1971年9月13日，林彪叛逃墜機事件震驚中外，中共中央迅速採取了一系列措施，逮捕了部分被認為是林彪集團的人員，並於9月18日發出[1971]57號文件《關於林彪叛國出逃的通知》。形勢相對平穩以後，中共中央分別召開了各大軍區、各省市、各軍兵種的清理整頓會議，在這前後，許多人受到了牽連，他們或被批判或被隔離審查。
據稱，〝林彪事件〞後，首先被抓的是南京軍區空軍原政委江騰蛟。空四軍政委王維國，空五軍政委陳勵耘，空軍付參謀長王飛、胡萍，南京軍區空軍副司令員周建平等先後被隔離審查。而職位最高，陷的最深的應該是政治局委員黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作這所謂的〝四大金剛〞。這幾位前四野的高級幹部，文革中緊跟林彪，林副主席一出事，9月24日四人即被〝停職反省〞。
1971年12月21日，中共中央又發出[1971]77號文件，稱〝陳伯達在林彪的支持下，竄到華北各地亂跑亂說，拉攏和聯絡李雪峰、鄭維山等人，喪心病狂地進行反革命遊說，為林陳反黨集團在九屆二中全會上篡黨奪權作準備。〞1971年1月24日就已宣佈撤職的北京軍區原司令員鄭維山、政委李雪峰又給劃到林彪集團里了。這份文件還宣佈〝吳法憲接連找王秉璋、王維國、陳勵耘等人談話，鼓動他們在小組會上向黨發動進攻〞，並指國防科委第一副主任王秉璋〝猖狂向黨發動進攻〞，因而王秉璋也被定為林彪死黨。
1972年3月23日，中共中央發出關於成都軍區的中發[1972]14號文件，被點名的共6人，他們是成都軍區司令員梁興初、第二政委陳仁麒、第三政委謝家祥、第一副司令員溫玉成、成都軍區空軍政委丁釗、民航總局政委劉錦平。文件在點到劉錦平時，說他是到四川來串連的。文件中指稱：〝梁興初、陳仁麒、謝家祥三同志上了賊船，犯了嚴重的方向路線錯誤和宗派主義錯誤。〞文件里說〝林彪一夥把溫玉成派來成都軍區，又先後派出死黨來川進行反革命串連，同丁釗策划過反革命政變的陰謀活動。〞
1972年4月25日，中共中央發出關於浙江省的中發[1972]16號文件點明浙江省委第一書記、省軍區政委南萍，20軍軍長兼省軍區司令員熊應堂〝對林彪及其死黨言聽計從，積極投靠，互相吹捧，打的火熱。〞這份文件還指稱〝林彪死黨周建平、周赤萍等先後多次竄到浙江，與陳勵耘等秘密串連，收集情報，策劃反革命陰謀活動。〞因為周赤萍寫的小冊子《東北解放戰爭時期的林彪同志》在1971年重印發行幾十萬冊，中共中央認定周赤萍是為了配合林彪篡黨奪權。
1972年4月27日，中發[1972]17號文件指〝程世清同志就上了賊船，並且製造謠言，篡改黨的歷史，積極吹捧林賊，散佈謠言。〞於是，福州軍區副政委、江西省委第一書記程世清，江西省軍區司令員、江西省委書記楊棟樑被隔離審查。
1972年7月16日，中發[1972]26號文件稱：〝龍書金同志站在以林彪為頭子的資產階級司令部一邊，上了賊船，陷的很深，堅持資產階級立場，對抗毛主席的革命路線，轉移鬥爭大方向〞。隨後，新疆軍區司令員、新疆革委會主任龍書金被免職。
1972年9月15日中發[1972]38號文件：〝在以毛主席為首的無產階級司令部和以林彪為頭子的資產階級司令部的激烈鬥爭中，在我黨第十次路線鬥爭的重要關頭，藍亦農、張榮森同志都是站在林彪反黨集團一邊，犯了方向路線錯誤和宗派主義錯誤。藍亦農同志的錯誤更嚴重。〞於是，昆明軍區付政委、貴州省委第一書記、貴州省革委會主任藍亦農被下放勞動。
1973年1月7日，中發[1973]4號文件：〝林彪死黨先後竄來我省與易耀彩、辛國治、吳宗先、包玉清等秘密勾結，互相串連，大搞反革命陰謀活動。〞這樣北海艦隊政委易耀彩，艦隊副政委辛國治，濟南軍區空軍司令員吳宗先，十三航校原副校長包玉清，濟南軍區軍區第二政委、山東省委第二書記袁昇平先後被審查。
除以上提到的人外，因為〝九.一三事件〞，還有不少軍隊高級幹部被打倒或者被批判，如總政治部副主任黃志勇，總後勤部副部長王希克、伊文、張明遠、丁先國，陳龐、嚴俊、總後勤部副政委戴金川。國防科委副主任趙啟民、韋統泰，國防科委參謀長梁軍。海軍第二政委王宏坤，海軍副司令員吳瑞林。海軍上海基地副政委薛安祥，軍政大學政委張秀川，軍政大學副校長李丙令，武漢軍區政委劉豐，雲南省軍區政委雷遠高，43軍127師政委關廣烈。
文章表示，空軍在這次清冼中涉及到的人最多，空軍副司令員曾國華，蘭州軍區空軍副政委王紹淵，空軍參謀長梁璞，空軍副參謀長白雲、何振亞，朱虛之，空軍情報部部長賀德全，空軍作戰部部長魯珉，廣州軍區空軍司令員王璞，廣州軍區空軍政委龍道權，廣州軍區空軍參謀長顧同舟，空軍第十二軍軍長解耀宗，空軍三十四師師長時念堂，南空司令員劉懋功，空4軍軍長鄭長華，胡林信(時任南空政治部主任)、高浩平(時任南空政治部副主任)、解長林(時任武空副司令員)、查全倫(時任福空副政委)、張永亮(時任空3軍政委)、姬應伍(時任空4軍第二政委)、馮健(時任空5軍第二政委)、馬運河(時任空5軍副軍長)、王是橋(時任空5軍副政委兼政治部主任)、吳雲山(時任空5軍參謀長)、吉世堂(時任空6軍軍長)、司中峰(時任空6軍政委)、沈科(時任空12軍副軍長兼參謀長)、張守恩(時任空12軍副軍長)、馬進修(時任空12軍政治部主任)、馬傑三(時任昆指主任)等人都被隔離審查或撤職，有些曾被認定有罪，後免於起訴或不予起訴。而林立果操縱的〝聯合艦隊〞的組成人員因地位不高，在這裏不再介紹。
《共識網》上發表的題為《四十載歲月蹉跎，再看九一三》的歷史回憶性文章也披露稱，在〝9.13〞的背後，幾十萬人被牽連、受審判，中共軍隊中戰績最輝煌的〝四野〞從此淡出了政治視野。在此次清洗中，受害人員之多，影響之大，後果之嚴重，同樣是〝史無前例〞的。
〝『9.13』後，林彪『四野』舊部受到空前的清洗，黃吳李邱被關進監獄，他們的子女被隔離審查多年後，被安置到各地，遭遇許多不公正的待遇。黃永勝的四個孩子流落各地，其中老三被安排當礦工，離最近的鎮還有30里地。10年後，黃春光才第一次獲准探視黃永勝，而此時的百戰名將已蒼老不堪，全無軍人挺拔、硬朗的身姿，他說，因帕金森症，在獄中行動不便，上廁所沒人幫助，只能自己爬着去。邱會作的大兒子邱路光被關押了12年，收審時夫人正懷孕，再見到孩子時，已是10多年後。黃吳李邱出獄後，無法在北京居住，不能使用自己的真名，據閻明回憶，他去西安探望邱會作時，正值酷暑，邱頭頂着濕毛巾，在狹窄的住所中說：過去的事就不說了，可生活總要照顧一點吧。〞
文章表示，〝9.13事件〞使中國的歷史在此打上了一個死結——〝開國元勛成了反黨集團的首領，百戰將軍成了階下囚，紅色理想主義的精神大廈上，從此有了一個巨大的缺口……燦爛的肥皂泡破裂，人民需要政府給出一個交待，而年輕人則開始思考。中國的理性時代，正是從『9.13』開始的〞。
