1997年11月，楊尚昆就自己的日記，向中央政治局請示："我身體極度虛弱，有可能去見馬克思，如何處理有關我的日記資料檔案？"李鵬代表中央政治局常委會告知楊尚昆："現在工作繁多，也很複雜，還是你保管好。"
1998年3月2日，在中共第十五屆第三次全會後，楊尚昆又提出有關資料問題。中共中央主席江澤民代表中央政治局常委會，對楊尚昆說："常委和部分政治局委員都看過，還是由你保存比較合適，考慮到多個方面：黨內團結、黨的形象、鄧小平同志功過評價、等方面。"直至楊尚昆逝世後，他的日記一直由中央政治局屬下的機要局保管。
2009年3月，中共對楊尚昆日記作了啟封，有限範圍作黨史研討，不作政治結論。
1989年4月8日上午9時，耀邦在出席中共中央政治局第17次會議時，突感胸悶難受，經過一時搶救後住院，直至4月15日突然逝世。在這七天中，中央醫療小組先後在4月12日、4月14日和4月15日發出三次病危通知。
1989年4月13日，鄧小平在家召開中央政治局會議。會上，李鵬和喬石提出："小平同志能否安排到醫院探望一下耀邦？"鄧小平遲疑一下說："我可不是大夫。他的情況我了解，不是大病，住幾天醫院就好了。"
1989年4月14日，在醫院第二次發出胡耀邦病危通知後，江澤民，李鵬，喬石，楊尚昆等聯署上書鄧小平："盼小平能到醫院看望自己五十年的戰友。"鄧小平委託鄧林傳話："我從不勉強別人，也不希望別人來勉強自己。"
1989年4月15日，胡耀邦逝世。19日，中央政治局請示鄧小平的意見："是否出席耀邦同志的追悼會，是否由鄧小平致悼詞？"鄧小平口述指示："不要唯心，也不要勉強"，"紫陽致悼詞便可，我身體不好，就不便去了"。但4月22日鄧小平在卓琳的勸說下，還是參加了胡耀邦的追悼會。
1988年7月13日—8月24日，楊尚昆去胡耀邦家六次，每次長談約五個小時。
以下是楊尚昆日記中，有關胡耀邦與楊尚昆談話的部分摘錄：
1988年7月14日："耀邦告訴我，沒想到小平同志這麼霸道，聽不得任何的不同意見。竟然搞垂簾聽政。很後悔採用卑鄙手段搞倒華國鋒，扶持鄧小平。耀邦說，西單民主牆就是在鄧小平的慫恿下搞起來的，目的就是搞臭華國鋒，讓鄧小平上台。但沒想到，鄧小平上台後便把民主牆封掉了，把魏京生也抓進了大牢。"
1988年7月19日：「耀邦告訴我，1976年四五事件也是鄧小平慫恿他搞起來了的。他已經與作家師東兵在88年3月和4月兩次談過四五事件的來龍去脈。是秘密地在家裏與師東兵見的面，連家人和秘書都瞞住了。耀邦告訴我，76年1月15日，鄧小平在周總理追悼會上致完悼詞後。找到我，說，今天我給總理致悼詞，或許我們死後就沒有人給我們致悼詞了。我們不能坐以待斃，要搞點行動。3月中旬，鄧又找到我，說他的孩子聽人說，4月5日清明期間，有人決定去天安門給總理送花圈。這是個好機會，要想辦法把事情搞大，給主席一個刺激，證明並不是人人都聽他的。耀邦又說，小平讓我找幾個幹部子女，讓他們去工人中間鼓動一下，把矛頭對準江青和張春橋。但有個別人把矛頭對準主席，這也是我們沒有料到的。另外，那些人又大搞打砸搶，打傷了許多的解放軍，小平後來也很生氣。認為這是讓他下台的直接導火線。這也是後來我們沒有給四五高調平反的原因。因為如果那幾個人如果不把矛頭對準主席，不搞打砸搶，主席根本就不會讓小平下台。而他就會在政治局會議上反擊江青和張春橋了。
76年4月5日鄧小平專門坐車去了天安門一趟，觀察廣場的動靜。回來後，透過家人對我說，廣場人很多，幹得好！但他謊稱是去北京飯店理髮的。其實鄧小平一直都是讓北京飯店的師傅去他家理髮。」
1988年8月5日："又和耀邦見了一面，耀邦說，小平是過河拆橋式的人，你要當心。同時，耀邦又向我透露了一件大事，說這是他最見不得人的事件，不說出來對不起自己的良心。80年4月，我們當時以清理『三種人』為理由，將北京市公安部門24名科級到處級的幹部騙到雲南大理秘密槍決，當時還派了王震去現場觀看。我問，為啥子秘密槍決他們，他們犯了啥子罪？耀邦說，他們當時掌握了我和小平是76年四五事件幕後指揮的證據。另外，有些人也掌握了鄧榕和其他的高幹聯動成員是1966年8月5日打死北京師範大學附屬女子中學副校長卞仲耘兇手的證據。當然，還有人也掌握了聯動成員於66年8月在北京大興縣殺死大批所謂的「黑五類」人員的證據。我說，我知道這件事，殺人的主謀高福興和胡德福不是當時就被判刑了麼？耀邦說，是呀，可高福興和胡德福在75年9月突然翻供了，說是聯動成員乾的。他們是冤枉的。但75年9月小平同志已是政治局常委，把這件事壓下來了。83年小平指示我給高福興和胡德福平反，我便照着做了。但北京市公安部門的幾個幹部秘密向這些「黑五類」人員的家屬通風報信，結果這些家屬便起來鬧事，反對給高福興和胡德福平反。小平很震怒，指示我將北京市公安部門的這幾個幹部也作為三種人秘密殺掉。我聽了後很震驚，說我們現在講法治，怎麼可以這樣隨便殺人，四人幫也沒有這麼幹過呀？耀邦說，所以我內心有愧呀。但我已經指示將這24名幹部作為因公死亡處理了，也給了他們的家屬撫恤金。其中五個幹部也授予了烈士稱號。"
1988年8月6日：「耀邦說還有一事很後悔，凡是群眾給他寫信攻擊鄧小平的，他一律轉給公安機關，要求嚴厲查處，並將查處結果告訴他。結果有300多人被判刑，其中60多人自殺。」
1989年6月23日：「人民軍隊怎能向人民開槍？我常在總結自己走過的道路。我堅信馬克思主義道路，堅信共產主義是人類奮鬥理想的目標。改革開放有十年了，可是物價飛漲，官倒橫行，人民群眾對黨和政府強烈不滿。64事件中學生是有錯，可也不能開槍呀。"
1989年7月15日：「今天，喬石來看我。我直言不諱地告訴他，64事件完全可以避免，小平同志如果有紫陽同志的胸懷，主動讓紀檢部門調查自己子女的違法亂紀情況，如果屬實，甘願接受黨紀國法的懲處，64事件怎能發展到後來的一發不可收拾？」
1992年11月15日：「我真想不通，白斌只是召開一次權力賦予的軍委擴大會議，就是要篡黨奪權？你小平連個政治局委員都不是，就可以在家召開政治局常委會議，這又算什麼？」
1997年9月26日：「趙紫陽12日給十五大主席團並轉交全體代表同志們一封信，要求給64平反。我很佩服紫陽的勇氣。認準的事，決不回頭。但我不行了。」
1997年12月11日：「今天聽紹明說，他聽紫陽的二兒子趙二軍說，他爸爸已經被完全軟禁。連他媽媽出去買菜回來時菜籃子必須經過警衛的檢查後才能進院子。紫陽非常憤怒，說這不但侮辱了他的人格，也是對社會主義法治的粗暴踐踏。趙二軍希望我向中央反映一下，解除紫陽的軟禁。但在趙紫陽這件事上，我的話江澤民是聽不進去了的。看來只能希望李鵬能過問一下了。」
1998年1月20日：「鄧林今天來我住處，一進門便放聲大哭，說江澤民要法辦鄧質方。原來鄧質方利用四方公司在北京王府井工程上行賄二千萬美元，被人揭發。江澤民不得不下令將鄧質方拘留。卓琳去了江澤民處大吵大鬧，揚言要自殺。鄧林要我找江澤民說說情。我只好給江澤民打了個電話，說手下留情。」
1998年3月25日：「今天北京301醫醫生蔣彥永來我住處，向我匯報他訪問台灣的情況。他匯報完畢後，向我提出了一個問題：我能否把自己真實的想法和經歷告訴您？我說當然可以，他便講述了64期間他搶救被子彈打傷的民眾情況，其中還包括一名解放軍少校。也談了他對64的看法。他問我解放軍怎麼能夠向老百姓開槍？我聽了以後，無語。他還告訴我，他和其他一些黨員起草了一封給人大和政協的信，要求平反64，並從口袋中拿出這封信讓我過目，我看了後，過了很久，說，64是我黨歷史上犯下的最嚴重的一次錯誤，我年紀大了，已經無力糾正，但只要共產黨是一個堅持實事求是的政黨，就一定會糾正這個錯誤，在適當的時期為64平反。」
1983年11月23日：「今天，看了胡耀邦訪問日本的電視報道，沒想到他一下飛機便向日本國旗鞠躬，我看他完全沒有這個必要。」
1987年9月12日，「聽王震說胡耀邦在新疆和西藏亂講話，激化了漢族和當地民族的矛盾。我也很不滿，怪不得有人稱他胡亂邦。」
