據彭博新聞社，台灣「經濟部」已經發文要求阿里巴巴集團在六個月內撤出台灣市場，因阿里巴巴台灣分公司是以新加坡公司登記，但公司實際控股公司為大陸公司。
該委員會執行秘書Emile Chan向彭博新聞社表示，「我們已經要求阿里巴巴在今年8月前撤資。我們希望大陸在台投資者可以遵守相關的法規。我們發現阿里巴巴台灣分公司是以新加坡公司，但是其遞交給美國監管機構的文件顯示實際控股人為大陸公司。我無法確定阿里巴巴在台運營的申請一定可以在8月前得到通過。」
阿里巴巴集團通過電郵向彭博做出回應，「我們會積極的和相關部門澄清事實。如果有必要的話，我們可能會採取適當的措施來保護集團的合法利益。」
阿里巴巴在台設立兩家分公司，各為新加坡阿里巴巴電子商務股份有限公司，以及香港商淘寶信息公司。根據台灣「陸資許可辦法」，以第三地公司來台投資，若第三地公司的陸資持股逾30%，或對第三地公司具有控制能力，視為陸資。
阿里巴巴指出，該集團最大股東為軟件銀行(SoftBank)及雅虎(Yahoo)，持股各為32.4%、16.3%。阿里巴巴經營團隊持股僅佔14.6%，包括阿里巴巴創辦人馬雲、阿里巴巴集團執行副主席蔡崇信8.8%、3.6%的持股。該公司特有的合伙人制度也僅有董事提名權，股東才有表決權。
阿里巴巴表示，2008年來台設分公司時，因新加坡阿里巴巴電子商務股份有限公司是在開曼群島註冊的阿里巴巴網絡有限公司的全資子公司，且股東以外資股東為主，故依當時法規以外商身份設立。
此前阿里巴巴集團周一剛剛宣佈，計劃設立一個非營利性質的基金以扶植台灣年輕企業家發揮創意及潛力。預計總額新台幣100億元(約合人民幣20億元)。
基金將委由專業投資團隊管理，主要投資由台灣年輕企業家成立的新創企業。在投資當中產生的獲利將重新投放到基金上，以確保基金能保持永續運作。基金預計在今年下半年開展計劃。
阿里巴巴集團執行主席馬雲稱：台灣年輕人擁有的良好教育、豐富創意和勤奮態度，均令人印象深刻。阿里巴巴集團希望透過此基金推動台灣年輕人的企業家精神，並啟發社會更多人士來支持年輕一代發揮潛能，實現創業夢想，成就社會。
