網絡圖片
曾國藩的南京大屠殺
天京解圍戰失敗後，李秀成被「嚴責革爵」。不久，洪秀全責令他領兵渡江，西襲湖北，意圖調走天京的圍敵。1862年12月，第一批太平軍數萬人從天京下關渡江，占含山、巢縣、和州。1863年2月底，李秀成率第二批部隊渡江，並於3月占浦口，4月占江浦。進入皖北後，太平軍受到湘軍節節抵禦，屢攻不克。進至六安後，正值青黃不接，糧食奇缺，加之清軍防堵甚嚴，李秀成就放棄了原定進軍計劃，於5月19日撤了六安之圍，折往壽州，隨即東返天京。
這時，圍困天京的湘軍已增至3萬餘人，並於6月13日佔領了聚寶門外各石壘。洪秀全又急令李秀成速回天京。6月20日，李秀成率部由九洑洲南渡抵京。在南渡過程中，太平軍被湘軍炮火打死和因飢餓而死者甚眾，渡至南岸進入天京城內的太平軍不到一萬五千人。6月25日，湘軍又攻陷江浦、浦口，30日陷九洑洲，太平軍又損失二萬餘人。至此，長江北岸完全被清軍佔領。太平軍實力進一步被削弱，天京解圍的希望也更加渺茫了。與此同時，蘇浙戰場也在淮軍的洋槍隊、左宗棠部湘軍的進攻下趨於瓦解。
湘軍於1863年6月底攻破九洑洲，控制了長江北岸後，鮑超部南渡，紮營神策門(今中央門)外沿江一帶。9月，曾國荃部攻佔天京城東南的上方橋和城西南的江東橋，11月上旬又連續攻佔了城東南的上方門、高橋門、雙橋門、七橋瓮以及秣陵關、中和橋，太平軍在紫金山西南的要點全部失守。
11月25日，曾國荃進扎城東孝陵衛。這時，湘軍已攻陷天京外圍的所有城鎮要點，天京城只有太平門、神策門尚與外界相通。外援斷絕。李秀成於12月21日向洪秀全建議：鑑於湘軍壕深壘固，圍困甚嚴，天京內無糧草，外援難至，不如棄城別走。洪秀全拒絕了，太平天國的最後一線希望喪失了。
1864年2月28日，湘軍攻佔了紫金山巔的天保城。3月2日，曾國荃部進駐太平門、神策門外，完成對天京實現了合圍。3月14日，曾國荃部用雲梯攻城，但未得逞。從4月開始，湘軍在朝陽、神策、金川門外挖掘地道十餘處，準備轟塌城牆。太平軍一面組織力量從城內對挖，進行破壞，一面構築月城，以便城牆轟塌後繼續組織抵抗。
1864年6月1日，天王洪秀全病逝(一說自殺)，終年51歲。此後，天京人心愈加不穩。幼天王洪天貴福即位，一切軍政事務統歸忠王李秀成執掌。
7月3日，湘軍攻佔天京城外最後一個據點地保城(即龍脖子)，從而能夠居高臨下，監視城內動靜。湘軍在龍脖子山麓修築炮台數十座，對城內日夜轟擊，壓制太平軍的炮火，掩護挖掘地道。同時，在龍脖子山麓與城牆間大量填塞蘆葦、蒿草，上覆沙土，高與城齊，為攻城鋪平道路。半個月後，湘軍攻城準備基本完成。
李秀成見湘軍攻城在即，於7月18日深夜，選派千餘人偽裝湘軍，衝出城去，企圖破壞太平門附近的地道。結果被湘軍識破，只得退回城內。
7月19日晨，湘軍擔任主攻任務的部隊齊集太平門外。中午，湘軍用地雷轟塌城牆，蜂擁而入。太平軍紛紛以槍炮還擊，雖給清軍以重大殺傷，但沒能擋住湘軍的攻勢。與此同時，湘軍水師各營會同陸師奪取了水西、旱西兩門。傍晚前後，天京全城各門均為湘軍奪占。天京城內守軍與入城湘軍展開巷戰，大部分戰死，一部分自焚，十餘萬人沒有一個投降的。
天京的陷落，標誌着太平天國運動的失敗。
湘軍進入天京(今南京)後，見人就殺，見屋就燒，見財物與女子就搶。直殺得天京城內血流成河，屍體湧進長江，幾乎使江水不流。據曾國藩記載，湘軍「分段搜殺，三日之間斃賊共十餘萬人。秦淮長河，屍首如麻」，「城內自偽宮逆府以及民房悉付一炷」，「萬室焚燒，百物盪盡，而貢院倖存」，「自五代以來，生靈塗炭，殆無愈於今日。」這次屠殺，是歷來南京災難中最慘烈的一次。屠城、焚燒城後，南京連一棵完整的樹都找不到了。
上述日屠殺量超過了1937年使用機槍、大炮、炸藥的日軍。固然現在評價太平天國農民運動有其局限性和殘酷性，但是這不應該成為湘軍屠殺男女老幼、糟蹋婦女的藉口。曾國藩的幕僚趙烈文在《能靜居日記》記載：「沿街死屍十之九皆老者。其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不負傷，或十餘刀，數十刀」。
清人記載：「金陵之役，伏屍百萬，秦淮盡赤;號哭之聲，震動四野。」所謂伏屍百萬，除了戰死者，就是曾國藩在城內外屠殺的平民。「皖南及江寧各屬，市人肉以相食，或數十里野無耕種，村無炊煙。」顯然這次屠殺最保守估計也應該在50萬人以上，清人所說的伏屍百萬也是有可能的。而屠城和對城市的毀壞程度也是歷史之冠。
太平天國強盛時，南京城最多有100萬人。可到光緒登極的1875年，人口還不到50萬。後來李鴻章署理兩江，認為南京城需要百年方可恢復。曾國藩因為在南京的屠殺手段殘暴，被人們稱為「曾剃頭」、「曾屠戶」。據說，現在南京小孩夜哭，媽媽說「曾剃頭來了」，小孩就不哭了。
曾國藩於1872年在南京去世。六年後，在日本一個叫松井石根的人出生了。在清軍的天京屠殺73年後，這個日本人帶領着由日本人和朝鮮志願軍組成的軍隊在南京開始了屠殺。作為職業軍人，松井因為發動南京大屠殺，被遠東國際軍事法庭裁定為甲級戰犯。但曾國藩的口碑卻從1980年代開始好轉，還成為很多中國人讚揚與崇拜的對象。
