主的味道越來越稀薄了。許多事情很想插手，但是做不了主，因為另外有一條線，總比你快。對於校務，我只 能在事情還沒有做出決定前提提意見，決定以後就服從執行。但究竟其間是怎樣決定的，這些關鍵性的問題就茫然不知了。」

「校務委員每當開會決 定學校里的一個重大問題時，總是由黨內負責幹部介紹一下情況，問題分析的很全面，誰也不會投反對票，就這樣順利通過了。黨內有好多資料，黨外人不知道，很 難發言，校務委員會實際是個形式。黨把人分成兩類，對一類人(黨團員)總是先看他的優點，對另一類人總是先看他的缺點。清華黨委對老教授總是抱懷疑的態 度。多數系主任與教研室主任沒有真正當家做主。像建築系主任梁思成教授這幾年就是掛個空名，從未問過系務，竟然連一個徒弟也沒有。近年來學校里一種寂靜肅 穆的空氣實在讓人難受極了，老教授們認為沒有出息的一些人，偏讓他進教研室當助教。選拔學生出國，教師提級等重大問題，也沒有徵求過教授們的一點意見，走 的儘是黨和行政路線。」

「過去教授家裏總是有川流不息的來來往往。現在呢，大家『板板六十四』，板起面來辦公事，特別是師徒間的關係不融洽。你在學術上幫助他，他卻抱懷疑批判的態度來學習，甚至還要鬥爭你。試問這樣如何教呢？」

錢 偉長的言論在中共「反右」開始後即遭到了批判，說他是「資產階級右派份子向文教界進攻」等言論遍佈清華和媒體，這其中還包括與其同從美國回來的錢學森。 1957年7月17日的《人民日報》刊載了錢學森對其的批判：「錢偉長的反黨反社會主義言行不是偶然的。……錢偉長說要把清華大學辦成像加里福尼亞理工學 院，好像並沒有什麼，但他傳播這個資本主義學校制度，並在全國範圍內活動，卻是一種對人民對黨的反叛行為。……錢偉長完全是一個說謊話耍政治手腕的人，沒 有一點科學家的味道，是最惡劣和狠毒的政治野心家。看看錢學森的言論，怎不令人感到悲哀？

被批判後的錢偉長從一級教授被降為三級教授，所有 職務都被剝奪，他還被剝奪了公開進行科研、發表論着的權利。他的兒子儘管高考成績優異卻受牽連而「不予錄取」。文革期間，他還被下放到北京特種鋼廠煉鋼車 間當爐前工。錢偉長後來回憶道：「生活用具和衣服棉被，或被抄走，或被徵用。在近半年的時期，夫妻都被分別『隔離審查』或『群眾專政』，靠兩個在中學裏當 『狗崽子』的女兒在監視之下送飯度日。在最艱難的時刻，靠着親人們相互關懷，相濡以沫，聊以度日。」

經歷了困苦歲月後的錢偉長，於1979 年被摘去了「右派」的帽子，並回到了原有的優裕生活。或許曾經的磨難讓他從內心對「黨」產生了恐懼並認清了「黨」的無情，或許眼前「幸福的生活」讓他不想 再以言獲罪，八十年代後的錢偉長變得「溫順」了，對於社會諸多不公正之事，選擇了緘默，甚至選擇為保全自己出賣良心。

1987年，「右派」 許良英，劉賓雁、方勵之聯署倡議於同年2月在北京召開「反右運動歷史學術討論會」，錢偉長亦在受邀之列，但卻沒有回覆是否參加。而此前方勵之在高校支持民 主的一系列講話，業已傳到鄧小平耳朵里，讓其甚為不滿。此時錢偉長通過民盟中央卻把邀請信交給了中共中央，並附上這樣的意見：「方勵之是一個政治野心家， 他自稱是中國的華里沙；我的問題雖然沒有完全解決（指尚未恢復清華大學副校長的官職），但與他們是不同的。」

隨後，鄧小平點名批判了方勵之、劉賓雁等人，並不點名地批評了保護他們的胡耀邦。鄧還說：「這次錢偉長表現很好，應予重用！」不久錢偉長果然當上了全國政協副主席。

在 關於三峽大壩問題上，錢偉長1991年撰寫了《從海灣戰爭看三峽工程》一文。文中指出了三峽水庫潰壩的危害，同時也指出了三峽大壩將成為外部敵人威脅的目 標。因為面對導彈技術，三峽大壩的防禦是不可能的。因此，錢偉長建議，三峽工程千萬不應上馬，否則就是自鑄達摩克勒斯劍的蠢舉。然而，在文章發表之後不 久，錢偉長就收回了他從海灣戰爭中得到的啟示，轉而表示堅決與黨中央保持一致，堅決支持三峽工程上馬，還專程去三峽垻址道歉。或許這又是他從曾經的磨難中 所獲得的經驗吧。

顯而易見，我沒有資格也沒有理由苛責身處專制環境中的錢偉長，只是深深地厭惡那個將敢說敢為的他變為順民的制度。不知臨終前的錢偉長是否明了了這一點呢？是否像曾經批判過他的錢學森一樣徹底醒悟了呢？