據吳法憲回憶錄披露，「文革」中，中共高層很多人被打倒，中央成立了14個專案組，這些專案組實際都由周恩來掌控。回憶錄還談到劉少奇被定案的情況。有學者認為，周恩來是劉少奇這個假案的親手製造者。最可怕的是他完全知道這是個冤案。周恩來是毛澤東大搞文革運動的「總參謀長」，是保障文革順利進行的「總後勤部長」。
1966年文革開始，周恩來、劉少奇、鄧小平在天安門城樓上交談（網絡圖片）
中共高級將領吳法憲在其回憶錄《歲月艱難》中指出，「文革」開始後，包括劉少奇在內的許多中共中央領導人被打倒了，從1967年9月到1971年9月24日他被捕為止，中央共成立了14個中央專案組。
當時，決定成立什麼專案組、由誰來分管、選派專案組工作人員等，都是在中央文革碰頭會上由周恩來親自提出，經大家討論同意，再由周恩來簽名報毛澤東、林彪批准。
其中，中央軍委專案組下設三個辦公室。第一辦公室下有劉少奇、王光美、「薄一波等六十一個叛徒」、陶鑄、陸定一、張聞天、彭真等人的七個專案組；第二辦公室下有彭德懷、賀龍、羅瑞卿三個專案組；第三辦公室辦下有「五一六」、抓叛徒、葉向真等人的幾個專案組。實際掌握中央專案組工作的是周恩來、江青、陳伯達、康生，主管劉少奇專案的也是他們。
專案組的具體工作人員和負責人，是由軍委辦事組根據中央文革碰頭會的決定從部隊抽調的一批軍、師級幹部。每個專案組少則十幾人、多則幾十人。在北京集合後，由周恩來帶領中央文革碰頭會成員召集他們開會，佈置工作。周恩來每半個月就主持召開一次四、五百人的專案組全體工作人員會議。
到1971年9月吳法憲被捕時為止，整個專案組的進展都不大。這時上面就來壓，批評工作人員「右傾」，要求他們嚴格審查、快作結論。
回憶錄談到劉少奇被定案的情況。1968年10月，中共八屆十二中全會前夕，汪東興突然拿了一份材料到中央文革碰頭會上，說是專案組的工作人員從武漢一個外國領館搞來的。然後憑著這份材料，就給劉少奇安上了「叛徒、內奸、工賊」等一大堆帽子。
最後，由專案組的工作人員寫了一個報告，經中央文革碰頭會討論通過，並由周恩來簽署，上報毛澤東、林彪批准。後來，據此「證據」在八屆十二中全會上給劉少奇定了案，開除了劉的黨籍。
學者趙越勝在今年7月接受法廣的採訪時表示，「所以嚴格說，周恩來是劉少奇這個假案的親手製造者。最可怕的是他完全知道這是個冤案。從周的行為，我們可以深刻地認知到列寧式政黨在道德上的徹底墮落。在這個組織系統內，不存在真理和個人內心道德衝突，只有盲從、殘忍、謊言。周這個人給人的外表形象可謂完美、儒雅，但在需要下狠手的時候，他也不怕手上沾血。這並不是說周本人是個天生惡棍，而是因為他獻身於一種信仰，而這個信仰本身就是反人性的。高文謙先生總說周「相忍為黨」，這話沒錯，但更要指出這個「黨」其實就是獨裁者本人，周不過是為喪失良心找到藉口，以黨性為一切兇殘行為辯護。」
趙越勝還評價，「如果要概括一下周對文革的態度，可以說是被動地發動，主動地投入。我們只要讀讀周在文革中的大量講話，就可以看出，他基本上是跟毛走。只要毛想幹的事，無論多麼傷天害理，周都能找出辦法來讓它圓滿實現。就連賀龍、陳毅這些和他關係密切的人，只要毛想下手整治，他總是立即跟上。他最愛說的話就是「保持晚節」。仔細分析起來，這是極其自私的追求，置天下蒼生於不顧。同彭德懷所講「我為人民鼓與呼」相比，要自私、勢利得多。所以在廬山會議上，彭曾當面說周「老奸巨猾」。」
由此可知，周恩來在文革中絕不是「抵制」和「反對」了文革運動，相反，周恩來是積極參與和大力支持文革的，沒有周恩來所起的關鍵作用，文革運動很難這麼聲勢浩大、如火如荼地展開。周恩來積極配合了中央文革小組，起了江青等人起不到的作用。周恩來也絕非「說了違心話，做了違心事」這麼簡單，這一說法無非就是為周恩來的文革所為作開脫。用一句形象的話來說，周恩來是毛澤東大搞文革運動的「總參謀長」，是保障文革順利進行的「總後勤部長」。
